Clark rescata a Lana del tornado, y luego irá en busca de Jonathan y Nixon con la ayuda de Chloe y Pete. El estado de Lionel es severo, por lo cual Lex lo somete a una operación muy peligrosa.

Clark avisa a Lana y a Chloe de que no salgan con Ian Randall, pero creen que tiene celos y no comprenden el peligro que corren.

Todo parece ir bien en Smallville. Clark y Lana están haciendo progresos y finalmente él tiene el valor suficiente para pedirle que vayan juntos al festival. Todo se complica cuando regresa Whitney, pero no parece el mismo y Clark empieza a investigar.

Mientras ocultan la nave espacial en el sótano de la granja, Martha Kent aspira unas esporas desconocidas y enferma de inmediato. Es ingresada en el Hospital Central de Smallville bajo el cuidado de la doctora Helen Bryce, y los resultados de sus analíticas de sangre son enviadas al CDC. Los agentes del CDC van a inspeccionar la granja, por lo que Clark y Pete se apresuran en desplazar la nave. Clark inhala las esporas y enferma. Jonathan intenta dar con un tratamiento.

Clark se pregunta muchas cosas sobre Cyrus, uno de sus compañeros de clase que utiliza rayos térmicos e investiga por su cuenta. Se pregunta si Cyrus proviene de Krypton. Mientras tanto, la doctora Helen Bryce se muda a la mansión de Lex, y se da cuenta de que su llave maestra abre todas las puertas excepto una.

Cuando Lana Lang es atacada por tres clientes bebidos, Clark Kent le defiende y hiere a los hombres. El nuevo Sheriff de Smallville le arresta. Uno de los heridos le denuncia al mentir y decir que sufrió heridas graves. Los Kent tienen que responder por los actos de su hijo y están a punto de perder la granja.

Lana Lang intima cada vez más con Clark. El doctor Fredrick Walden recupera la conciencia y repite siempre la misma frase: “el día llegará y él reinará en el mundo”.

Cree que Clark es una amenaza para la humanidad y se escapa de la institución mental, utilizando el enorme poder que ha adquirido, con la intención de matar a Clark.

Clark ha empezado a salir con Lana. Helen Bryce cancela su boda con Lex, pero después se da cuenta de que le quiere y se casan. Jonathan y Martha están entusiasmados al saber que Martha está embarazada. La memoria de Jor-El le habla a Clark, revelándole que debe abandonar Smallville, sus amigos y parientes y cumplir con su destino. Clark decide destruir la nave. La nave explota, causándole un aborto a Martha.

En Metrópolis, tres meses más tarde, influido por la kriptonita roja, Clark se convierte en un criminal. Mientras tanto, Lex Luthor es declarado muerto, pero está vivo en una isla remota. Lana Lang y Jonathan Kent intentarán traer a Clark de vuelta a Smallville.

Lex Luthor regresa a la mansión e invita a la doctora Helen Bryce a una segunda luna de miel. Clark vuelve a la granja, pero Morgan Edge le encuentra y amenaza a su familia. Lana le confiesa su amor pero Clark le rechaza.