Eine ihrer ehemaligen Studentinnen bittet Scully bei einer Reihe von Vermisstenfällen um Hilfe. Alle vermissten Personen scheinen sich in Luft aufgelöst zu haben – bis auf einen dunklen Brandfleck auf dem Fußboden. Als Hauptverdächtiger kristallisiert sich ein Wissenschaftler heraus, der kurz zuvor einen Unfall in einem Teilchenbeschleuniger hatte und nun selbst zur Gefahr für alle geworden ist, die sich in seine Nähe begeben. Doch auch er ist in Gefahr, weil er verfolgt wird.

Als ein lang gesuchter Mörder endlich gefasst werden kann, bringt er den Fahrer des Polizeiwagens durch ein paar geflüsterte Worte dazu, einen LKW zu rammen und entkommt. Mulder und Scully machen sich auf die Suche nach dem Flüchtigen, der scheinbar über telepathische Fähigkeiten verfügt, mit denen er anderen Menschen seinen Willen aufzwingen kann. Es beginnt ein gnadenloses psychisches und intellektuelles Kräftemessen zwischen dem flüchtigen Mörder und Mulder…

Diesmal sind Mulder und Scully einem geisteskranken Kidnapper auf der Spur. Dieser hat vor Jahren seinen Vater umgebracht, um seine Schwester vor ihm zu schützen. Nun will er seinen Opfern „helfen“, indem er ihnen durch eine Operation die seelische „Unruhe“ nimmt. Außerdem besitzt er offenbar die Fähigkeit, so genannte Gedankenfotos zu machen. Als Scully das nächste Opfer des Psychopathen wird, gerät sie in höchste Lebensgefahr. Mulder kann sie in letzter Sekunde retten…

Mulder gelingt es, aufgrund eines Traumes die Leiche eines kleinen Mädchens zu finden. Es handelt sich um das vierzehnte Opfers des Serienmörders John Lee Roche; dieser schneidet jedem seiner Opfer Stoffherzen aus der Kleidung und sammelt sie. Als Mulder feststellt, dass die Sammlung bereits 16 Stoffherzen enthält, und Roche ihm suggeriert, eines seiner Opfer sei Mulders Schwester Samantha, lässt Mulder sich auf ein überaus gefährliches Psychospiel mit Roche ein.

Ein schreckliches Szenario: Bei einem Autounfall eines Krankenwagens wird der Sanitäter Leonard Betts geköpft! Nach kurzer Zeit verschwindet die Leiche des Mannes aus der Pathologie. Dana Scully glaubt zuerst daran, dass Organdiebe am Werk waren, doch Fox Mulder gelingt es, Betts’ Kopf in einem Mülleimer zu finden. Das Unglaubliche: Auch ohne Körper scheint der Kopf des Sanitäters ein nicht vorstellbares und verblüffendes Eigenleben zu besitzen…

Bei Dana Scully wird ein bösartiger Gehirntumor festgestellt, der inoperabel ist. Trotzdem arbeitet sie weiter mit Fox Mulder an dem Fall einer Gruppe von Frauen, die alle behaupten, von Außerirdischen entführt worden zu sein. Einige von ihnen sind inzwischen tot. Mulder und Kurt Crawford gelingt es, sich in das Computersystem des Lombard-Forschungsinstituts zu hacken. Scullys Kollege stößt dort auf Menschenversuche, zu deren Zweck man einst auch Dana Scully missbraucht hat.

Als fünf Babys mit einer körperlichen Besonderheit geboren werden, verdächtigt Dana Scully zunächst den gemeinsamen Gynäkologen der Mütter. Doch dann entdeckt Fox Mulder bei Eddie van Blundht, dem Hausmeister des Ärzte-Zentrums, eine auffällige Narbe auf dem Rücken. Die beiden Agenten kommen einer unglaublichen Geschichte auf die Spur: Eddie van Blundht kann das Äußere anderer Personen annehmen. Er überwältigt Mulder, nimmt seine Gestalt an – und macht Dana Scully Avancen.

Mulders Freund Byers verliebt sich in die geheimnisvolle Susanne Modeski, die ihn um Hilfe gegen einen Regierungsbeamten bittet. Auf ihre Bitte hin hackt sich Byers in das Computernetz des Verteidigungsministeriums. Den Informationen entnimmt er, dass Susanne eine vom Militär gesuchte Killerin ist. Fox Mulder ist in offiziellem Auftrag auf der Suche nach ihr. Doch Susannes Freunde haben Beweise für ihre Unschuld – und Beweise für eine Verschwörung der Regierung gegen das Volk.

Scully untersucht den Selbstmord von Roberta Sim. Deren Tochter Emily sieht Scullys verstorbener Schwester Melissa verblüffend ähnlich. Eine genetische Untersuchung ergibt tatsächlich eine Übereinstimmung. Scully will das Mädchen adoptieren.

Mulder kommt hinter Emilys Geheimnis: Das Mädchen entstand aus Eizellen, die Scully während ihrer Entführung durch Außerirdische entnommen wurden. Scully bekommt schließlich das Sorgerecht zugesprochen. Da erfährt sie, dass Emily an einer tödlichen Krankheit leidet.

Pusher Robert Modell ist aus dem Gefängnis ausgebrochen. Modell ist gefährlich, denn er besitzt die Fähigkeit, anderen Menschen seinen Willen aufzuzwingen. Mulder und Scully stoßen bald auf die erste Leiche. Es ist Nathan Bowman, der Staatsanwalt im Prozess gegen Modell. Mulder spricht mit dessen Frau Linda – und stößt auf einige Ungereimheiten. Eine Begegnung mit Modell überlebt Mulder nur durch dessen „Gnade“. Mulders Verdacht richtet sich gegen Linda Bowman.

Mulder und Scully untersuchen in Chaney, Texas, die völlig blutleere Leiche eines Urlaubers. Mulder vermutet dahinter einen Vampir. Als es einen zweiten Toten dieser Art gibt und man Chloralhydrat findet, fällt Scullys Verdacht auf den Pizzajungen Ronnie. Das nächste Opfer soll Mulder sein, aber dieser tötet Ronnie nach alter Vampirjäger-Sitte: mit einem Pfahl ins Herz. Zu ihrem Grausen müssen Mulder und Scully feststellen, dass ganz Chaney von Vampiren bewohnt ist.

Agent Mulder überprüft eine Anzeige. In der Firma „VinylRight“ soll ein Monster sein Unwesen treiben. Der Angestellte Gary Lambert nimmt ihn und Mitarbeiter der Firma als Geiseln, weil er die Öffentlichkeit über das Monster informieren will. Das Gebäude wird gestürmt und Gary dabei erschossen. Als Mulder Garys Angaben weiterverfolgt, wird er für verrückt erklärt. In einer Klinik ans Bett gefesselt, ist er plötzlich selbst dem Monster ausgeliefert – doch Scully kann ihn retten…

In Nevada kommt es zu einer wilden Verfolgungsjagd zwischen der Polizei und einem Geiselnehmer, wobei eine Geisel ums Leben kommt – unter ziemlich merkwürdigen Umständen. FBI-Agentin Dana Scully obduziert die Leiche und stellt überrascht fest, dass die Frau nicht durch eine Polizeikugel, sondern an einem geplatzten Innenohr starb. Wenig später wird Mulder von dem wütenden Ehemann der Toten als Geisel genommen. Der Mann weist dieselben Krankheitssymptome auf wie seine Frau.

Ein Unbekannter will Scully und Mulder Beweise für außerirdische Experimente der Regierung unterbreiten. Deshalb sind die beiden Agenten in der Area 51, einem militärischen Sperrgebiet, als ein UFO über sie hinweg fliegt. Dabei wird Mulders Identität mit der des Army-Mitarbeiters Fletcher vertauscht. Mulder möchte zurück in sein altes Leben, Fletcher aber versucht das zu verhindern.

Mulder, im Körper von Morris Fletcher, versucht Scully vom mysteriösen Körpertausch zu überzeugen. Die aber glaubt ihm nicht. Doch selbst wenn ihm jemand helfen würde, wäre der Tausch zurück ein riskantes Unternehmen. Zumal Mulder dafür den Flugschreiber des UFOs bräuchte. Erst als Fletcher Scully in Mulders Wohnung einlädt, schöpft Scully Verdacht und stellt ihn zur Rede. Fletcher gesteht.

Wo und wann auch immer ein Mordfall geschieht, der Fotograf Fellig ist immer der Erste am Tatort. Das Merkwürdigste aber ist, dass er dies über Jahrzehnte hinweg durchhält. Schließlich gerät er selbst in den Verdacht, für die Morde verantwortlich zu sein. Dana Scully und Fox Mulder nehmen Fellig unter die Lupe und machen eine überraschende Entdeckung: Es sieht ganz so aus, als ob Fellig ewig lebt und sich doch nichts sehnlicher wünscht als den Tod.

Eines Montag hat FBI-Agent Fox Mulder ein Déjà-vu-Erlebnis: Er befindet sich zusammen mit anderen Kunden in einer Bank, als diese überfallen wird. Als der Coup schiefläuft, sprengt sich der Gangster samt allen Anwesenden in die Luft. Zugleich mit diesen sich immer öfter wiederholenden Déjà-vu-Erlebnissen bleibt auch eine Warnung von Pam, der Freundin des Bankräubers, in Mulders Gedächtnis haften. Als Mulder Pam dazu benutzt, den Bankräuber zu stellen, kommt es zur Katastrophe.

In einem Hotel in Las Vegas findet die „Def-Con ’99“ statt – eine Messe um geheime Technologien. Die drei Verschwörungstheoretiker Byers, Langly und Frohike, Freunde von Mulder, wollen die Rüstungsindustrie ausspionieren und sind auch dort. Da entdeckt Byers plötzlich die vor Jahren entführte Suzanne Modesky. Dann stirbt ein Freund der drei unter seltsamen Umständen…

Als die Leichen von Wallace und Angela Schiff gefunden werden, sind sie bereits völlig verwest und zudem mit Schleim überzogen. Dabei wurde das Paar erst seit drei Tagen vermisst. Scully und Mulder nehmen die Untersuchungen auf. Als Mulder noch einmal den Fundort erkundet, findet er dort wohlauf die beiden Eheleute vor. Sie erzählen, sie seien von Aliens entführt worden.

Fox Mulder und Dana Scully ermitteln in einem bizarren Mordfall: Ein junger Mann hat ein Loch im Kopf – und ihm fehlt das Gehirn. Eine Spur führt die FBI-Agenten zu einer Hamburger-Kette, in der Derwood Spinks, ein vorbestrafter Mörder, arbeitet. Als Spinks daraufhin nicht mehr zur Arbeit erscheint, scheint der Fall klar. Doch das ist ein Irrtum: Wenig später verschwinden zwei weitere Menschen auf geheimnisvolle Weise – und auf Fox Mulder wartet eine herbe Erfahrung.

Als sich vier ehemalige FBI-Agenten innerhalb eines halben Jahres das Leben nehmen und ihre Leichen anschließend aus den Gräbern verschwinden, recherchieren Mulder und Scully in diesem Fall. Mulder findet heraus, dass die Toten alle zur so genannten Millennium-Gruppe gehörten und bittet daraufhin Frank Black, den einstigen Star-Profiler des FBI, um Hilfe. Black erzählt Mulder von einem Mann, der nur ein Ziel hat: kurz vor dem Millennium das Ende der Welt heraufzubeschwören…

Der „Unglaubliche Maleeni“ alias Herman Pinchbeck war ein Zauberkünstler der Sonderklasse. Nun hat sein Zwillingsbruder Albert Pinchbeck diese Rolle übernommen. Zusammen mit seinem jungen Protegé Billy will er dem psychopathischen Spieler Alvarez seine gerechte Strafe zukommen lassen. Ihr nächstes Ziel, ein sorgenfreies Leben, erstreben die beiden mit nicht ganz astreinen Methoden – weshalb sie es mit Fox Mulder zu tun bekommen, der den besseren Zaubertrick parat hat.

Im Willow Park von Los Angeles bei Vollmond: Deputy Wetzel erlebt einen Albtraum, als er von etwas Unheimlichem angegriffen wird. Während Sergeant Duthie am Verstand ihres Kollegen zweifelt, ist Fox Mulder überzeugt, dass ein Werwolf sein Unwesen treibt. Als in dieser Nacht ein Polizeimitarbeiter, eine Prostituierte und eine Gerichtsmedizinerin durch ihren schlimmsten Albtraum sterben, ist Mulder überzeugt, dass sich das Wesen von den Todesängsten seiner Opfer ernährt.

Der Arzt Dr. Robert Wieder findet seinen Schwiegervater Dr. Thalbro erhängt und mit durchgeschnittener Kehle auf. Wenig später wird Dr. Wieders Ehefrau Nan von einer äußerst seltenen Krankheit befallen. Fox Mulder ist davon überzeugt, dass sich jemand mittels Schwarzer Magie an dem Arzt rächen will. Nach längerer Suche in den Krankenhausakten stößt Dr. Wieder auf den Fall einer Patientin, die er nicht hatte retten können. Deren Vater will sich nun an dem Arzt rächen.

Mulder und Scully ermitteln in einem merkwürdigen Fall: Dem Möbelladenbesitzer Gilmore ist der Mund zugewachsen, als sich sein Angestellter Anson Stokes gewünscht hat, er solle den Mund halten. Doch anstatt Anson Stokes bekommen die Agenten nur dessen Bruder Leslie zu Gesicht. Wie sich herausstellt, ist Anson nicht nur unsichtbar, sondern auch noch tot. Als man seine Leiche findet, macht Scully sie mit einem Puder sichtbar und stößt auf eine mysteriöse Vorgeschichte.

Scully soll in Utah einem Gerichtsmediziner bei der Obduktion eines Mordopfers helfen, das gesteinigt wurde. Außerdem wurde am Tatort eine schleimige Masse gefunden, die schon in einer anderen X-Akte aufgetaucht war. Wenig später wird Scully von scheinbar harmlosen Leuten daran gehindert, einen kleinen Ort zu verlassen. Es handelt sich um Sektenmitglieder, die mit Dana Scully etwas ganz Bestimmtes vorhaben: Sie pflanzen der Agentin einen parasitären Wirtskörper ein.

John Doggett wacht völlig orientierungslos im Gefängnis der mexikanischen Stadt San Gradura auf und kann sich nicht mehr an seinen Namen erinnern. Schließlich sorgt ein Ganove namens Domingo für Doggetts Freilassung. Dieser erklärt ihm, dass er ein namenloser „Desaparecido“ – ein Verschwundener – sei und nun für ihn arbeiten müsse. Als Doggett aber herausfindet, dass Domingo im Namen der örtlichen Mafia Menschenschmuggel im großen Stil betreibt, droht ihm der Tod.

Der ehemalige Geheimdienstmitarbeiter Morris Fletcher bittet Reyes und Doggett um Schutz vor seinem derzeitigen Arbeitgeber, der ihn umzubringen versucht. Dafür bietet Fletcher dem FBI die Aushändigung einer „Supersoldatin“ namens Yves Adele an. Yves war früher eine Hackerkollegin der drei einsamen Schützen Byers, Langley und Frohike. Doch die drei glauben Fletcher nicht, da sie ihn als ständigen Lügner kennengelernt haben und versuchen, ihre Ex-Kollegin auf eigene Faust aufzuspüren, um sie an ihrer nächsten Mordtat zu hindern.

In einem Vorort von L.A. sterben zwei Männer kurz hintereinander auf die gleiche Weise: Sie werden durch das Dach eines Hauses geschleudert und schlagen dann aus großer Höhe auf dem Boden auf. Doggett und Reyes nehmen das unscheinbare Vorstadthaus unter die Lupe und stoßen da auf den Sonderling Oliver Martin alias Anthony Fogelman, der über besondere psychokinetische Kräfte verfügt. Doch genau diese Kräfte verzehren Anthony – wendet er sie an, begibt er sich in Lebensgefahr…