某天，遭遇了大学入学考试两次落榜的主人公·佐桥皆人，在他面前突然一个谜之美少女从天而降。少女名为结，正在被不可思议的女性追赶着。皆人决定帮助这样的结。而后，对皆人温柔的神情而感到心跳加速的结，突然亲了皆人！然后结的后背浮现了鹡鸰纹。其实，结是投放在新东帝都的108羽鹡鸰的其中一羽。因为与皆人的接吻而羽化的结，选择了皆人作为自己的苇牙！究竟皆人的命运会……！？

被赶出公寓的皆人与结，决定要在偶然发现的“出云庄”居住了。受到了房东小姐浅间美哉与居民很大的帮助，两人开始了新生活。过程中，皆人好像在庭院的树木旁看到了不可思议少女的幻影……

皆人在打工处结识的濑尾香，是以前追杀着结的鹡鸰·光和响的苇牙。被濑尾半强硬性地带去了一个植物园的皆人，在那里遇见了在他的梦中哭泣着寻求着帮助的幼小少女·草野。但是，她正在遭遇恶劣的鹡鸰的袭击。

在结之后草野也得到了羽化，皆人也因此得到了第二羽的鹡鸰。而后在某天夜里，本来应该和出云庄的房东浅间美哉一起睡着的草野，因为看见了鬼怪而逃到了皆人的房间。事后，害怕的草野把鬼怪描述为长发的眼镜女性在镜中诡异地笑着，美哉听完后好像对事情有了头绪……

至今为止还未找到自己苇牙的未羽化鹡鸰·月海，最近经常感到像是胸口揪痛的感觉。那是苇牙就在附近的证明。但是将苇牙视为下等猴子的月海，顽固地否定了与苇牙相遇并羽化的事实。

皆人向讨厌苇牙的月海提出了成为自己的鹡鸰的请求。生气的月海向皆人发泄了自己的怒火，但是当正受到光和响的攻击以及濑尾的威吓的她看到皆人仍然奋不顾身保护自己的时候，她的心也开始动摇……！？

围绕着皆人的“正宫之座”，今天结、月海、草野三人也在出云庄互相竞争着。看到这样肥皂剧般的情感纠纷，松却在一旁偷乐着。之后的某一天，自称鸦羽的鹡鸰来拜访结。被称作“黑之鹡鸰”的令人畏惧的鸦羽，结与她的关系却非常亲密。另一边，皆人他们被告知“鹡鸰计划”要进入新的阶段了。

帝都被M・B・I私立军所封锁后，“鹡鸰计划”进入了第二阶段。以帝都为舞台，鹡鸰之间的死斗终于要开始了。同时，出现了一只战胜对手后直接离开现场的谜之鹡鸰。就在皆人他们在加强警备的同时，钿女来到医院看访自己躺在病床上的苇牙·千穗。

不宣告自己胜利的违规者“领巾鹡鸰”的下一个目标是，最弱的鹡鸰·久能。追赶着领巾鹡鸰的结与月海，加上名为“风花”的鹡鸰乱入，场面变得十分混乱。让领巾鹡鸰和风花跑掉的结她们，听说了久能和她的苇牙·遥的事情后，决定要协助他们两人的“帝都逃离计划”……

为了保护久能，遥决意要逃离帝都。但是，与外界连接的大桥全部被M・B・I给封锁了。此时濑尾提议从“般若”控制的帝都北部逃离。问题就是，处罚违规者的鹡鸰“惩罚部队”。响应了皆人的愿望，决定出力的结她们。但是，只有月海不认可从不战斗的鹡鸰·久能。

违背规则的帝都逃离计划终于开始了。松能入侵M・B・I监控卫星的时间大概是一个小时。这个期间必须要把遥他们送到桥的外面。一度压制了检查站的草野等人，预料到了作战计划的御中派出了私立军。为了拯救被M・B・I军包围的草野，松终于要出手了！？

在惩罚部队的猛攻下结的鹡鸰纹消失了！久能的“软绵绵之歌”也没能完全解决战局，赶来的月海也被惩部队逼到了绝路。皆人打算独自抗敌，这时候机能应该停止了的结再次启动，身体上发出了耀眼的光芒，腹部的鹡鸰纹也逐渐显现……！！

收录于鹡鸰女神限量版第六卷的OVA，围绕草野所展开的故事「草野酱的第一次外出」。

结与月海有一场关于超市的竞赛，草野为了晚餐时能坐在皆人旁边，决定也一起参加比赛。但是草野表现不好经常迷失方向，专注不了自己的任务。于是结和月海都决定帮草野赢得这场比赛。

鹡鸰女神过后祭的声优座谈会。主要声优一起回顾了这一季。包含在限量版蓝光盒套装中。

在M・B・I的主导下持续着严森警备的新东京帝都。在意旧惩罚部队·谜之鹡鸰“结女”的存在的红翼，让灰翅帮忙调查。知道真相的鸦羽，却一字不提。风花知道鹡鸰纹在反应，但是还是选择默默注视着皆人。找到了自己身为鹡鸰的命运的美哉。祈祷着与结她们的和平日子能一直持续下去的皆人。在每个人的想法在互相交织的的过程中、在这不寻常的沉寂之下，鹡鸰计划再次开始了。然后终于，新舞台的序幕正在慢慢升起——。

某天清晨，和往常一样正在吃着早饭的大家，突然摆着一副奇怪表情的松对大家说道，外出的时候一定要十分谨慎。在现在的帝都，就连曾经保持和平主义的苇牙，也参与到了战斗当中。过程中，皆久违地收到了妹妹由香理的联络，并约定好了一起到外面吃个晚饭。作为护卫跟来的月海和皆人，一个不详的身影正在监视着他们二人——。

皆人二人在前往与由香理约定好的地点的途中，受到惩罚部队中两人的袭击，皆人也因此被掳走了。月海在帝都拼命地四处寻找，而松也通过入侵监视卫星系统来搜找皆人。过程中，最先找到皆人的所在之处的NO.03的风花，赶往了皆人身边。在那里，看到皆人不顾自己处境在保护着自己的风花，心灵受到了动摇——！？

逐渐恢复的皆人，回到了出云庄。为了庆祝皆人平安归来，皆人的鹡鸰们在出云庄为宴会准备着。过程中，钿女忍受着寂寞的表情，决定要离开出云庄。非常在意皆人的篝，不知为何感到非常生气。在每个人都抱着各自的想法的过程中，为了让“鹡鸰计划”进入下一个阶段，御中展开了行动。

御中为了煽动所有苇牙而发送了一条“未羽化的最后一羽”的邮件。篝清楚地知道通知中的鹡鸰就是自己，不顾自己的危险，为了杀死御中，离开出云庄前往了M・B・I总部。皆人发现了篝所留下手机的来电，电话的对面·高美打来，拜托皆人无论如何也要阻止篝。对眼前所发生的事感到困惑的同时，皆人也下定了决心——。

一场围绕着No.06焰的战斗开始，随后出现了御子上的鹡鸰·秋津和领巾的鹡鸰·钿女。另一边，在注视着状况的御子上和陆奥面前，柿崎听从了冰峨的命令后带着多只鹡鸰出现了。就在这时，焰渐渐失去了对力量的控制能力，决定自行烧毁自身。被火焰所包围，做好了觉悟的焰——。

顺利将焰羽化后，成功回到了出云庄的皆人一行人。长时间勉强自己身体的焰在连续睡了两天两夜后，身心得到了稳定，出云庄也因此恢复了以往的日常。然而皆人在对“鹡鸰计划”完全不知情的情况下让鹡鸰去战斗这件事感到了自己的不成熟，终于下定了要进一步了解“鹡鸰计划”的决心。然后，接受了这份决心的松开始诉说的是，“初代惩罚部队”的存在、以及“鹡鸰计划”与M·B·I的深深联系——。

在焰的羽化后108羽鹡鸰全部实现了羽化，“鹡鸰计划”也因此得到了很大进展。就在这样的状况下，所有苇牙收到了来自御中的“现在仍未获得星星的苇牙，在两周内都没得到星星的话，所属的鹡鸰将会强制停止其机能。”这样的邮件。看见了邮件的苇牙们，各自抱着不同思绪展开了行动——。

【鹡鸰诊断】铁桥崩塌后，忙于复兴工作的新东京帝都。某天，M·B·I在禁止战斗的中立地带举行了鹡鸰们的健康诊断和体力测试。接连着聚集在会场的鹡鸰们。在那里，贫胸的红翼看到正在进行巨乳合战的结、月海和风花的身影后，燃起了怒火——。

【鹡鸰休闲】M·B·I社员专用的豪华保养所仅只一天对所有苇牙及其关系者开放，这样的邮件传达到了每个苇牙那里。鹡鸰们在海水浴和温泉中解放身心，享受着这悠闲时光。但是，当贫胸的红翼目击到结、月海和风花她们的巨乳合战时，不由自主地冒起了怒火——。

在与皆人约会完后回家的路上，草野被眼前的猫咪所吸引，不禁跟了上去，与皆人走散了。草野迷路后来到的是，某个医院的庭院。在那里，她与一个不知名字的女性相遇了。另一边，月海对迟迟不归的皆人和草野感到很急躁，为了寻找二人而从出云庄飞奔出去了。途中，在偶然来到的公园里，月海目睹到了同为鹡鸰之间的战斗，但是其中一方的鹡鸰居然保持“只守不攻”的姿态——。

为了寻找草野丢失的动物玩偶，皆人、结、月海、草野这四人出到街上搜索，他们在路过的医院里与消失的钿女再遇了。但是在短暂的欢喜之后，为了保住自己的苇牙·千穗的性命，钿女化身为“领巾鹡鸰”向结和月海发出了战斗的请求。在双方抱着互不相让的心态持续着一进一退的激斗的过程中，监视着这场战斗的人物，也展开了行动——。

因为担心病情加重的千穗，皆人赶到了医院。在那里，皆人终于见到了在背后控制着钿女的人物·东之冰峨。冰峨交给皆人某件东西的同时，讲明了现代医学无法治好千穗的病情，现在只有一种方法可以拯救她。皆人为了寻求可能性而展开了行动。就在这时，由于M・B・I社长御中的所想，皆人也因此得到了某个建议——。

皆人他们总算是顺利到达了M・B・I社长御中所在的帝都塔。在短暂的安心过后，不知从何处传来的御中的声音“现在开始限时60分钟”。在电梯无法运作的情况下，皆人他们只能走阶梯。另一边，想要支援皆人的松她们潜进了接待室中。在这座有着巨多陷阱的帝都塔中，皆人到底能不能成功到达顶点——！？

启动了设置在帝都塔的炸弹，并且锁定了系统的御中。在接待室中，为了解开这个锁定而在奋斗着的松与在身边保护她的草野，守卫机器人正在一步步逼近着她们。就在二人陷入了空前危机之时，一个意外的人物却出现了。另一边，与结一起抵达了顶点的皆人，从御中那里成功得到了千穗的治疗数据。但是塔已经到达了极限，开始崩塌……究竟他们的命运会如何——！？