En A.G. 101, sur « Le jour où l’ange est tombé », la mère mourante de Flit Asuno lui a fourni les schémas d’un légendaire Mobile Suit connu sous le nom de « Gundam ». Après avoir passé les 14 années suivantes à travailler au développement de cette arme, il doit bientôt la mettre à l’épreuve lorsqu’une flotte d’U.E. envahit sa colonie de Nora et menace la vie de ses amis.

L’attaque de Nora par les États-Unis a laissé la colonie dans un effondrement imminent. Le commandant de la colonie de la Fédération, Hendrick Bruzar, a mis au point un plan pour utiliser le cuirassé amiral, Diva, pour sauver le noyau de la colonie, permettant ainsi aux habitants de la colonie d’échapper à la destruction. Cependant, le capitaine de la Diva a d’autres plans. Pendant ce temps, Flit tente de s’échapper de la colonie tout en pilotant le Gundam, mais tombe sur une fille échouée nommée Yurin, qui semble avoir ses propres pouvoirs mystérieux.