1989, une pluie de météorites s'abat sur Smallville, dans le Kansas, entraînant la destruction de la ville. Au même moment, en rase campagne, Jonathan et Martha Kent ont un accident de voiture. Alors qu'ils sont encore sous le choc, un petit garçon nu leur apparaît, comme tombé du ciel. Le couple décide de l'adopter et l'appelle Clark... 2001, Clark est adulte. Il a deux amis, Pete et Chloe, et est amoureux de la jolie Lana Lang. Il gagne aussi l'amitié et la reconnaissance du richissime héritier de l'empire Luthor, Lex, qu'il sauve d'un accident de voiture. Mais Clark n'est pas un garçon comme les autres. Il semble posséder des pouvoirs surnaturels...

Après la fête annuelle du lycée, Greg Arkin, un collectionneur d'insectes, est piqué par certaines de ses bestioles dont les cages se sont ouvertes. Il se réfugie dans sa chambre, couvert de boursouflures. Soudain, il se retrouve suspendu au plafond, tel un insecte...

Un étudiant en art, privé de l'utilisation de ses mains à la suite d'un accident, découvre qu'il possède le don de télékinésie. Il cherche alors à se venger de ceux qu'il tient pour responsables de son handicap... De son côté, Lana éprouve un fort sentiment de jalousie envers Chloe qu'elle a vue avec Clark...

Déterminé à en apprendre plus sur ses origines, Clark se rend à New-York. Il doit y rencontrer le professeur Swann, un génial savant qui est en possession d'un message en provenance de Krypton pour lui. Pendant ce temps, une nouvelle dispute avec Chloé décide Lana à déménager...

Tandis que le vaisseau s'illumine, une voix mystérieuse s'adresse à Clark et se présente comme la mémoire et la volonté de son père, Jor-El, et lui explique qu'il est temps pour lui d'accomplir sa destinée, de quitter Smallville et de conquérir le monde. Mais Clark s'y refuse... Lex avoue à Helen que c'est bien lui qui a volé l'éprouvette dans son bureau pour faire analysert le sang de Clark. Furieuse de cette trahison, elle décide de rompre et annuler le mariage... Clark et Lana décident de se rendre ensemble au mariage de Helen et Lex. Mais il leur faut parler à Chloe au sujet de leur relation...

Sous l'influence de la kryptonite rouge, Clark, qui vit à Metropolis, se retrouve impliqué avec un baron du crime du nom de Morgan Edge qui l'embauche pour s'introduire chez LuthorCorp. Pendant ce temps, Jonathan, prêt à tout pour recomposer sa famille, prend des mesures draconiennes pour ramener Clark à la maison. Au manoir, Lionel accuse Helen d'avoir tué Lex...

Croyant qu'une information importante sur le passé de son père a été perdue lors de l'effacement de sa mémoire, Lex décide de rejoindre un programme d'expérimentation du Dr Garner pour retrouver ses souvenirs. Mais l'expérience a des effets secondaires pour le moins inquiétant. En effet, Lana trouve Lex sur le bord de la corniche en train d'hurler le prénom de son frère nourisson décédé il y a quelques années. Inquiète, elle met Clark au courant...

Alors que Lois Lane est en chemin pour Smallville afin d'enquêter sur la mort de sa cousine Chloe, elle tombe sur un Clark reprogrammé en Kal-El... Trois mois après son attaque, Jonathan est toujours dans le coma. Le médecin, pensant qu'il n'y a plus rien à faire pour lui, tente de convaincre Martha de débrancher la machine qui le maintient artificiellement en vie... A Paris, Lana s'est découvert un nouveau petit ami du nom de Jason. Et Lex est sur la trace de mystérieux artefacts...