Lors d'une sortie scolaire - au cours de laquelle les étudiants doivent collecter des pierres -, Clark est chargé de rechercher Eric, le fils du professeur, qui a disparu. Il le retrouve sur un pont, en équilibre instable...

Clark doit résoudre le mystère qui entoure la fleur Nicodemus. Cette plante étrange possède la vertu de modifier radicalement le caractère de ceux qui inhalent son pollen, avant de les plonger dans un coma profond. Tous les habitants de Smallville semblent contaminés : Jonathan devient macho, Lana tente de séduire Clark, et Pete veut tuer Lex !

Clark dirige son vaisseau au coeur de la tornade qui s'abat sur Smallville. Violemment secoué et frappé par la foudre, l'engin tombe en panne et perd de l'altitude. Egalement victime du cyclone, prisonnière de sa voiture, Lana est en danger. Alors qu'elle s'est réfugiée à l'arrière du véhicule, Clark surgit et, sans qu'elle s'en aperçoive, se met au-dessus d'elle pour la protéger... Dans son manoir, Lex regarde son père, coincé sous une colonne, le supplier de lui venir en aide. Finalement, après une longue hésitation, il se décide à le sauver. Mais le plafond s'effondre ! Lorsque Lex parvient enfin à s'extirper des gravats, son père a perdu connaissance...

Lorsqu'il apprend que Lana a été agressée par un étudiant, Clark perd son sang-froid et blesse le jeune homme. L'affaire s'envenime : poursuivis par la justice, les Kent risquent d'être dépossédés de leur ferme. Une situation qui pousse Clark à tout mettre en uvre pour arrêter la machine judiciaire, mais aussi à douter de ses pouvoirs... L'ex-petit ami d'Helen arrive en ville, déterminé à la reconquérir. Mais la belle rejetant ses avances, il se met à la harceler. Ce qui exaspère Lex, au plus haut point...

Alors que son père passe des examens à l'hôpital, Clark se lie d'amitié avec un jeune garçon, Garrett, dont le frère Vince vient juste de mourir d'une maladie du foie. Cependant, le lendemain, tout le monde est surpris de voir Vince réapparaître... Jonathan, de son côté, accepte l'opération à coeur ouvert...

Grâce au satellite des Queen, Chloé localise le crash d'une des créatures échappées de la zone fantôme en Californie. Elle semble se rapprocher de Smallville... Clark reçoit la visite surprise de Raya. Il est heureux de la savoir en vie... Lana est contactée par le Dr Groll qui lui confie toutes les données sur ses travaux avant de prendre la fuite et disparaître loin des Luthor...