Por causa de que Pete descubre la nave espacial de Clark perdida entre el maizal, y luego de que el Dr. Hamilton (Joe Morton), ahora afectado por los meteoritos, la robara, Clark se ve obligado a contarle todo su secreto a su amigo. Hamilton busca apoyo del propio Lionel, ya que Lex se niega a ayudarle.

Todo parece ir bien en Smallville. Clark y Lana están haciendo progresos y finalmente él tiene el valor suficiente para pedirle que vayan juntos al festival. Todo se complica cuando regresa Whitney, pero no parece el mismo y Clark empieza a investigar.

Durante una fiesta en la cueva subterránea descubierta por Klya, el estudiante Travis muere. Pete Ross es picado por un parásito. Cuando Chloe y Clark acuden a la cueva, Chloe es picada y su comportamiento cambia radicalmente. Cuando Pete le pone una kriptonita roja en el bolsillo a Clark, los tres empiezan a comportarse de forma distinta y hieren los sentimientos de Lana.

Cuando Lana es atacada en una piscina solitaria, por Jake -un compañero obsesionado por ella- resulta herido mortalmente por un francotirador anónimo. Clark investiga su muerte y se da cuenta de que alguien está matando a los que fueron contaminados por la lluvia de meteoritos.

Lionel Luthor obliga a la doctora Claire Foster a someter a Lex Luthor a electroshocks para borrar su memoria y olvidar su crimen. Clark intenta salvar a su amigo pero Eric Summers, Van McNulty e Ian Randall planean un ataque y se escapan del asilo.

Al regresar de dejar a Jonathan Kent en el hospital, después de sufrir un infarto, la camioneta de Martha y Clark casi es alcanzada por dos vehículos compitiendo en la carretera. Para sorpresa y decepción de Clark, uno de los conductores es Pete Ross, que se ha hecho amigo de una mala influencia, Jason Dante. Pete no acepta el consejo de Clark y se mete en problemas.

Cuando Jonathan Kent pasa una revisión médica en el Hospital de Smallville, el médico le diagnostica una arteria obstruida y recomienda una operación de corazón para instalar un triple bypass. Mientras tanto, el hermano mayor del amigo de Clark necesita un trasplante de hígado, pero no lo resiste y fallece. Su cuerpo será utilizado en un experimento y resucita.

Lionel Luthor, utilizando una de las piedras Kriptonianas, intenta intercambiarse el cuerpo con el de Lex, pero - sin querer – hace una transferencia con Clark, averiguando unos secretos, entre ellos, los poderes de Clark.

El equipo de fútbol de la Universidad de Metrópolis intenta reclutar a Clark, pero él no está seguro de si debe aceptar, ya que es consciente de que cuenta con una ventaja en el campo. Mientras tanto, Lois se ve implicada en la muerte de un miembro del equipo y es arrestada por asesinato.

Cuando Lana mata a Genevive Teague con uno de los Cristales del Conocimiento Kriptoniano, pone en marcha un evento cósmico que envía meteoritos hacia la Tierra y Smallville. Temiendo que él está unido a estos meteoritos, Clark se marcha a hablar con Jor-El. Jor-El le informa que su única esperanza es la de reunir los cristales del conocimiento en la cueva. Con el tiempo en contra, Clark se desplaza hacia donde se encuentran los otros dos cristales.

Clark comienza a entrenarse en la Fortaleza de la Soledad después de que ésta se formara con la piedra de los 3 elementos. jor-El le advierte que debe acabar su adiestramiento para acabar con la lluvia de meteoritos, pero Clark se va prometiéndole que regresará antes del amanecer. 2 alumnos de Zod llegan a la Tierra para buscar a Kal-El.

Clark conoce a Arthur “AC” Curry, un chico joven con una extraordinaria fuerza bajo el agua. AC se encuentra en Smallville deseando sabotear un experimento de LuthorCorp que amenaza la vida marina. Mientras permanece en Smallville, AC siente atracción por Lois.

Al regresar a casa con Lois, Martha es alcanzada por una luz seguida de un rayo y contrae una enfermedad kriptoniana letal. Clark sospecha de Jor-El y le pide ayuda al profesor Milton Fine. El profesor le explica que Jor-El fue un dictador en Krypton, que destruyó a su líder Zod y al planeta y que envió a Clark a la Tierra para dominar el mundo. Además, le dice que la única manera de salvar a Martha es destruyendo la Fortaleza de la Soledad. Mientras tanto, Lionel convence a Chloe para que investigue al profesor Milton Fine y averigüe quién es realmente.

Simone, usa su encanto para seducir a la gente y que cumplan sus deseos. Cuando hipnotiza a Clark con un pendiente azul, arruina su relación con Lana e hipnotiza a Martha y Lex.

Clark y Martha acogen a una niña pequeña, Maddie, después de que su madre haya sido apuñalada brutalmente hasta causarle la muerte. Cuando se descubre que Maddie tiene el poder de romper cristales, se convierte en la principal sospechosa. Mientras tanto, Chloe interrumpe a Lex y Lana en una situación comprometida.

Clark trabaja duro para reparar los daños causados por Zod y desarrolla lo que él cree es su primer resfriado. Sin embargo, pronto descubre que es un nuevo poder: “la super-respiración”. Lana se muda con Lex, quien cree ser perseguido. Pronto se descubre que tenía razón al ser secuestrado.

Clark descubre que la Flecha Verde resultó herida mientras intentaba salvar a una pareja, pero Oliver niega que le dispararan. Sin embargo, cuando empieza a comportarse de forma extraña, Clark y Chloe investigan y descubren que está tomando una super droga que hace que su cuerpo se cure a sí mismo, pero con efectos secundarios muy graves.

Mientras tanto, Lana descubre algo impactante que cambia su relación con Lex.

Chloe encuentra a una persona afectada por la lluvia de meteoritos. El hombre, Tobías, es ciego pero puede descubrir quién tiene poderes. Chloe advierte a Clark del peligro y Lana, temerosa de que Tobías puede descubrir las habilidades de Clark, le promete un transplante de córnea. Sin embargo, no está preparada para la noticia que le dará Tobías.

Cuando Clark descubre que Lionel amenazó a Lana con matarle a menos que ella se casara con Lex, decide ir a por Lionel y terminar con él para siempre. Lana le dice a Lex que le deja.

Clark y Lois descubren la nave de Kara, pero antes de poderla abrir, aparece Kara y deja a Lois sin sentido. Clark se sorprende cuando Kara le informa que ella está ahí para proteger al bebé Kal-El. A pesar de la aparición de Kara, Clark decide que sin Lana, no hay nada que le retenga en Smallville y se marcha a la Fortaleza de la Soledad donde empieza su entrenamiento como superhéroe. Jor-El le dice quién es el padre de Kara y que ella es peligrosa, por lo que Clark se debe quedar en Smallville para averiguar por qué ella ha venido a la Tierra. Lex averigua algo sorprendente sobre Lana y el proyecto 33.1.

Clark escucha la voz de su madre biológica, Lara, pidiendo ayuda desde el cristal de Kara y decide liberarla a pesar de las advertencias de Jor-El. Pronto descubrirá que ha sido manipulado, aunque demasiado tarde. Mientras tanto, Chloe y Lex descubren que Lois y Grant se han estado viento y le advierten que se detenga.

Jimmy consigue una foto de Clark usando la supervelocidad para salvar a Lois de un atracador, y en ella se ve una mancha roja y azul. Jimmy se la muestra a Tess, que decide ponerla en la portada del Daily Planet. Clark teme que se descubra su identidad y le pide a Chloe que tome cartas en el asunto, pero ella se niega.

Clark encuentra a Tess en el apartamento de Lana, que ha sido saqueado, y se da cuenta de que Lana ha desaparecido. Tess le cuenta que Lex está vivo y que quizá haya secuestrado a Lana, y por fin le confiesa la verdad sobre lo que le ocurrió a Lana cuando se despertó del coma que le había provocado Brainiac. Mientras, Tess se cuela en unas instalaciones secretas de LuthorCorp y descubre algo inesperado.