飛び込み自殺によって停車した長距離列車にたまたま乗り合わせてしまったエル。すると、乗客の中にいた男が突然警備員を射殺し、奪った銃で乗客を人質にとり、「権威ある者」との交渉を要求しはじめる。それは、天才的な物理学者でありながら、病的な妄想に取り付かれた男だった。身動きが取れないエルのもとに現れたのはリードだった・・・。

4人の女性が拷問の末に溺殺されるという連続殺人が発生。殺人は、マーク・グレゴリーという男と特定されているのだが、容疑を次々と変えては犯行を続けるため、まったく足取りがつかめない。水を使った殺害方法であることから、なんらかの「清めの儀式」の意味があると推測したギデオンたちは、過去を洗うことで行き先を突き止めようと、犯人の実家を訪ねる。

フロリダ州のジャクソンヴィルのある夫妻の元に、1枚のDVDが届く。差出人は写真を送ると言っていた娘で、そこに映し出されたのは驚きの映像だった。この地方では2年間で5件のレイプ殺人があったため、地元警察よりBAUに捜査の依頼がくる。ギデオンたちは、犯人がサディスト型レイプ犯で、複数による犯行だと、推測し、捜査にとりかかるが・・・。

ワシントン州で姿を消した若者がアイダホ州のボイジー国有林で他殺体となって発見された。類似の事件が1年半にも発生しており、いずれも胸を貫かれているが銃弾は落ちておらず、必死で逃げ回った痕跡があった。捜査協力を依頼されたBAUは、弓矢を使ったハンターの犯行であると推理、しかも2人以上で親族関係であると分析して捜査を開始する。そんな中、一人の若い女性が行方不明となる・・・。

別荘の山小屋にリード宛の手紙を残し、姿を消したギデオン。一方、ホッチはBAUに残る決断をしていた。そんな中、ポートランドで、同じ場所から死因が異なる複数の遺体が発見される。全員が最近街に引っ越してきたばかりの一人暮らしの若者だった。JJは、被害者の特徴を公開し、警告を呼び掛けるが、翌日新たな犠牲者が出る。リードは被害者たちが不安障害を持っていることに注目し、犯人は被害者の恐怖を利用して殺害したのではないかと推測。そこから、ある精神科医の存在が浮かび上がる。

カフェで出会った男コルビーとディナーを楽しんだガルシアは、自宅前での別れ際、彼から突然銃撃を受ける。弾は心臓近くまで達し、ガルシアは緊急手術中に心停止に陥る。ホッチの指示により、この事件の捜査に集中するチーム。ところが、現場には指紋や薬莢は残されておらず、有力な証言もなく、捜査は難航。ガルシアの代わりにデータベースを扱う分析官ケヴィンが呼ばれ、彼女のシステムで情報検索を始める。すると、そこに暗号化されたデータがあることが発覚。ガルシアを対象に内部監査が入ることになり、BAUによる捜査は禁止されてしまう。そんな中、BAUのオフィスに1人の保安官補が姿を現し・・・。

ピッツバーグ警察のベイルマン刑事からJJに連絡が入る。この3カ月で5人の自殺者が出た。いずれも3カ月前に起きたダンスパーティー会場の火災で死亡した子供たちの親だという。他殺の可能性は低いと考えたモーガンは捜査協力を渋るが、ロッシはピッツバーグ行きを決断する。BAUが現地入りして間もなく、新たな自殺者が出る。検視の結果、うなじに小さな注射跡が見つかった。チームは、悲惨な状況から遺族を救えるのは“死”だけだと信じる“死の天使”による犯行を疑い始める。

コロラド州の児童局職員と共に、カルト教団“分離教会”の施設を訪問したプレンティスとリード。ここで暮らす15歳の少女から性的被害をほのめかす通報を受け、指導者サイラスが支配する教会の内情を調査するのが目的だった。少女たちとの面談を始めると間もなく、武装した州警察が突然強制捜査に乗り込んでくる。事態は警察と男性信者らとの激しい銃撃戦へと発展し、児童局職員が流れ弾の犠牲に。サイラスは幼い子供を含む信者全員と施設内に立てこもり、プレンティスとリードも巻き添えになってしまう。思いがけない事件の勃発をニュースで知ったBAUのメンバーは、人質救出部隊と共に直ちに現場に入り、ホッチは人質交渉人としてロッシを指名する。

インディアナ州の小さな町で起きた映画館の火事で19名が死亡。2日前にはレクセンターの火災で12名が死亡しており、10日前にもコンビニと飲食店で火災が起きていた。捜査要請を受けたBAUは、放火犯の線でプロファイリングを開始する。チームは、犯人が必ず犠牲者の葬儀に現れると予想していたが、葬儀の最中に近くのバーで放火が発生。ホッチはガルシアに、バーの火災で犠牲になった5名を徹底的に調べさせる。2日前にこのバーのオーナーと結婚したばかりだったティナは、子供の頃、火事で両親を亡くしていることが判明。ティナの兄トミーは、14歳の時に町から追われるようにして出ていったことを突き止める。

ワシントンDCで起きた住居侵入殺人事件への協力要請を受けるBAU。高級住宅街に住む２組の夫婦が殺害され、死因は鈍器による撲殺。現場検証したメンバーは、被害者らが受けた壮絶な暴行の跡に言葉を失う。最近多発している破壊行為との関連性を探りながら、プロファイルを進めていく。犯人は、地元にいる体を鍛え上げた複数の男たちと発表するが、直後に起きた若者たちによる破壊暴動とは、犯人像がマッチせず地元警察はBAUを非難する。一方、モーガンは被害者の姉タマラの相談に親身に乗るうちに…。

苦悩の末、BAUに戻る決心をしたホッチ。復帰１件目の事件は、意外な展開を見せることに。銀行強盗で服役していた男シュレーダーは、出所２日目に女性を殺害後、自分の娘を誘拐し山小屋にこもっていたところを、BAUに逮捕される。誰もが一件落着と思った矢先、犯人連行中のパトカーがトラックに衝突され道路脇に転落。同乗していたプレンティスは負傷し、地元の刑事はシュレーダーに絞殺される。そこへ、トラックを運転していた男が現れ、シュレーダーと共に逃走。シュレーダーには相棒がいることが判明し…。

ヴァージニア州シャーロッツヴィルにあるネットセキュリティのシナロック社で虐殺が起きた。被害者はＣＥＯを含む社員で5人が射殺、3人は刺殺された。事件後間もなく、銃殺された老夫婦がクローゼット内で発見され、犯人は息子のルーク・ドーランだと判明する。ルークはＣＥＯだったワーナーと同じ第212部隊に所属していたことから、ＰＴＳＤを患っていると考えられた。ルークは解離症状を伴い、自分が戦場にいると信じ“任務中”の彼を邪魔するものは容赦なく殺してしまう。ルークとはいったい何者なのか？

ロッシが旧友である大学教授に頼まれて、学部生向けの犯罪学の授業で講義をすることになった。ＢＡＵのチーム全員が応援に駆け付け、プロファイリングとは何かを語ることになった。今回の題材に選ばれたのは、1992年から2009年に渡り100人以上の女性が犠牲となったトーマス・イエーツの事件。いかに連続殺人犯が作られるかを考え、それが分かれば犯人を捕まえることができるとロッシは語り、時系列に事件のすべてが明かされていく。事件に関する驚愕の事実と、今もロッシが背負う十字架とは…。

イリノイ州シカゴで男2人が続けて殺され、ＢＡＵが現地に飛んだ後さらに、今度は食堂前で新たな遺体が発見された。殺人現場に残されていた言葉“空を見上げろ”がモーガンの苦い記憶を呼び覚ました。モーガンの記憶から、犯人は長年、ユースセンター長をしていたカール・ビューフォードの被害者で、心に秘めていた強い怒りが何かの引き金で暴走したとＢＡＵは推測した。自分と同じ記憶を持つ誰かが、今も苦しみ、犯行に至ったのだと感じたモーガンは、犯人を探し出し、苦い記憶から救い出せるのか。

ペンシルベニア州ピッツバーグで48時間に2件の殺人事件が発生。被害者たちは絞殺後、下着姿でシャワーカーテンに包まれ、ハイウェーで遺棄されていた。捜索願が出ないような女性たちを狙った犯行で、遺体にレイプの跡はない。捜査を進めるうち、犯人は男女の２人組で何らかの恋愛関係があり、殺人は彼らの前戯ではないかと思われた。BAUの依頼で地元警察が似た手口の未解決事件を探したところ、犯人は夫婦で１９９４年から最低１３人を殺害していたことが判明。そんな中、初めて男性の遺体が発見された。

ベンジャミン・トロイ下院議員の妻ソフィーが何者かに誘拐された。身代金は2000万ドル。失踪から12時間が過ぎたばかりだが、ＦＢＩ長官からの命令によりＢＡＵは捜査を開始する。ほどなくして組織犯罪課の情報で、ロシアンマフィアの構成員が関与している可能性があると知ったリードは、捜査官が張り込んでいるというアパートへ向かい、マフィアの動向を見張ることに。さらに、ベンジャミンの兄ポールが過去にロシアンマフィアから借金をしていたことを突き止めたＢＡＵは、ベンジャミンの“隠された正体”にも迫る。

非暴力的な性犯罪者たちを集めたコミュニティ、フロリダ州のグレンポート・ヴィレッジで、チアリーダーの衣装を着た住民が殺害された。さらに第2の殺人事件が起きる中、男手ひとつで2人の子どもを育てるデサリオ保安官は、非常事態として子どもたちを警察署に泊める。長女のライリーはこっそり抜け出して男友達と出掛けたものの、途中で車から下ろされてしまう。夜道を歩くライリーは隣家のマットに拾われるが……。

服役中の女性アントニアは元ソーシャルワーカーで、家出人向けのホットラインを開設。少年少女を救うふりをして寝泊まりさせ殺害していた。そのアントニア宛てに血染めの衣類が送られる。それは2年前に失踪した少年たちのものだった。共犯者は逮捕時に拳銃自殺しており、真相を知るのは彼女だけ。少年たちの救出に乗り出したBAUに、1対1という条件で面談を承諾した彼女だったが、謎めいたメモをよこすのみで……。