키노에는 카카시에게 제압당하지만, 오로치마루의 실험체가 깨어나면서 둘은 동시에 위험에 빠진다. 실험체는 가까스로 처치했지만 시체에서 뿜어 나온 독에 카카시가 쓰러지는데… 키노에는 자신을 구해준 카카시에 대한 인정과 단조의 명령 사이에서 갈등한다.

미나토는 상급 닌자들 실종 사건 조사를 명하면서 신중할 것을 당부한다. 그런데 목적지로 가는 중에 각조 조장들이 갑자기 사라져 버리고... 남겨진 하급 닌자들은 정체를 알 수 없는 적들과 맟닥뜨린다.

나루토는 네지를 말리지만 가면남에 의해 움직이지 못하게 된다. 한편 마을로 향하던 사스케와 사쿠라는 또다시 괴한의 습격을 받는데... 사스케가 독이 묻은 적의 흉기에 찔려 쓰러지고 만다.

사스케는 나루토가 자기를 넘어섰을지도 모른다는 불안감에 휩싸인다. 그 불안감은 증오와 분노로 변하고, 수련을 위해 마을을 떠나게 된다. 한편 이에 자극받은 나루토도 지라이야와 함께 수련의 길을 떠나는데...

복병까지 뚫고 천신만고 끝에 사스케와 마주한 나루토. 하지만 사스케는 비뚤어진 증오에 사로잡혀 나루토를 죽일 태세로 달려든다. 그리고 그런 사스케를 서글프게 바라보던 나루토도 감정이 점점 격해지는데...

이즈미와의 오랜만의 짧은 만남과 동료들과의 임무 수행. 이타치에게 동료, 친구라는 존재는 점점 마음속에서 큰 부분을 차지하게 된다. 그럼에도 불구하고 이타치는 아직 사륜안이 개안되지 않은 상태였고...

형의 마지막 모습을 떠올린 사스케는 다시 한 번 결의를 다진다. 이윽고 무한 츠쿠요미의 빛이 사라지고, 넷은 다시 마다라와 대치하게 된다. 그런데 마다라 뒤에 있던 쿠로제츠가 갑자기...