Batman doit arrêter au plus vite deux super criminels, le Professeur Pyg et son acolyte Mr Crapaud. Les deux super vilains kidnappent toutes les personnes concernées par la création de Stagg Industries, dont Simon Stagg, Michael Holt et sans le vouloir Alfred qu'ils prennent pour Bruce Wayne. À la fin de cet épisode, Alfred blessé à une jambe, engage un nouveau garde du corps pour Bruce, Tatsu Yamashiro dont il a connu le père durant sa carrière d'espion.

Ra's al Ghul's recrute les ennemis de Batman (le professeur Pyg, Mr. Crapaud, Magpie, Tobias Whale, Phosphorous Rex et Cypher) pour l'éliminer en échange du contrôle d'une partie de Gotham. Batman court pour sauver ses partenaires de la ville entière pendant que le lieutenant Gordon et Barbara essaient de désactiver le Cortex Ionique une bonne fois pour toutes.

Batman et Katana rencontrent une créature étrange nommée Bat. Il est le résultat expérimental du professeur Pyg et de l'armée animale d'humains mutants de Mr. Crapaud.