El 5.0 trabaja con un estafador para encontrar a un asesino. La inspectora de la policía de San Francisco Abby Dunn ayuda a Chin Ho a investigar el asesinato de de unos traficantes de armas chinos. Adam se reúne con el jefe de la Yakuza

Después de que un profesor de la universidad sea asesinado, Danny se hace pasar por su sustituto y Eric por un estudiante universitario. McGarrett da consejos a un joven después de que su padre salga de la cárcel y quiera volver a su vida.

El hermano de un boxeador local es asesinado la noche antes de su pelea por el campeonato, y el equipo del 5.0 lo conecta con Gabriel Waincroft, que tiene un objetivo aún más grande en mente. Mientras tanto, Adam se prepara para cumplir su sentencia.

El equipo descubre un misterio sobre espionaje japonés de la Segunda Guerra Mundial después de que un muchacho joven reciba un disparo en un búnker olvidado hace mucho tiempo. Mientras tanto, la tía Deb regresa a Hawaii para visitar a los McGarrett y así poder ayudar a terminar la lista de cosas pendientes de su marido recientemente fallecido.

Mientras el 5.0 investiga un doble homicidio que involucra una  infidelidad marital, McGarrett y el equipo recuerdan sus desastrosas  experiencias con el día de San Valentín.

Danny se entera de que el FBI quiere hablar con su madre acerca de la muerte de su hermano. Entretanto, McGarrett se asocia con un joven con autismo que posee información que podría solucionar el asesinato de su único amigo.

McGarrett y el 5.0 deben perseguir a una espía rusa que ha robado un pen drive con información clasificada de la Agencia de Seguridad Nacional, que pone en riesgo la vida de un miembro de su familia. Además, McGarrett finalmente sabe por qué Catherine lo dejó, y Abby sigue ocultando a Chin y al equipo su verdadera misión.

Cuando un hombre es encontrado dado por muerto a la deriva frente a la costa de Oahu, el 5.0 descubre una trama mortal de tráfico de esclavos operando a bordo de un barco pesquero ilegal. Además, mientras Danny está fuera con sus hijos, su coche es robado por lo que se apodera de un autobús para perseguir a los ladrones.

Cuando una mujer aparece asesinada en su propio hogar, el 5.0 descubre que alguien del equipo tiene una profunda conexión con la hija menor de la víctima.

Atrapados dentro de un edificio en ruinas en el barrio chino de Oahu, el 5.0 debe proteger a un Gabriel Waincroft herido y planificar su escape cuando enemigos armados irrumpen en el edificio para matarlo y a cualquiera que se interponga en su camino.

McGarrett se niega a escuchar las súplicas de Danny para que repose mientras se recupera de la cirugía; El equipo va a la caza de un asesino en serie mientras el miedo de viajar a Hawai aumenta debido a su imagen de lugar inseguro.

En el final de la séptima temporada, McGarrett arriesga su vida cuando el equipo lleva a cabo su rescate más peligroso hasta la fecha. En él, tratan de liberar a las chicas atrapadas en la red de tráfico de menores que han estado siguiendo. Además, Kono, profundamente afectada por el caso, toma una decisión que cambiará su vida por completo.