Grâce à une illusion du « Kaléidoscope hypnotique du Sharingan », Sasuke piège Danzô en lui faisant croire qu’Izanagi est toujours active et le transperce une fraction de seconde après la fin de la technique. Karin soigne Sasuke ; Danzô, refusant la défaite, prend Karin en otage, mais Sasuke les transperce tous les deux. À l’article de la mort, Danzô voit défiler le moment où son rival Hiruzen Sarutobi est devenu Hokage et où il a décidé de fonder la Racine pour protéger Konoha dans le secret. Dans un dernier geste pour protéger Konoha, il active sa dernière technique pour tenter de sceller Sasuke et Madara.