時は1924年、長く荘厳な歴史を誇る西欧の小国・ソヴュール王国。貴族の子弟たちが通う名門、聖マルグリット学園にやってきた、東洋の島国からの留学生・久城一弥。ある日、一弥は学園の図書館塔の一番上にある植物園で、人形のように美しい一人の少女と出会う――。

灰色狼の村に辿り着いた一弥とヴィクトリカ。そこで、村の人々はコルデリア・ギャロというメイドが、前の村長シオドアを殺した事件を語る。村を追放されたコルデリアの代わりに、無実を晴らそうとするヴィクトリカは、一弥と共に彼女の住んでいた家へと向かう――。

一弥のことが気になって、早めに学園に戻ってきたアヴリル。2人は一緒に映画に出かけ、そこにでてきたのとそっくりな時計塔が学園にあることに気づく。中には、錬金術師リヴァイアサンの工房があった。そのころ、図書館にいたヴィクトリカの頭上に金色の本が落ちて来る。それは、他でもないリヴァイアサンの手記だった･･･！！

オカルト省の地下に囚われたヴィクトリカ。折しも、ヨーロッパには2度目の世界大戦の嵐が吹き荒れ始めていた。戦争を望むブロワ侯爵は、ヴィクトリカをソヴュールの未来を占う「モンストル・シャルマン」として利用し、国王や民衆を操り動かしていく。ソヴュール、そして世界全体が戦いへと向かうなか、ヴィクトリカは一人、一弥に貰ったペンダントを握りしめ続けていた。