구미에게 의식을 빼앗겨 폭주하는 나루토는 지라이야에게도 버거운 상대였다. 한편 나루토의 동료들은 꼭두각시 대군과 힘겨운 싸움을 벌이고 있었는데... 그때 나루토의 머릿속에 과거에 아버지와 함께 했던 수련 내용이 떠오른다.

사스케를 되찾기 위해 나루토 일행은 아카츠키를 추적한다. 한편 사스케는 아카츠키와 갈라서기에 이르는데... 떠나려는 사스케 앞에 의외의 인물이 등장한다.

이타치는 아카츠키에서 활동하며 이런저런 임무와 함께 동료들을 모으러 다닌다. 그런 가운데 오로치마루가 나뭇잎 마을을 습격했다가 패퇴했다는 소식이 들려오는데... 이에 이타치는 자청하여 정찰과 인주력에 대한 정보수집차 나뭇잎 마을로 향한다.