オーストラリアからミナモの祖母・洋子が人工島に遊びにやってくる。そして時を同じくして母・ミズホも人工島に立ち寄る連絡がやってくる。ミナモは家族の揃うこの機会を利用してホームパーティを開こうと計画する。だが、ソウタは台風の中、気象分子プラントの実地調査のため帰ることができなくなってしまう。更にミズホの乗るはずの飛行機も台風の影響でフライトが取りやめとなっていた。諦めムードのミナモに対し、洋子はこういった。「アンラッキーをハッピーに変えるのが、蒼井家の女性の伝統なの」と。

雨に包まれる密林でおこった電力低下現象。そのために外部のメタルとの接続を断ち切られ、ホロンは稼動不能となってしまう。電理研の久島との連絡も取れず救援を呼ぶこともままならない中、ソウタはホロンのためにその場に留まり、波留とミナモをパークレンジャーのウムランとともに先行させる。ようやく辿りついた密林の奥に群生する巨大な樹木。これがノイズの発生地点だとウムランは言う。波留はその根源を探るため、この島を支配しているメタルへのダイブを決行する。

森で奇跡的な光景を目の当たりにした波留は、もう一度、本当の海に向かい合う情熱がよみがえりはじめていた。ミナモはその姿をみて、自分が波留のために、より役に立つためにと、波留に内緒で電脳化を考え始める。サヤカやユキノは電脳化を歓迎し、洋子はミナモの意思次第だと、ミナモに結論をゆだねる。そして検査に訪れた病院でミナモは波留によく似た青年に出会うのであった。

久島が消えた。その報告を受けた電理研は混乱の極みにあった。ソウタは久島を捜すため、ホロンとともに人工島内を奔走する。波留はメタルの海から久島を捜そうと無謀なダイブを繰り返していた。手がかりのないままに迷走する調査員たち。ソウタはジェニー・円を疑い、向かっていくが返り討ちにあってしまう。軍用義体の使い手であったジェニーはなにかを知っているようだった。久島はどこにいるのか。波留はメタルの中で、久島を捜すため五感を研ぎ澄ます。そして、そこで見たものは、眠り続ける波留自身の姿であった。