Nell'anno 2022 viene pubblicato, in tiratura estremamente limitata, l'atteso e rivoluzionario VRMMORPG (Virtual Reality MMORPG) Sword Art Online, in cui i giocatori possono interagire in un ambiente di realtà virtuale con la più totale libertà. I giocatori sono in grado di controllare realisticamente il corpo del proprio alter ego, grazie ad una visuale in prima persona, e di interagire attivamente con il mondo digitale circostante tramite un fittizio ausilio dei cinque sensi, ma senza aver modo di provar dolore, per ovvie ragioni. Questa vera e propria "full immersion" è resa possibile grazie al nuovo hardware denominato "NerveGear", un elmetto agente con le sinapsi. Il 6 novembre 2022, il giorno d'apertura ufficiale del VRMMORPG, porta con sé un evento tragico ed inaspettato quando Akihiko Kayaba, il geniale creatore di Sword Art Online, impedisce ai giocatori di effettuare volontariamente il log out. Kayaba, il quale non motiva inizialmente le sue azioni, offre tuttavia ai giocatori la possibilità di sfuggire al pericoloso mondo in cui sono intrappolati per tornare in quello reale, ora più desiderato che mai. Il modo è solo uno: terminare il gioco riuscendo a raggiungere ed a completare l'ultimo piano del gigantesco mondo fluttuante di Aincrad. La storia vede come protagonista Kirito, un beta tester che, il primo giorno d'apertura ufficiale dei server, incontra e stringe amicizia con Klein, al quale insegna le basi di gioco sotto sua richiesta. I due si vedono costretti ad intraprendere strade separate e si salutano, con la promessa di incontrarsi nuovamente. Alla fine del primo mese 2000 persone muoiono senza aver ancora superato il primo piano. ~ Corrisponde a: Intro Vol.01 - storia principale

Il 2 dicembre 2022, Kirito prende parte ad un incontro in cui un giovane di nome Diabel rende noto a tutti che, assieme ai membri del suo party, ha finalmente scoperto la locazione del boss del primo piano: intende quindi organizzare un raid per sconfiggerlo e passare al piano successivo. I presenti cominciano a riunirsi in gruppi e Kirito fa party con l'unico membro rimasto disponibile: Asuna. In seguito a varie critiche lanciate verso i beta tester - accusati di tenere per loro le informazioni più utili, lasciando i novizi allo sbaraglio - da Kibaou, amico di Diabel, un giovane uomo di nome Agil si fa avanti. Egli mostra a tutti che diversi beta tester hanno contribuito a realizzare una guida che tornerà loro molto utile per sconfiggere il boss del primo piano, Illfang il Signore dei Coboldi, poiché descrive il suo pattern d'attacco. Forti delle informazioni, Diabel, sotto il ruolo di leader, ed il gruppo danno battaglia nella sala di Illfang, il quale, una volta arrivato ad un quarto della sua vita, cambia arma come previsto. Diabel ne approfitta per infliggerli il colpo di grazia, ma il boss segue attacchi differenti e s'avvale di un'altra arma non presente nella beta. Kirito avverte Diabel, ma non riesce a soccorrerlo tempestivamente. Diabel si rivela infine essere un beta tester che aveva scelto di restare indietro per aiutare i più inesperti. Kirito, grazie al supporto di Asuna e gli altri, riesce a sconfiggere il boss dandogli il colpo finale e ad ottenere l'oggetto raro a cui mirava il leader. Kibaou, avendo udito gli avvertimenti tardivi di Kirito, lo etichetta come un beta tester che non li aveva volutamente informati, lasciando morire Diabel. Il gruppo comincia a diventare sospettoso e teme che vi possano essere altri beta tester fra loro. Kirito, rispettando l'ultima volontà di Diabel, ossia quella di agire per il loro bene, attira su di se tutte le ostilità, lasciandosi intenzionalmente etichettare come beater (crasi tra le parole beta tester e cheater), allontanandole dagli altri per impedire di far cadere il gruppo. Kirito dissolve il party ed abbandona il dungeon, compreso solo da Asuna e Agil. ~ Corrisponde a: "Aria nella notte senza stelle" - material edition

Sono passati diversi mesi e Kirito si ritrova a festeggiare in un taverna con la giovane gilda "Gatti Neri della Notte", da lui salvata. Keita, capo della gilda, chiede a Kirito di unirsi a loro e ad insegnare a combattere al loro unico membro femminile, Sachi. Kirito, il quale nasconde il suo vero livello che ammonta a circa il doppio degli altri, accetta l'offerta e comincia a legare con i compagni, Sachi in primis. Il giovane tranquillizza più volte la ragazza, a causa della natura poco temeraria di lei ed alla comprensibile paura di morire in un mondo così ostile. Il 12 giugno 2023, Keita va a comprare una dimora fissa per la gilda e, nella sua assenza, gli altri membri decidono di passare ai livelli più alti per guadagnare più soldi ed EXP. Nonostante non nasconda di essere contrario, Kirito li segue e prova inutilmente ad ammonirli dall'aprire un forziere in un dungeon, sul quale uno dei membri si fionda subito sopra. Scatta una trappola ed i compagni, di cui l'ultima a cadere è Sachi, muoiono l'uno dopo l'altro. L'unico a sopravvivere, grazie al suo livello notevolmente superiore, è Kirito. Al ritorno, Keita scopre tutto e, incapace di accettarlo, si suicida. Il 24 dicembre 2023, Argo, un'informatrice, rende note a Kirito delle voci secondo le quali il boss speciale dell'evento può droppare un oggetto capace di riportare in vita un giocatore. Kirito, s'incammina verso il luogo indicatogli, intento ad ottenere l'oggetto per riportare in vita Sachi e scoprire ultime parole da lei proferite, per quanto rancore possano serbare. Il ragazzo viene raggiunto da Klein e la sua gilda, i quali gli propongono di fare party, ma Kirito si rifiuta, mostrandosi disposto anche ad affrontarli pur di fronteggiare il boss da solo e tenere per se l'oggetto raro. Ostacolati da un'altra gilda, Kirito lascia Klein e gli altri allo scontro, per dedicarsi esclusivamente al boss dell'evento. Il ragazzo ritorna e lascia l'oggetto a Klein, dicendogli di conservarlo per uno dei suoi compagni, poiché ha effetto solo se utilizzato entro dieci secondi dalla morte. Kirito, solo nella sua stanza, trova fra i suoi regali un messaggio vocale registrato in precedenza da Sachi, che gli confessa di aver scoperto il suo livello, ma non lo odia perché sa che lui aveva scelto di stare al loro fianco solo per proteggerli. Dopo aver cantato per lui "Rudolph, la renna dal naso rosso", gli dice addio e la registrazione termina. ~ Corrisponde a: Vol.02 Ch.04, stesso titolo - side story

Kirito corre alla finestra, dalla quale vede il corpo di Yoruko dissolversi poco prima di notare una figura ammantata di nero sui tetti, che individua subito come l'aggressore. Il colpevole si dilegua con l'ausilio di una pietra per il teletrasporto, svanendo d'innanzi ad un Kirito appena lanciatosi all'inseguimento. Sempre più incredulo dell'accaduto, Kirito cerca di scovare un'altra logica che permetta di uccidere in una safe-zone, ma non ne trova poiché è il sistema stesso di SAO ad impedirlo. Ormai fuori dalla locanda, in seguito ad una semplice discussione con Asuna, che gli offre il pasto per ricambiare il gesto di lui al loro primo incontro, Kirito coglie fortuitamente un indizio che lo porta alla realizzazione dell'accaduto, compreso il meccanismo utilizzato per simulare la morte. Le presunte vittime non sono quindi tali, ma è una loro messa in scena per scoprire chi fra i rimanenti sia il vero assassino, inducendolo alla paranoia sulla possibile vendetta del fantasma di Griselda, la defunta leader. Yoruko e Kains ascoltano e registrano la confessione d'innocenza di Schmit davanti alla lapide di Griselda, prima di rivelare anche a lui la verità. Inaspettatamente sopraggiungono i membri di una gilda di player killer, i Laughing Coffin, coinvolti nell'assassinio di Griselda sotto richiesta di Grimrock, membro dell'ormai distrutta gilda e marito della defunta, anche nel mondo reale. È Grimrock il mandante dell'omicidio. L'uomo non era riuscito a sopportare il repentino cambiamento di sua moglie, che, immersa in quel nuovo e pericoloso mondo, aveva mostrato un nuovo lato di sé, rivelandosi forte e coraggiosa, a dispetto di lui ch'era rimasto paralizzato dalla paura. Grimrock ha fatto quindi uccidere sua moglie per immortalare il ricordo della precedente lei, che sarebbe presto svanito, non era quindi interessato all'oggetto raro, che aveva solo offerto ai pk per i loro servizi. Grimrock viene catturato da Asuna, mentre Kirito giunge in salvo di Yoruko, Kains e Schmit, spingendo i player killer a ritirarsi grazie ad un bluff. Quando Asuna rinfaccia a Grimrock che il suo non era amore ma solo desiderio di possessione, quest'ultimo, già instabile, viene preso dallo sconforto e dal pentimento, e portato via dai suoi ex compagni. Kirito ed Asuna decidono di tornare al fronte, dopo la proposta della ragazza di aggiungersi reciprocamente alla loro lista amici per tenersi in contatto. ~ Corrisponde a: Vol.08 Ch.01, stesso titolo - side story

Il duello tra Kirito e Heathcliff si svolge in un'arena in cui vi è radunata una gran folla. Asuna avverte Kirito della forza di Heathcliff che, come lui, ha una skill unica, chiamata “lama divina” che gli fornisce la massima potenza di attacco e difesa. Heathcliff in un primo momento è in grado di sopraffare Kirito, ma i ruoli cambiano quando Kirito “costringe” Heathcliff sulla difensiva. Proprio nel momento in cui Kirito sta per affondare il colpo vincente, Heathcliff riesce misteriosamente a schivare e sconfiggere Kirito. Asuna chiede a Kirito, ormai membro dei Cavalieri del patto di Sangue, perché non vuole mai unirsi alle gilde e lui le rivela quello che è successo alla sua vecchia gilda. Asuna conforta Kirito e gli dice che lo proteggerà. Più tardi, Kirito fa un “test” al dungeon del 55 ° piano con Godfrey e il suo compagno Kuradeel, il quale sembra apparentemente pentito. Mentre i tre si prendono una pausa per il pranzo, Kirito si accorge troppo tardi che l'acqua che bevevano lui e Godfrey conteneva un effetto di paralisi. Kuradeel rivela che è un membro dei “ Laughing Coffins” e ha intenzione di uccidere sia Godfrey che Kirito; dopo aver ucciso Godfrey, Kuradeel tenta di uccidere Kirito ma viene salvato da morte certa dall'arrivo di Asuna che li ha rintracciati sulla sua mappa. Asuna decima rapidamente gli HP di Kuradeel fino alle fasi critiche. Kuradeel, implorando il perdono, con uno stratagemma attacca Asuna ma Kirito riesce ad ucciderlo sacrificando un braccio. Asuna si sente in colpa per quello che è successo, ma Kirito, baciandola, la rassicura dicendole che si vuol prendere cura di lei e proteggerla. Essi decidono di prendersi una pausa insieme e più tardi, Kirito, le racconta di un luogo in cui possono stare insieme da soli. Dopodiché le chiede di sposarlo e lei accetta volentieri.

Dopo che il gruppo sconfigge il boss, subendo 14 morti nella battaglia, Kirito deduce che Heathcliff, l'unico giocatore che non mostra segni di stanchezza, è Akihiko Kayaba. Akihiko paralizza tutti tranne Kirito, e gli offre la possibilità di affrontarlo in un duello uno-contro-uno in cui, se Kirito vince riuscirà a liberare tutti i giocatori rimanenti da SAO. Dopo aver dato i suoi migliori auguri agli altri, Kirito accetta la sfida, ma non è in grado di superare la difesa assoluta di Akihiko. Quando Akihiko prepara il colpo di grazia, Asuna supera la sua paralisi e prende il colpo perdendo tutti i suoi HP e scomparendo. Affranto dalla morte di Asuna, Kirito perde la volontà di combattere e riceve una coltellata mortale da Akihiko. Tuttavia, in punto di morte, Kirito ricorda la convinzione di Asuna in lui e riesce a riconquistare volontà sufficiente per sconfiggere Akihiko con la spada della defunta Asuna. Essi sono uccisi entrambi contemporaneamente e il gioco è dichiarato finito il 7 novembre 2024 alle 14.44. Kirito poi si risveglia tra le nubi sopra Aincrad, dove trovano sia Asuna e Akihiko. Akihiko informa Kirito e Asuna di aver disconnesso tutti gli altri giocatori, come promesso, e spiega anche le sue motivazioni per la creazione di SAO prima di scomparire. Kirito e Asuna si dicono l'un l'altro i loro veri nomi: Kazuto Kirigaya e Asuna Yuki. Alla fine scompaiono con Aincrad senza lasciare traccia. Con sua sorpresa, Kazuto si risveglia in un ospedale nel mondo reale e, pur essendo fisicamente debole, si mette alla ricerca della vera Asuna.

Leafa si crea dei nemici quando lascia che il suo gruppo si unisca a Kirito.

Kazuto, torna all'ospedale dove lo aspetta Asuna. Lì davanti, incontra Sugō che lo ferisce con un coltello. Kazuto nota poi il suo occhio. Infatti Sugō è diventato cieco in quell'occhio proprio nel gioco. Alla fine Kirito riesce a prendergli il coltello ma lo risparmia. Alla fine sale da Asuna che lo aspetta. Il giorno dopo Kazuto e Asuna parlano di SAO nella loro nuova scuola dove ci sono solo gli studenti che hanno partecipato a SAO. Kazuto scopre che cos'è il seme che Kayaba gli aveva dato e lo usa per il suo nobile scopo. Dopo essere stato chiuso, ALO viene riaperto con nuovi giocatori, insieme a quelli che hanno combattuto per vincere.

Kirito e gli altri decidono di andare in una missione subacquea all'interno del mondo di ALO per realizzare il desiderio di Yui di vedere una balena. Mentre tutti si preparano per la ricerca, si trovano ad affrontare una rivelazione scioccante ... Leafa/Suguha ha paura dell'acqua! Asuna e gli altri membri femminili decidono così di insegnare a nuotare a Suguha in una piscina nel mondo reale in modo da aiutarla anche in quello virtuale. Nel frattempo, Kirito incontra qualcuno ...

Circa un anno dopo l'incidente di SAO, un nuovo gioco, Gun Gale Online, spopola in Giappone. E' principalmente frequentato da giocatori professionisti e un giorno uno di essi sembra essere ucciso nel mondo reale da un giocatore online attraverso un'arma che lui chiama "Death Gun". Kazuto Kirigaya viane quindi contattato da Kikuoka Seijiro della Divisione Virtuale del Ministero degli Affari Interni che gli chiede di iscriversi a GGO per investigare.

Tempo addiatro Sinon, all'interno di un dungeon, sconfiggendo il mostro posto a guardia di esso, ottiene una Ultima Ratio Hecate II, che oggi utilizza in una missione che la vede battersi con un osso duro di nome Behemoth, che mette a dura prova le sue abilità di cecchino.

Viene svelato il passato di Sinon e del perché abbia fobia delle armi da fuoco nella vita reale. Intanto Kirito si prepara per la prima visita a GGO.

Tornata al mondo reale, le cose non sono così facili per Shinon, perché dovrà affrontare la sua più grande paura. Più tardi, lei e Kirito si incontrano con Kikuoka Seijirou, che fa un rapporto approfondito di tutto ciò che è accaduto, rivelando loro nuovi dettagli.

La squadra si addentra nel dungeon con lo scopo di sconfiggere il Re dei Giganti che minaccia tutta ALO. Non senza difficoltà riescono a farsi largo fra i nemici e durante il percorso incontrano una fata di nome Freyja imprigionata in una gabbia di ghiaccio, la quale chiede di poterli accompagnare nella loro missione.

Le condizioni di Yuuki si aggravano improvvisamente e Asuna deve correre in ospedale prima che sia troppo tardi.