Après avoir réalisé que son micro-ondes permettait d'envoyer des textos dans le passé, Okabe découvre un troublant secret en piratant le réseau du SERN.

Okabe poursuit ses expériences avec les D-mails, entraînant des modifications dont lui seul est capable de se souvenir, tout en tentant de faire renaître Ruka.

Tandis qu'Okabe est bouleversé par son échec, Kurisu doute qu'il puisse un jour sauver la vie de Mayuri. Suzuha fait une révélation surprenante.

Espérant sauver la vie de Kurisu, Okabu décide de ne pas pirater l'IBN 5100. Mais dans la version bêta du monde, il devra choisir entre Kurisu et Mayuri.