Mulder y Scully se dirigen a la Base Aerea Ellens en Idaho, a pesar de las advertencias de gente poderosa y misteriosa. La investigación se inicia con la desaparición de un piloto de pruebas y conduce a una posible implicación de militares que posiblemente estan experimentando con OVNIs.

La hija adolescente de una mujer que dice haber visto un OVNI cuando niña, ha desaparecido cuando estaba en un campamento. Las sospechas indican que hay extraterrestres involucrados. Pero la clave para resolver el misterio podría ser el hijo de esta mujer en vez de la desaparecida hija.

El Director Adjunto del FBI Skinner envía a Mulder a investigar un cuerpo que ha aparecido en las cloacas de Nueva Jersey. Mulder cree que la asignación es un castigo, pero con el propio permiso de Skinner descubre que es un verdadero Expediente X.

Robert Patrick Modell escapa del psiquiátrico; Mulder y Scully se lanzan a su captura antes de que tome venganza contra su objetivo favorito: Mulder. Mientras se desarrolla el operativo, Mulder descubre la posibilidad de que Modell en realidad pueda estar tratando de protegerlo de alguien más.

Skinner muere ante unas enfermeras que se quedan asombradas por el tono que adquiere su piel. Todo parece relacionado con una investigación suya sobre una resolución del Senado sobre el envío de tecnología a países del Tercer Mundo.