相変わらず船酔いがひどいガイが、飛んできた巨鳥に連れ去られた。ガイを助けるため、巨鳥が飛び去った方向にある島へと上陸するナルト、ヤマト、アオバ。早速、ガイの捜索を始めようとするが、そのとき三人はひとりの女性を見かける。話を聞こうと声をかけるアオバ。だが、なぜか女性は逃げるようにその場から立ち去ってゆく。思わず後を追ったアオバは、たどり着いた廃墟にあった資料から、この島に隠された恐ろしい秘密を知る。　一方、アオバと別れ、別の方向を進んでいたナルトとヤマトは、次々と現れる巨大生物やバケモノたちを相手に悪戦苦闘していた。