1989, une pluie de météorites s'abat sur Smallville, dans le Kansas, entraînant la destruction de la ville. Au même moment, en rase campagne, Jonathan et Martha Kent ont un accident de voiture. Alors qu'ils sont encore sous le choc, un petit garçon nu leur apparaît, comme tombé du ciel. Le couple décide de l'adopter et l'appelle Clark... 2001, Clark est adulte. Il a deux amis, Pete et Chloe, et est amoureux de la jolie Lana Lang. Il gagne aussi l'amitié et la reconnaissance du richissime héritier de l'empire Luthor, Lex, qu'il sauve d'un accident de voiture. Mais Clark n'est pas un garçon comme les autres. Il semble posséder des pouvoirs surnaturels...

Après la fête annuelle du lycée, Greg Arkin, un collectionneur d'insectes, est piqué par certaines de ses bestioles dont les cages se sont ouvertes. Il se réfugie dans sa chambre, couvert de boursouflures. Soudain, il se retrouve suspendu au plafond, tel un insecte...

Walt, l'entraîneur de l'équipe de football de Smallville, savoure la 199e victoire de ses sportifs, tranquillement installé dans son sauna où se trouvent des morceaux de kryptonite. Furieux d'apprendre que plusieurs joueurs ne participeront pas au prochain match pour avoir triché à leur examen de mathématiques, il jette sa serviette sur son bureau qui prend alors feu. Walt, qui se sait maintenant doté de pouvoirs, demande à Clark de rejoindre son groupe. Celui-ci, qui ignore tout des nouveaux dons de son coach, accepte.

Lex Luthor, le meilleur ami de Clark, est recherché pour braquage à main armée. Lorsque tous deux se retrouvent nez à nez, Lex réagit violemment et projette son camarade dans une vitrine. A cette occasion, Clark découvre qu'il a un nouveau pouvoir, celui de voir à travers les choses grâce aux rayons X...

Lors d'une soirée entre amis autour d'un feu de camp, Sean, un dragueur impénitent, fait des avances à Chloe qui se laisse charmer. Plus tard, le jeune homme participe à un match de football qui se déroule au bord du lac. Il s'avance sur le lac gelé, au fond duquel se trouve de la kryptonite, pour récupérer le ballon. La glace se brise et Sean se noie...

Dans le cadre de leur programme scolaire, Clark, Pete et Lana se rendent dans une maison de retraite. Clark et Pete font la lecture à une aveugle possédant des dons de voyance tandis que Lana emmène Harry, dans son fauteuil roulant, faire une promenade au bord du lac. En voulant ramasser son briquet, Harry tombe dans l'eau. Il entre alors en contact avec de la kryptonite et retrouve une seconde jeunesse...

Jodi est une jeune fille obèse, obsédée par son poids. Alors qu'elle discute avec ses camarades Pete et Chloe, elle est victime de railleries de la part d'autres élèves. Blessée, désormais déterminée à maigrir, elle décide de ne plus se nourrir que de plantes à base de kryptonite...

Un ancien ami des Kent, Earl Jenkins, souffre de violentes convulsions depuis qu'il travaille pour Luthor Corp, en particulier au nettoyage du niveau -3 de l'entreprise. Il vient voir le père de Clark, le seul en qui il a, dit-il, confiance..

Lors d'une visite à Métropolis, Clark sauve in-extremis un sans-abri des roues d'un bus qui lui fonce droit dessus. Le chauffeur ayant, semble-t-il, eu une crise cardiaque. Mais Clark ne sait pas qu'il a été observé par Phelan, un policier sans scrupules. Celui-ci décide de lui faire du chantage et lui fait une offre qu'il ne peut refuser : l'aider à réaliser des coups malhonnêtes ou le dénoncer...

Une adolescente du nom de Amy, dont la famille vit et travaille dans le manoir des Luthor, est amoureuse de Lex. Dans les gradins du stade du lycée, Troy vole le carnet intime d'Amy. Mais peu après, dans les vestiaires, le même Troy est agressé par ses affaires de sport, dont une haltère qui est en lévitation dans les airs ! Alertés par ses cris, Clark et Pete accourent et l'aident à se relever. Mais une silhouette traverse la vapeur des douches, et disparaît...

Un homme d'affaires capable d'influer sur les décisions des personnes en leur serrant simplement la main a l'intention de racheter la ferme des Kent. Il projette de la transformer en une entreprise industrielle..

Lors d'une sortie scolaire - au cours de laquelle les étudiants doivent collecter des pierres -, Clark est chargé de rechercher Eric, le fils du professeur, qui a disparu. Il le retrouve sur un pont, en équilibre instable...

Le manoir de Lex est cambriolé par des hommes qui ont le pouvoir de passer à travers les murs. Lex est d'autant plus étonné que ces derniers ont dérobé la preuve de son projet secret...

Une nouvelle fois, de sombres événements du passé de Lex Luthor refont surface. A Metropolis, quelques années auparavant, il fut à l'origine de la mort d'un individu. Ce dernier réapparaît, mystérieusement...

Clark doit résoudre le mystère qui entoure la fleur Nicodemus. Cette plante étrange possède la vertu de modifier radicalement le caractère de ceux qui inhalent son pollen, avant de les plonger dans un coma profond. Tous les habitants de Smallville semblent contaminés : Jonathan devient macho, Lana tente de séduire Clark, et Pete veut tuer Lex !

Par une nuit sombre, Martha renverse accidentellement un jeune garçon, Ryan. Les Kent accueillent chez eux le blessé, sans se douter qu'il fuit ses beaux-parents. Ayant le don de lire dans les pensées d'autrui, Ryan était exploité à des fins criminelles. Il choisit donc de feindre l'amnésie...

Clark doit retrouver un homme infecté par la Kryptonite qui prétend soulager les gens âgés et malades en les réduisant en cendres. Le père de Whitney, souffrant, pourrait bien être sa prochaine victime...

Clark voit dans l'élection du délégué de classe l'occasion de se fondre dans la masse et de devenir «un jeune homme normal». Mais ses concurrents sont attaqués par un essaim d'abeilles et il se voit contraint, une fois de plus, d'utiliser ses pouvoirs...

Un étudiant en art, privé de l'utilisation de ses mains à la suite d'un accident, découvre qu'il possède le don de télékinésie. Il cherche alors à se venger de ceux qu'il tient pour responsables de son handicap... De son côté, Lana éprouve un fort sentiment de jalousie envers Chloe qu'elle a vue avec Clark...

Clark et Lana se lancent dans une course contre la montre pour retrouver Chloé qui a été enlevée. Lana est dotée d'un pouvoir particulier : elle est capable de voir à travers les yeux du kidnappeur...

Clark retrouve la pièce manquante de son vaisseau. Il est donc sur le point de découvrir d'où il vient et sa réelle identité. Pendant ce temps, Lex découvre que son père a fermé la plantation et lui ordonne de retourner à Métropolis...

Clark dirige son vaisseau au coeur de la tornade qui s'abat sur Smallville. Violemment secoué et frappé par la foudre, l'engin tombe en panne et perd de l'altitude. Egalement victime du cyclone, prisonnière de sa voiture, Lana est en danger. Alors qu'elle s'est réfugiée à l'arrière du véhicule, Clark surgit et, sans qu'elle s'en aperçoive, se met au-dessus d'elle pour la protéger... Dans son manoir, Lex regarde son père, coincé sous une colonne, le supplier de lui venir en aide. Finalement, après une longue hésitation, il se décide à le sauver. Mais le plafond s'effondre ! Lorsque Lex parvient enfin à s'extirper des gravats, son père a perdu connaissance...

Après avoir blessé accidentellement Lana, Clark part se cacher. Il a découvert un incroyable pouvoir qu'il n'arrive pas à maîtriser. Or il doit y parvenir pour empêcher Lex Luthor de tuer son père...

Pete tombe sur le vaisseau spatial de Clark dans un champ de maïs. Malgré les réticences de ses parents, Clark décide d'avouer son secret à son ami. De son côté, Lex Luthor a une altercation avec le Pr Steven Hamilton, l'un des scientifiques qui avait attiré son attention grâce à ses recherches...

Clark se métamorphose au contact de fragments de météorites rouges introduits au lycée. Au grand étonnement de son entourage, il devient un adolescent rebelle. Il oublie ses inhibitions et n'hésite pas à déclarer sa flamme à Lana. Mais le nouveau Clark peut aussi se révéler dangereux s'il utilise ses pouvoirs à mauvais escient...

Clark s'inquiète quand il apprend qu'un mystérieux poète, Byron, dépose des mots doux destinés à Lana sur la tombe de ses parents. Mais Lana, intriguée par le comportement du jeune homme, veut faire sa connaissance. Elle et Clark sympathisent bientôt avec l'inconnu. Ils le raccompagnent chez lui et sont accueillis par son père, fusil en mains, qui leur demandent de déguerpir. Le lendemain, Clark et ses amis retournent libérer Byron : ses parents le retenaient prisonnier, enchaîné...

Swimmer Troy se noie pendant une séance de natation. Lorsque son corps émerge de l'eau, il a l'aspect d'un vieillard. Chrissy, sa petite amie au passé trouble, l'a embrassé juste avant sa mort. Chrissy est une mutante qui vampirise ses victimes pour rester jeune. Pendant que Clark enquête sur cette affaire, les difficultés financières s'accumulent à la ferme. Martha reprend contact avec son père, William, pour lui demander de l'aide, ce qui déplaît fortement à Jonathan. Clark, lui, est ravi à l'idée de rencontrer son grand-père. Il se démène pour rapprocher les deux hommes mais les choses tournent mal...

Une mystérieuse femme rend visite aux Kent, et prétend être la mère de Clark. Elle contraint alors les parents de Clark à révéler à leur fils les circonstances de sa découverte dans un champ de maïs. Clark apprend ainsi pourquoi son père déteste les Luthors. Il découvre également les modalités de son adoption et qui a vraiment sauvé Lex de la mort...

Dans un laboratoire, un homme fait subir des expériences à Ryan, l'ami télépathe de Clark. Quand Ryan s'aperçoit que le médecin veut contrôler ses capacités surnaturelles, il essaie de s'échapper et appelle Clark à son secours. Quand ce dernier veut localiser l'hôpital, il ne trouve aucun établissement du nom de Summerholt à Edge City...

Pendant un cours de travaux partiques, Ian, un élève très brillant, est descendu en flammes par le professeur qui trouve que le coupe-papier qu'il a fabriqué n'est pas réussi. A la fin du cours, l'adolescent, qui veut suivre les cours de la prestigieuse fondation Luthor, demande à Clark d'utiliser ses pouvoirs pour savoir quelle note il a obtenu. En apprenant que le professeur l'a gratifié d'un C, il est furieux. Clark découvre également que Ian sort en même temps avec Chloe et Lana. Il les avertit mais elles préfèrent dans un premier temps ignorer l'information...

Alors qu'il est en train de faire du vélo-cross avec Pete, Clark tombe dans une grotte. Il y fait deux découvertes merveilleuses : d'anciennes inscriptions indiennes qui pourraient être la clef de son identité et une ravissante jeune fille qui lui apparaît comme étant son âme sur. Pour conserver les mystérieux caractères, Clark rejoint le combat que mène Lex contre son père, et l'aide à stopper les ouvriers du bâtiment de Lionel qui s'apprêtent à détruire la grotte...

Whitney Fordman revient à Smallville après avoir servi dans la Marine. Il espère renouer avec Lana. Mais l'attitude étrange de Whitney pousse Clark à s'interroger sur les mobiles de son ami... Dans le même temps, Lex découvre une photo de sa nouvelle petite amie, le Dr Helen Bryce, en compagnie de son père, Lionel...

Après s'être fait souffler un contrat de plusieurs millions de dollars par LutherCorp, Lex soupçonne son père d'avoir truffé le manoir de micros et de caméras pour l'espionner. Pour se venger, il envoie une équipe de malfrats dans ses bureaux pour qu'ils installent un système de surveillance sophistiqué. Quand il apprend que Lionel et Martha travaillent dans l'immeuble, il décide d'annuler l'opération. Mais les hommes de mains se mettent en tête de repartir avec un petit butin. Ils surprennent Lionel et Martha et les prennent en otage...

Lionel est blessé par balles dans le manoir de Lex. Jonathan est arrêté par la police qui retrouve une bouteille d'alcool et l'arme du forfait à bord de sa voiture. Lorsque Clark et Martha lui demandent son emploi du temps de la nuit passée, Jonathan ne se souvient de rien. De son côté, Lana a été témoin d'une altercation entre les deux hommes...

Pete et Chloe ont été infectés par un parasite, qui les transforme en casse-cou à la recherche de sensations fortes. Pete utilise de la kryptonite rouge afin de persuader Clark de les rejoindre dans leur dangereuse aventure. Non seulement Clark se sert de ses pouvoirs, mais il embrasse Chloe devant une Lana sous le choc...

Lex retrouve Lucas, son frère, que Lionel a abandonné à sa naissance pour le faire adopter. Désormais majeur, Lucas pourrait l'aider à nuire à leur père... Clark postule au Talon. Il espère pouvoir passer plus de temps au côté de Lana...

La poussière de météore fait des ravages chez les Kent. Après Martha, c'est au tour de Clark de tomber gravement malade. Chloe et Lana sont désespérées à l'idée de perdre leur ami. Pendant ce temps, Helen reçoit une offre d'emploi hors de Smalville qui contraint Lex à s'interroger sur leur relation...

Déterminé à en apprendre plus sur ses origines, Clark se rend à New-York. Il doit y rencontrer le professeur Swann, un génial savant qui est en possession d'un message en provenance de Krypton pour lui. Pendant ce temps, une nouvelle dispute avec Chloé décide Lana à déménager...

Un des camarades de classe de Clark, Cyrus Krupp, prétend être un extraterrestre et semble le prouver en faisant une démonstration de sa vision laser. Clark commence à le prendre au sérieux...

Lorsqu'il apprend que Lana a été agressée par un étudiant, Clark perd son sang-froid et blesse le jeune homme. L'affaire s'envenime : poursuivis par la justice, les Kent risquent d'être dépossédés de leur ferme. Une situation qui pousse Clark à tout mettre en uvre pour arrêter la machine judiciaire, mais aussi à douter de ses pouvoirs... L'ex-petit ami d'Helen arrive en ville, déterminé à la reconquérir. Mais la belle rejetant ses avances, il se met à la harceler. Ce qui exaspère Lex, au plus haut point...

Témoin du braquage d'un camion de la Luthor Corporation transportant de la kryptonite, Clark veut s'interposer mais ne parvient pas à neutraliser les voleurs. Pour empêcher le jeune Texan de les dénoncer à la police, les truands s'en prennent à Jonathan et Martha, ses parents...

Lana est hantée par le fantôme d'une amie d'enfance. Après en avoir parlé à Clark, ce dernier découvre que la petite fille n'est qu'un clone fabriqué avec de la kryptonite. Comprenant que son amie est en danger, Clark fait tout pour la sauver. Dans le même temps, Lex apprend que son père, Lionel, finance un programme de recherche sur le clonage...

Le Dr Walden émerge de son coma et prononce plusieurs fois cette phrase étrange : «Le grand jour approche». Puis il révèle à Lex et Lionel que Clark est un alien et doit être anéanti. Clark confie son inquiétude à ses parents : Walden semble désormais doté de pouvoirs surnaturels. Il peut donc lire le langage de Krypton et découvrir ainsi son identité. De son côté, Lana rend visite à Clark et le trouve occupé à écrire le discours qu'il prononcera aux fiançailles de Lex. Elle lui a apporté un gâteau d'anniversaire. Très touché, Clark embrasse la jeune fille...

Tandis que le vaisseau s'illumine, une voix mystérieuse s'adresse à Clark et se présente comme la mémoire et la volonté de son père, Jor-El, et lui explique qu'il est temps pour lui d'accomplir sa destinée, de quitter Smallville et de conquérir le monde. Mais Clark s'y refuse... Lex avoue à Helen que c'est bien lui qui a volé l'éprouvette dans son bureau pour faire analysert le sang de Clark. Furieuse de cette trahison, elle décide de rompre et annuler le mariage... Clark et Lana décident de se rendre ensemble au mariage de Helen et Lex. Mais il leur faut parler à Chloe au sujet de leur relation...

Sous l'influence de la kryptonite rouge, Clark, qui vit à Metropolis, se retrouve impliqué avec un baron du crime du nom de Morgan Edge qui l'embauche pour s'introduire chez LuthorCorp. Pendant ce temps, Jonathan, prêt à tout pour recomposer sa famille, prend des mesures draconiennes pour ramener Clark à la maison. Au manoir, Lionel accuse Helen d'avoir tué Lex...

Après que Jor-El ait octroyé temporairement des supers-pouvoirs à Jonathan, celui-ci s'engage avec son fils dans une terrible bataille au sommet de l'immeuble LuthorCorp. Entretemps, Lex revient chez lui et se demande qui de Lionel ou d'Helen a provoqué son accident d'avion...

Clark découvre que quelqu'un s'attaque aux personnes affectées par la kryptonite et apprend que sa prochaine victime sera Lex. Il utilise alors ses pouvoirs pour sauver Lex mais se retrouve pris au dépourvu lorsque le tueur découvre son point faible et lui tire dessus avec une balle en kryptonite...

Clark rêve qu'il est poursuivi par une jeune fille effrayée qui lui demande son aide. Mais après avoir appris que la jeune fille n'est autre que sa voisine plongée dans un coma depuis plusieurs années, il demande l'aide de Lana pour découvrir la vérité - mettant Lana en grand danger... Pendant ce temps, Lionel exige de Lex qu'il subisse une évaluation psychologique complète avant de le réembaucher...

Perry White, un journaliste promis à une belle carrière mais détruite par Lionel Luthor, se rend à Smallville à la recherche d'histoires d'extraterrestres pour une émission de presse à scandales. Bien qu'étant constamment en état d'ébriété, Perry pense avoir vu Clark utiliser son extraordinaire rapidité, et conçoit un dangereux plan pour pousser Clark à dévoiler ses supers-pouvoirs... Entretemps, Lex découvre que Perry possède une preuve accablante sur le passé douteux de Lionel...

Le grand-oncle de Lana, qui a été condamné il y a 40 ans pour le meurtre de sa femme, lui montre la photo de l'homme qui aurait réellement assassiné sa tante. Lana est bouleversée de découvrir que l'homme ressemble trait pour trait à Clark ! Certain que l'homme est Jor-El, l'enquête de Clark le mène vers un médaillon kryptonien qui lui permet de voir des morceaux du passé - et donc la vie que Jor-El lui a préparé avant son arrivée sur Terre...

Clark a des soupçons sur Lana qui, subitement attirée par un étudiant, commence à agir de façon rebelle, ce qui l'amène à se retrouver en prison. Les soupçons de Clark se confirment lorsqu'il découvre que le nouveau petit ami de Lana possède des pouvoirs magnétiques lui permettant de déplacer des objets et de modifier les émotions des gens, mais quand il essaie de libérer Lana de l'emprise paranormale qui la contrôle, celle-ci tente de le tuer... Pendant ce temps, Lex découvre que Chloe fait des recherches sur le passé de Lionel et lui propose d'unir leurs forces contre son père...

Lex retrouve Morgan Edge et le pousse à avouer ses combines douteuses avec Lionel, mais avant que Lex puisse les transmettre à la police, quelqu'un tente de l'assassiner au manoir. Echappant de peu à la mort, Lex s'enfuit et demande à Clark de l'aider. Cependant, lorsque Clark retourne au manoir pour enquêter, il ne trouve rien de suspect, et commence à se demander si cela est vraiment arrivé, surtout après que Lionel annonce que Lex a eu un traumatisme psychotique et qu'il devrait être enfermé...

Lex s'associe avec 3 krypto-mutants pour attirer Clark dans l'hôpital afin qu'il l'aide à s'échapper après avoir entendu que Lionel ait demandé qu'on lui fasse subir des électrochocs pour effacer sa mémoire. Cependant, le plan tourne mal quand Lex se fait doubler par ses 'associés' qui utilisent de la kryptonite pour annihiler les pouvoirs de Clark. Entretemps, Lana rencontre un mystérieux étranger à l'hôpital...

En essayant d'arrêter des voleurs, Clark devient temporairement aveugle après avoir reçu une rafale de sa vision thermique dans les yeux qui s'est reflétée par un morceau de kryptonite, et se rend rapidement compte que son corps a développé une super-ouïe pour compenser son manque de vision. Cependant, comme auparavant avec ses précédents dons, Clark n'a pas tout à fait le contrôle de son nouveau pouvoir...

Clark tente d'écraser Chloe en la pourchassant avec sa voiture. Après un choc, il reprend ses esprits mais ne se souvient pas de ce qui vient de se produire. A son dernier souvenir, il était à la bibliothèque et il venait de recevoir un mail étrange. La situation se corse lorsque Lana tente à son tour de tuer Chloe. Qui peut bien en vouloir à ce point à la jeune femme ? Lana confie à Clark qu'elle voit un autre garçon...

Clark découvre que Jordan, un nouveau venu au lycée de Smallville, peut prédire le futur. Il 'voit' ainsi Mr Altman, l'entraîneur, se faire renverser par une voiture. Et Clark ignore encore qu'il va tout bouleverser en sauvant Mr Altman d'une mort certaine... Entretemps, Lex, trouvant le comportement d'Adam suspect, enquête sur son passé et découvre des informations étonnantes...

Après que Pete ait volontairement interrompu une course de rue, les organisateurs menacent de le tuer. Il demande alors à Clark d'utiliser ses pouvoirs pour les arrêter. Furieux que Pete se soit mis dans une telle position, Clark doit trouver un moyen de sauver son ami tout en protégeant son secret... Jonathan, de son côté, se retrouve à l'hôpital après un malaise. Serait-ce les premières conséquences de son accord avec Jor-El ?

L'ascenseur dans lequel il se trouve étant sur le point de s'écraser, Clark est obligé d'utiliser ses pouvoirs devant Alicia, une nouvelle élève, mais il est surpris de découvrir qu'elle possède elle aussi ses propres pouvoirs. Un lien se crée entre eux par le biais de leurs pouvoirs, mais les choses tournent mal quand Alicia devient obsédée à l'idée de partager Clark avec d'autres personnes, surtout Lana. Entretemps, Lana demande à Lex d'enquêter sur Adam...

Alors que son père passe des examens à l'hôpital, Clark se lie d'amitié avec un jeune garçon, Garrett, dont le frère Vince vient juste de mourir d'une maladie du foie. Cependant, le lendemain, tout le monde est surpris de voir Vince réapparaître... Jonathan, de son côté, accepte l'opération à coeur ouvert...

Clark reçoit un appel paniqué de Lana et entend un coup de feu juste avant que la ligne ne raccroche. Mais quand il arrive au Talon, il est stupéfait de découvrir qu'elle est en vie et que tout va bien. Clark réalise alors que l'appel était prévu pour le lendemain et que c'est Adam qui tirera sur Lana...

Quand Jonathan commence à se comporter de façon étrange, Clark croit que Jor-El envoie des messages à Jonathan par le biais de la clé. Le jeune garçon se rend alors dans les cavernes Kawatche pour affronter son père biologique, mais Lionel le surprend. Les éléments que ce dernier parvient à rassembler l'amènent directement vers le Dr Swann. Face à face, les 2 milliardaires concluent un accord...

Quand Chloe inhale par accident un mystérieux krypto-gaz, elle se rend compte que cela lui sert de sérum de vérité avec toutes les personnes qui rentrent en contact avec elle. Pour la journaliste en herbe qu'elle est, cela va au-delà de tout ce qu'elle pouvait espérer. Elle va pouvoir connaître les secrets de chacun et enfin découvrir la vérité sur Clark. Mais un tel don n'est pas sans conséquences...

Croyant qu'une information importante sur le passé de son père a été perdue lors de l'effacement de sa mémoire, Lex décide de rejoindre un programme d'expérimentation du Dr Garner pour retrouver ses souvenirs. Mais l'expérience a des effets secondaires pour le moins inquiétant. En effet, Lana trouve Lex sur le bord de la corniche en train d'hurler le prénom de son frère nourisson décédé il y a quelques années. Inquiète, elle met Clark au courant...

Lorsqu'un indien Kawatche dérobe un couteau mythique provenant des grottes, il acquiert des super-pouvoirs identiques à ceux de Clark, ce qui amène le jeune homme à penser qu'il est le légendaire Naman,

Le départ de Lana pour Paris approche. Clark semble décidé à révéler son secret à la jeune femme pour qu'ils puissent enfin être ensemble. Mais Emily, une amie d'enfance de celle-ci, refait son apparition à Smallville. Dotée du supers pouvoirs, elle a l'intention de laisser personne s'immiscer entre Lana et elle. Et encore moins de laisser son amie partir pour Paris...

Les choses s'accélèrent à Smallville lorsque Kara, une jolie jeune fille dotée de super-pouvoirs, assure venir de Krypton et essaye de convaincre Clark d'accomplir sa destinée. Déboussolé, le jeune homme tente de trouver conseils auprès de ses parents adoptifs, mais il est choqué quand Kara oblige Jonathan à enfin révéler les termes de l'accord passé avec Jor-El... De son côté, Lex compte sur Chloe et Clark pour témoigner contre son père... Quant à Lana, elle est enfin prête pour partir à Paris...

Alors que Lois Lane est en chemin pour Smallville afin d'enquêter sur la mort de sa cousine Chloe, elle tombe sur un Clark reprogrammé en Kal-El... Trois mois après son attaque, Jonathan est toujours dans le coma. Le médecin, pensant qu'il n'y a plus rien à faire pour lui, tente de convaincre Martha de débrancher la machine qui le maintient artificiellement en vie... A Paris, Lana s'est découvert un nouveau petit ami du nom de Jason. Et Lex est sur la trace de mystérieux artefacts...

Clark et Lois Lane enquêtent sur la disparition de Chloe, mais sont interrompus par un officier de l'armée, le Général Sam Lane, qui se révèle être le père de Lois. Lois suspecte son père d'en savoir plus sur ce qui est arrivé à Chloe qu'il ne veut bien l'admettre, et Clark découvre que Sam Lane a été récemment en contact avec Lex. Suspectant que Chloe est toujours en vie, Lionel envoie un assassin ayant la faculté de transformer ses membres en armes métalliques afin d'empêcher la jeune fille de témoigner contre lui... Lana, de retour de Paris, fait la connaissance de Lois...

De retour au lycée avec une nouvelle apparence, Abby 'le laideron' espére devenir populaire. Elle doit ces changement à la chirurgie esthétique, un traitement spécial à base de kryptonite que sa mère a mis au point. Evidemment, cela ne va pas sans effets secondaires... Tandis que Chloe encourage sa cousine Lois à travailler pour la Torche, Clark décide d'intégrer l'équipe de foot du lycée contre l'avis de son père. Il y fait la commaissance de Jason, le petit ami secret de Lana, engagé comme assistant du coach...

Après avoir bu un mystérieux breuvage à base de kryptonite, un joueur de l'équipe de football de l'école tombe sous le charme d'une pom-pom girls et est prêt à exécuter ses quatre volontés. Férocement jaloux d'un regard que le coach Teague a jeté sur elle, le joueur ensorcelé tente de tuer l'entraîneur. Heureusement, Clark intervient à temps...

Après qu'il se trouve avec son fils à Metropolis, Jonathan manque de peu de se faire écraser par une voiture. Clark, qui a assisté à la scène, sait qu'un jeune garçon, doté d'un extraordinaire rapidité, est intervenu pour sauver la vie de Jonathan. Et il en a profité au passage pour voler le porte-feuille de Jonathan. Clark convainc son père de ne pas faire opposition sur la carte de crédit pour pouvoir retrouver la trace de cet étrange voleur à travers ses transactions...

Clark entend un son douloureux qui l'attire à la prison où est détenu Lionel. Lorsqu'il surprend Lionel essayant de poignarder Lex à l'aide d'une étrange pierre brillante, Clark saisit la pierre provoquant l'échange de leur corps. Comprenant que son nouveau corps possède des supers pouvoirs, Lionel commence aussitôt à provoquer des dégâts à Smallville. Piégé derrière des barreaux sans ses pouvoirs, Clark doit trouver un moyen pour récupérer son corps et ses pouvoirs afin de sauver ses amis et sa famille...

Enquêtant sur les paris illégaux pour les besoins d'un article, Chloe fait la connaissance de Mikail Mxyzptlk, un étudiant étranger intégré au lycée de Smallville par Luthorcorp. Le jeune homme utilise ses pouvoirs pour contrôler les joueurs du match de foot sur lequel les paris ont été effectués. Entrainé dans une chute incontrôlable alors que le match touche à sa fin, Clark blesse grièvement un joueur de l'équipe adverse...

Lana s'est procuré par internet un livre de sortilèges du XVIIe siècle ayant appartenu à la comtesse Isabelle Theroux. En feuilletant les pages, elle se retrouve possédée par l'esprit maléfique de la redoutable sorcière. Réincarnée dans le corps de son héritière, Isabelle entend poursuivre sa quête des trois pierres du pouvoir...

Lors d'une soirée, Lex rencontre une jeune femme avec laquelle il passe la nuit. Au petit matin, il est réveillé par les cris de la femme de chambre. A ses côtés, la demoiselle gît dans un bain de sang. Accusé du meurtre, Lex fait la une des journaux. Clark, qui mène sa propre enquête, obtient l'aide d'une source inattendue : Lionel Luthor... Entretemps, Lana fait la connaissance de la mère de Jason...

Une expérience secrète initiée chez Luthorcorp tourne mal et provoque la libération d'une dangereuse toxine dans toute la ville. Ceux qui sont infectés se retrouvent confrontés à leur pire cauchemar avant de tomber dans le coma. Jason est l'une des premières victimes...

Guérie selon son médecin traitant, Alicia sort de la clinique Belle Reve. Libre, elle se rend à Smallville pour présenter ses excuses à Clark. Ce dernier, sensible à cette démarche, est d'autant plus touché que la jeune fille est la seule à le comprendre, la seule à connaître son secret, et donc la seule avec laquelle il a l'impression de se sentir normal et exceptionnel à la fois. Clark tiendra-t-il compte des mises en garde de ses parents ou succombera-t-il à nouveau au charme d'Alicia ?... Lana , de son côté, tente de comprendre pourquoi Jason a rompu avec elle...

Clark sort toujours avec Alicia en dépit de ce que pensent sa famille et ses amis. Et lorsque quelqu'un tente de tuer Lana, c'est Alicia qui est immédiatement soupçonnée. La jeune femme a beau nié mais personne ne veut la croire. Seul Clark lui donne le bénéfice du doute... jusqu'à ce qu'il découvre qu'elle ne porte plus le bracelet l'empêchant d'utiliser ses pouvoirs... Quant à Genevieve, l'énigmatique mère de Jason, elle propose un marché à Lex...

Clark reçoit une bourse pour intégrer l'université de Metropolis et son équipe de foot. Geoff Johns, vedette de l'équipe et originaire de Smallville, l'accueille à bras ouverts... Lois Lane, de son côté, a des ennuis après une altercation avec l'un des joueurs de l'équipe. Le jeune homme est à l'hôpital dans un état grave...

En rentrant chez les Kent, Lois percute un chien avec sa voiture. Elle ramène l'animal à la ferme pour lui porter secours. Mais le chien se rétablit assez vite et semble doté d'une force étonnante. Alors que Clark commence à s'attacher à son nouvel ami, Lois débute des recherches pour retrouver son propriétaire...

Alors que les Kent apprennent par la télé la mort du Pr Swann, Clark reçoit un courrier du défunt qui l'amène jusqu'à Jor-El, son père naturel, qui lui révèle que sa destinée est d'éviter que les 3 pierres renfermant le savoir de leur civilisation tombent entre de mauvaises mains susceptibles de mener le monde à sa perte... Lana découvre que Jason lui a menti et qu'il se trouve à Shangaï avec Lex sur les traces du mystère Isabelle Theroux...

Lucy, la jeune soeur de Lois, débarque en ville. Elle s'impose chez les Kent et séduit toutes les personnes qu'elle rencontre au grand dam de Lois, jalouse de sa soeur. Intriguée par la jeune fille, Clark la suit et la surprend en train de voler de l'argent dans la caisse du Talon. Il l'oblige ainsi à révéler la vérité sur sa soudaine apparition à Smallville : une vérité qui pourrait bien mettre Lois en danger... L'appartement de Lana et Jason a été mis à sac et le cristal, pourtant très bien caché, volé. Qui a bien pu dérober la pierre tant convoitée ?

Chez Luthorcorp, Lex assiste, plein d'espoirs, à une expérience menée par l'un de ses empoyés, le Dr Sinclair. La température de la kryptonite utilisée augmente dangereusement et crée une explosion qui affecte étrangement le jeune milliardaire. Des conséquences qui donnent un aperçu de l'avenir de Lex Luthor...

Le bal de fin d'année du lycée bat son plein à Smallville, et Chloe, furieuse, s'apprête à mettre le feu au bâtiment après avoir assommé Jonathan Kent, le père de Clark. Elle semble vouloir se venger de tous. Qu'est-ce qui a bien pu pousser la jeune journaliste à commettre un tel crime ?

Lois donne un coup de main au Talon pendant que les Kent sont à Metropolis où Jonathan doit passer un examen pour son coeur. Profitant de la confusion qui règne à cette heure d'affluence, un jeune homme vole la caisse. Alors que Lois tente de s'interposer, ce dernier utilise sa faculté de lui faire oublier les dernières minutes...

Clark et Lana découvrent un bébé abandonné dans un champ. Ils l'emmènent immédiatement à l'hôpital. L'enfant, abandonné par ses parents, est en parfaite santé. Les services sociaux n'ayant pas de place, Clark et Lana décident de s'occuper de lui en attendant... De son côté, Genevieve exige de Lionel qu'il se procure la pierre dont Lex est en possession s'il ne veut pas qu'elle s'en prenne à son fils...

C'est le dernier jour de cours au lycée de Smallville. Brendan, photographe de l'école, a recréé un faux lycée où il a décidé de retenir prisonnier certains élèves afin de faire perdurer cette époque glorieuse... Quant à Lex et son père, ils sont retenus prisonniers par les Teague. Genevieve et Jason semblent déterminés à utiliser la torture pour savoir où se trouve le cristal que Lionel leur a extorqué...

En rentrant chez elle, Lana se retrouve face à Geneviève qui l'attend une arme à la main. La mère de Jason exige que la jeune fille lui remette la pierre dont elle est en possession. Une bagarre s'ensuit et du sang coule sur l'artefact. Les conséquences sont terribles : une nouvelle pluie de météorites s'apprête à s'abattre sur Smallville. Réveillé par un cauchemar troublant, Clark prévient ses parents qu'il a un mauvais pressentiment...

Clark découvre la Forteresse de Solitude. Jor-El lui explique qu'il doit débuter son apprentissage afin d'être prêt pour sauver cette planète... Lana est témoin du crash d'un vaisseau spatial. Plutôt agressif, le couple qui en sort recherche un certain Kal-El... Jonathan tente de retrouver son épouse dans les débris de leur maison... Dans les grottes, Lex reprend connaissance et s'interroge sur ce qu'il vient de se passer. Et où est Chloé ?...

Jor-El a retiré à Clark ses pouvoirs, le rendant humain. Ravi de finalement être "normal", Clark poursuit une relation avec Lana, en faisant table rase du passé. Cependant, trois patients de Belle Reve en fuite débarquent à la ferme et oblige Clark à s'introduire au niveau 3 de Luthorcorp pour se procurer le sérum dont ils ont besoin. Clark doit trouver une solution pour sauver sa famille sans ses supers-pouvoirs...

Insouciants, Clark et Lana ont savouré leur première nuit passé ensemble. Ils n'ont pas idée de ce que la journée leur réserve. S'apprêtant à rejoindre l'université de Métropolis, Chloe reçoit un étrange appel de Gabriel Duncan, un ami qui bossait avec elle à la Torche. Il lui conseille vivement de quitter Smallville car la ville sera rayée de la carte d'ici une heure. Le jeune homme s'apprête en effet à lâcher un missile sur Smallville. Inquiète, Chloe se rend chez les Kent...

A la plage avec ses amis, Lois, partie nager, se cogne la tête en plongeant dans le lac. Avant que Clark ait pu la sauver, un mystérieux nageur, Arthur Curry, vient à son secours. Frustré, Clark n'apprécie pas ce jeune homme qui nage plus vite que lui et tourne autour de Lois. Avec l'aide de Chloe, il cherche à en savoir plus sur A.C... Professeur d'Histoire à l'université de Metropolis, Milton Fine propose à Clark un poste d'assistant de recherche...

Inscrite au dernier moment, Lana a été acceptée à l'Université de Metropolis. Recherchant un logement, elle s'inscrit dans une fraternité qui a des coutumes quelques peu particulières... Chloé postule au Daily Planet pour un stage, mais la rédactrice en chef se révèle plus coriace que prévu... Lex n'apprécie pas que le professeur Fine fasse des recherches approfondies sur tout ce qui le concerne...

Alors qu'elle bosse tard au Daily Planet, Chloe reçoit un appel étrange d'une jeune femme, retrouvée morte quelques heures plus tard. La victime se révèle être une strip-teaseuse. Une photo compromettante montre le respectable sénateur Jake Jennings en compagnie de la dénommée Melissa. Jonathan est déçu de voir son vieil ami ainsi compromis dans une telle histoire. Mais Jennings nie connaître cette femme et préfère laisser les soupçons se porter vers Lex Luthor, qui fait campagne contre lui pour le prochain mandat de sénateur...

Clark quitte précipitamment Lana après d'être coupé avec un fragment d'une kryptonite inconnue, envoyée par Lex. Sur la route qui le mène à Smallville, le jeune homme est victime d'une tentative de meurtre... Jonathan hésite encore à se présenter en tant que candidat aux prochaines élections sénatoriales contre Lex Luthor. Martha s'inquiète des retombées que cette campagne pourrait avoir sur la santé de son mari... Agacée par les mensonges et le comportement ultra-protecteur de Lex, Lana exige la vérité...

Après avoir retrouvé sa mère inconsciente devant la maison, Clark est inquiet. Il n'a pas oublié l'accord de Jor-El : sa vie contre celle d'un proche ! Ses craintes semblent se confirmer lorsque le lendemain Martha a les premiers symptômes. La médecine n'ayant pas de réponse, Clark se tourne vers le Professeur Fine... Lionel Luthor pousse Chloe à enquêter du côté du Professeur Fine...

Alors qu'il s'apprête à donner le feu vert pour compromettre la campagne de Jonathan Kent, Lex est victime d'un homicide. Hospitalisé d'urgence, dans un état grave, il voit en rêve la vie qu'il pourrait avoir s'il décidait de s'éloigner de son père et de la LuthorCorp. Dans cette vie alternative, Lex est marié à Lana. Parents d'un petit garçon, le couple vit heureux depuis 7 ans...

Jonathan reçoit des appels anonymes menaçants pour l'inciter à abandonner sa campagne électorale... Quant à Lex, il met tous les moyens à sa disposition afin de remporter les élections. Il a notamment engagé quelqu'un pour trouver des infos compromettantes susceptibles de mettre son adversaire définitvement hors course. Lex reçoit quelques étudiants qui soutiennent activement sa campagne, dont Samantha Dunn, l'une de ses plus ferventes supportrices...

Deux officiers de police débarquent au manoir des Luthor et retiennent Lex en otage. Ils exigent de savoir où se trouve le vaisseau. L'officier Flynn a en effet été témoin de l'atterrissage du vaisseau spatial lors de la pluie de météorites. Il a aussi vu une équipe de Lex emporter l'engin... Lana déplore le comportement distant de Clark... Quant à Jonathan, il commence à se poser des questions sur les dépenses effectuées par Lois pour sa campagne...

Craignant de perdre Lana, Clark lui dévoile enfin son secret. Il emmène la jeune femme dans sa forteresse de solitude et la demande en mariage. Sous le choc de ces révélations successives, Lana ne sait quoi décider... Entretemps, Jonathan et Lex se préparent à découvrir les résultats des élections sénatoriales...

A Metropolis pour apporter les affaires de son défunt mari à des nécessiteux, Martha se fait agresser par des voyous. Une justicière masquée vole heureusement à son secours et lui sauve la vie. Clark, qui ne se remet pas de la mort de Jonathan, est déterminé à retrouver les voleurs et leur reprendre la montre qu'ils ont dérobé...

La foudre qui s'abat sur le Talon libère l'esprit d'une jeune fille. Un esprit que seule Chloé semble voir. Lois trouve sa cousine dans la salle de bains les veines coupées au niveau des poignets. Hospitalisée, Chloé ne comprend pas ce qui lui est arrivé. Le médecin pense qu'elle a fait une tentative de suicide. Clark s'inquiète pour son amie : serait-elle en train de devenir folle ?... comme sa mère... Martha étudie sérieusement la proposition qui lui a été faite de prendre la place de Jonathan au Sénat...

Compatissant, le Dr Hong libère un homme mi-humain mi-machine répondant au nom de Victor Stone. Retenu prisonnier, le jeune homme a fait l'objet d'expérimentations. Lors de son évasion, il est renversé par la voiture de Lana. Accompagnée à l'hôpital, celle-ci ne comprend pas comment il a pu s'en sortir sans une égratignure. Troublée, elle appelle Clark...

Sous l'emprise de Simone, qui utilise l'hypnose pour contrôler les autres, Clark lui révèle son secret et est envoyé pour tuer Lex. Pendant ce temps, ce dernier part à la recherche du Professeur Fine, réfugié au Honduras, pour lui demander des comptes.

Bouleversée par sa rupture avec Clark, Lana tombe sous l'influence d'un étudiant en médecine qui expérimente un dangereux sérum à base de kryptonite, permettant aux gens de voyager dans l'eau-delà et de communiquer avec les êtres chers. Lana est impatiente de le tester. Lorsque Clark rentre du Honduras pour l'aider, le docteur réussit à lui injecter le sérum et Clark parle avec son père... l'avertissant que Lionel connaît son secret. D'ailleurs, ce dernier continue de se rapprocher de Martha.

Clark se lie d'amitié avec une fillette ayant le pouvoir télékinésique de briser le verre et à qui il doit venir en aide lorsqu'elle est soupçonnée d'avoir tué sa mère, victime d'une violente agression. Pendant ce temps, Chloé est témoin de la complicité grandissante entre Lana et Lex.

Lionel est pris en otage par un vengeur masqué qui le force à jouer à de périlleux jeux de survie. Clark révèle à sa mère que Lionel connaît son secret et s'inquiète également de leur amitié naissante. Peu après, Martha est kidnappée et se retrouve aux côtés de Lionel à lutter pour rester en vie...

Graham, un jeune homme que Clark a sauvé in extremis d'un accident, décide de lui rendre la pareille en projetant de tuer Lex, de manière à réunir de nouveau Lana et Clark. Avant de se faire agresser, Lex prend contact avec Fine. Puis Chloe confond Graham avec un tueur à gage, surnommé

Au cimetière, le fantôme de Jonathan visite Clark et lui demande d'éliminer Lionel, alors que ce dernier désire collaborer avec son fils. Pendant ce temps, Fine, dont le virus est élaboré, fait tout ce qui est en son pouvoir pour obtenir le vaccin de Lex. Une réaction incroyable se produit lorsque Lex se voit injecter sa propre découverte scientifique...

Le professeur Milton Fine a libéré le virus capable de tuer des millions de personnes sur terre et provoque un chaos d'une ampleur mondiale. Il donnera l'antidote à Clark à condition que ce dernier libère Zod. Pour le stopper, Clark se tourne vers Lionel qui établit le contact avec Kal-El. Pendant ce temps, Lex confie le secret de ses pouvoirs à Lana et assiste à son propre avènement...

Envoyé dans la zone fantôme, une prison krypronienne créée par Jor-El, Clark se retrouve sans pouvoirs et entouré de criminels avides de revanche exilés par son père. Pendant ce temps, ayant pris possession du corps de Lex, Zod retient Lana captive en exigeant d'elle un héritier et entame ses projets pour transformer la Terre en une version de Krypton avec l'aide du disque dur du vaisseau spatial. Après que l'avion de Lois et Martha se soit écrasé près de la Forteresse de Solitude, Jor-El explique à Martha comment tuer Zod. De retour au Daily Planet, Chloe retrouve un ancien flirt, Jimmy Olsen...

Clark travaille dur pour réparer les dégats causés par Zod. Alors qu'il s'affaire à la grange, il découvre qu'il a attrapé son premier rhume. Lois, qui voit tomber du ciel la porte de la grange, se met en tête d'élucider ce mystère... L'école étant fermée pour cause de rénovation, Lana s'installe au manoir des Luthor où Lex lui a fait préparer une chambre. Celui-ci semble d'ailleurs très préoccupé. Il a le sentiment étrange, depuis quelques jours, d'être suivi...

Se sentant toujours coupable des dégâts qu'il a causé sous l'emprise de Zod, Lex organise une soirée de charité costumée pour la ville... Alors que Jimmy tente de se rapprocher de Chloé, une jeune femme est tuée dans les bois. Le garçon qui m'accompagnait reste introuvable. Chloé informe Clark des derniers événements... Martha espère obtenir un financement de la part d'Oliver Queen. Mais Lois éconduit par erreur le jeune homme...

Lors d'une soirée de bienfaisance, Lois est témoin du vol par Green Arrow d'un précieux collier porté par Martha Kent. Déterminée à trouver qui se cache derrière ce costume, la jeune femme demande l'aide de Chloé... Lionel confie à Lana qu'il sait que Lex est en possession d'une technologie extraterrestre susceptible de faire des ravages. Craignant que son fils en fasse un mauvais usage, il compte sur elle pour empêcher qu'un drame se produise...

La réunion d'anciens élèves de l'académie Excelsior, une école privée où sont allés Lex et Oliver Queen, tourne au drame. Les retrouvailles font remonter de mauvais souvenirs à la surface. A l'époque, Lex et son ami Duncan étaient les souffres-douleur d'Oliver et sa bande. Ceux-ci semblent frapper les uns après les autres par de tragiques accidents mortels. Une série de drames qui ressemble fort à une vengeance...

Grâce au satellite des Queen, Chloé localise le crash d'une des créatures échappées de la zone fantôme en Californie. Elle semble se rapprocher de Smallville... Clark reçoit la visite surprise de Raya. Il est heureux de la savoir en vie... Lana est contactée par le Dr Groll qui lui confie toutes les données sur ses travaux avant de prendre la fuite et disparaître loin des Luthor...

Clark découvre que Green Arrow s'est fait tiré dessus alors qu'il essayait de sauver un couple d'un carjacking, mais Oliver dément avoir été blessé. Il se porte même d'ailleurs mieux... Martha est décidée à préparer un vrai festin pour Thanksgiving et à y inviter quelques amis. Clark, n'a pas le coeur à fêter ce premier Thanksgiving sans son père...

Depuis qu'un intrus a pénétré le manoir des Luthor, Lex a mystérieusement disparu... Clark apprend que l'équipage entier d'un cargo a été massacré par une créature évadée de la zone fantôme. Il se rend à à Seattle où le bateau a été remorqué...

Clark découvre que le propriétaire de la ferme voisine, Jed McNally, exploite des travailleurs immigrés. Il les retient prisonniers et les force à travailler. Clark accueille chez lui Javier, un jeune immigré clandestin à la recherche de sa mère. Le jeune garçon est inquiet de la disparition de son ami Francisco alors qu'ils tentaient de fuir...

Une célébrité du baseball trouve mystérieusement la mort dans un petit bassin... Lana confie à Chloé qu'elle a des réserve sur la demande en mariage de Lex. Elle n'a apparemment pas encore définitivement tourner la page avec Clark. La confidence se retrouve aussitôt étalée le lendemain dans le Daily Planet... Lois tente de rassemble des infos pour découvrir la véritable identité de Green Arrow...

Clark et Chloé se démènent toujours pour en savoir plus sur les expériences effectuées au mystérieux niveau 33.1 de LutherCorp et son lien avec Belle-Rêve... Bart Allen réapparaît à Smallville. Il promet à Clark qu'il a changé et cessé de voler. En fait, Oliver Queen a fait appel à lui en renfort pour s'attaquer à LutherCorp...

Clark ne comprend pas ce qui lui arrive. Il se retrouve interné malgré lui dans un asile psychiatrique. Le Dr Hudson, qui se charge de son cas, lui explique qu'il est ici depuis 5 ans, à cause de ses élucubrations fantaisistes sur de pseudos super pouvoirs, une descendance alien et une identité secrète...

Lex et Lana organisent une réception à l'occasion de leurs fiançailles. Au Talon, une mystérieuse femme donne à Lois un rouge à lèvres contenant de la kryptonite rouge. Lois s'empresse de l'essayer et tombe éperdument amoureuse de Clark. Elle l'embrasse passionnément, ce qui réveille en Clark son côté sombre. Il révèle à son amie la véritable identité d'Oliver et la conduit au manoir des Luthor grâce à ses pouvoirs. Alors que Lex et Lana s'apprêtent à porter un toast, Clark intervient et enlève Lana. Il lui avoue ses sentiments et la demande en mariage. Pendant ce temps, Jimmy décide de rompre avec Chloe, persuadé qu'elle est amoureuse de Clark...

Un mystérieux inconnu épie les moindres faits et gestes de Lana et ne cesse de la harceler. Se sentant en danger, la jeune femme part se réfugier dans la ferme des Kent en attendant le retour de Lex, parti en voyage d'affaires. Chloe parvient à identifier l'individu et charge Clark et Jimmy de le surveiller, d'autant que Lana vient d'être menacée de mort...

Clark et Chloe découvrent que Tobias, un jeune homme aveugle depuis la pluie de météorite et qui a la capacité d'identifier les "monstres des météorites", est utilisé par Lex pour détecter les gens possédant des pouvoirs et que Lex utilise comme cobaye d'expériences. Lana découvre également le don de Tobias. Effrayée à l'idée qu'il nomme Clark comme infecté, elle met en place une transplantation de cornée en échange de son silence. Cependant, elle n'est pas préparée aux révélations de Tobias.

Le jour du mariage de Lex et Lana, Lex reçoit un appel du Docteur Langston qui le ménace de révéler à Lana la vérité à propos de son enfant. Lana hésite alors à se marier et Clark réalise qu'il ne peut pas laisser Lana épouser Lex, il décide de lui avouer son secret. Cependant, personne ne s'attend à ce qui va arriver lorsque Lionel Luthor intervient.

Clark et Chloé découvrent que Titan (Kane), un zonard, est la star d'un club secret où les combats à mort sont ensuite diffusés sur Internet. Lois renifle le scoop et décide d'enquêter de son côté, mais elle est capturée et forcée à participer au combat avec pour première adversaire, Athena. Clark utilises ses pouvoirs afin de combattre Titan, mais il est stupéfait lorsque arrive Lois sur le ring à sa place.

Après que Lex découvre que la mère de Chloe, Moira, a le pouvoir de contrôler les personnes infectées par les météorites, il développe une drogue pour sortir Moira de son état catatonique de l'asile, ensuite menace de tuer Chloe à moins qu'elle n'utilise son pouvoir pour l'aider. Clark aide Chloe a s'introduire à l'asile pour secourir Moira et ainsi rencontrer la mère de son amie.

Après que Jodi, une femme d'un soldat des Forces Spéciales, ait placé une bombe dans un des laboratoires secrets de Lex, Lionel est sérieusement blessé et Lex est retenu en hôtage par l'épouse enragée. Clamant que Lex a kidnappé son mari disparu, Jodi menace de détruire entièrement le laboratoire avec Lex à l'intérieur à moins qu'il ne lui dise où son mari est. Clark décide de sécourir Lex, mais tombe immédiatement par terre à cause de la kryptonite dans les murs. Lex et Clark réalisent alors que le seul moyen de s'en sortir est de s'entraider l'un l'autre.

Après un rendez-vous secret avec Lionel, Lana se fait tirer dessus au Daily Planet par un mystérieux tireur. Alors qu'il étudie les photographies de la scène du crime, Jimmy est assomé et se met à rêver d'une version de Smallville dans les années 40, dans laquelle Lana est une femme fatale qui a orchestré le meurtre de son magnat de mari, Lex, Clark travaille au Daily Planet comme reporter et Lois est une chanteuse travaillant dans un club appartenant à Lionel. Pendant ce temps, en 2007, Clark découvre pourquoi Lana a épousé Lex...

Lex a secrètement essayé de transformer Wes Keenan, un militaire supposé être mort au combat en Afghanistan, en un "super soldat" en lui injectant de l'ADN prélevé sur différents sujets exposés aux météorites qu'il a capturé. Après qu'un sénateur corrompu menace de réveler le laboratoire secret, Lex ordonne à Wes de tuer le sénateur, mais Lois est témoin de l'attaque et devient ainsi la prochaine cible du super soldat. Dans le même temps, Clark essaye de convaincre Lana de quitter Lex.

Clark, découvrant que Lionel a menacé Lana de le tuer si elle n'épousait pas Lex, se précipite chez lui pour le réduire au silence une fois pour toute. Lana annonce à Lex qu'elle le quitte et Martian Manhunter revient pour aider Clark à arrêter Lex, qui essaye de trouver le dernier fantôme échappé afin d'utiliser son ADN pour activer son armée de supers soldats. Pendant ce temps Lois se rend au barrage Reeves pour en savoir plus sur le laboratoire secret de Lex, mais elle est brutalement poignardée par un garde. Enfin le pouvoir de Chloe est révélé.

Clark s'oppose à Bizarro, le dernier fantôme issu de la fantôme zone, et les conséquences du combat provoque la destruction du barrage, déversant un immense torrent d'eau sur les plaines. Lex, qui vient d'être arrêté pour le meurtre de Lana, se retrouve submergé dans une voiture de police mais est sauvé par une mystérieuse jeune femme. Lois arrive à mettre Chloé en sécurité mais sa cousine est prononcé morte à l'hôpital. La même femme qui a sauvé Lex réapparait à la ferme et se révèle être Kara Kent, Supergirl, la cousine kryptonienne de Clark.

Clark et Lois découvrent le vaisseau spatial de Kara mais avant qu'ils puissent l'ouvrir, Kara s'en prend à Lois. Clark est choqué d'apprendre de la bouche de Kara qu'elle est ici pour protéger un bébé : Kal-El. Malgré l'apparition de Kara, Clark est déprimé et prend une décision : Sans Lana, plus rien ne le retient à Smallville et se rend dans la Forteresse de Solitude pour débuter son entrainement de super-héros. Cependant, Jor-El lui dit quelque chose de troublant qui concerne Zor-El, le père de Kara. Ce dernier est le mal en personne et Kara est dangereuse, Clark décide alors de rester à Smallville pour découvrir la raison de sa venue sur Terre. Dans le même temps, Lex fait une découverte surprenante concernant Lana et le projet 33.1.

Kara veut à tout prix se faire des amis et s'intégrer sur Terre, mais Clark lui conseille de faire profil bas jusqu'à ce qu'elle puisse contrôler ses pouvoirs. En dépit de ses avertissements, quand l'occasion de se participer à l'élection de Miss Pop Corn se présente, Kara s'engage et rencontre ses concurrentes (Tyler (Eva Marcille), Carly (Elsa King) et Tempest (Christine Chatelain)), 3 krypto-monstres qui projettent d'utiliser leurs pouvoirs pour voler une carte au trésor cachée dans une capsule temporelle de Smallville. Après que Tyler ait vu Kara utiliser ses pouvoirs, les 3 filles prétendent être ses amies mais veulent en réalité l'utiliser...

Chloe apprend qu'un docteur, le docteur Curtis Knox, a réussi à traiter les personnes infectées par la kryptonite, leur retirant ainsi leur capacité. Prête à tout pour se séparer de ses pouvoirs, Chloe prend un rendez-vous avec le docteur, sans savoir que le docteur Knox possède un plan abominable pour tuer ses patients et récupérer leurs organes. Pendant ce temps, Kara séduit Jimmy pour qu'il l'aide à localiser son cristal, défiant l'ordre de Clark de rester à la ferme.

Les habitants de Smallville sont en ébullition lorsque "Warrior Angel", un film basé sur le comic-book, commence à être tourné en ville. Cependant, après que l'actrice principale, Rachel Davenport (Christina Milian), ne peut arrêter sa voiture car les freins ont été coupés, Clark doit intervenir pour stopper la voiture. Malheureusement, un fan obsédé est témoin de la scène héroique et décide que Clark est un vrai super-héros, dont la petite amie Lana doit être éliminée pour qu'il puisse accomplir sa destinée. Pendant ce temps, Lex découvre Lionel dans une cabane...

Clark apprend que Kara est à Washington pour rechercher son cristal. Après être rentrée par effraction dans un laboratoire, Kara est capturée et un sérum de vérité à base de kryptonite, lui est administré. Le sérum lui fait révéler un voyage passé jusqu'à la Terre lorsque elle suivait la mère de Clark, Lara, jusqu'à la ferme des Kent. Clark arrive à temps pour la sauver mais, après avoir passer la machine aux rayons thermiques, il tombe également victime du sérum et voit ce que Kara voit : sa mère.

Lana absorbe les pouvoirs de Clark durant une tempête ou la kryptonite et l'electricité se mélangent. Lana utilise ses nouveaux pouvoirs pour faire irruption dans le coffre-fort de Lex et vole des preuves contre Lex qu'elle livre alors à Lois et à Grant, exigeant qu'ils publient un article dévoilant les secrets de Lex. Après que Grant refuse d'utiliser des preuves volées, Lana décide de s'occuper de Lex d'elle-même. Clark essaye d'arrêter Lana qui veut tuer Lex et la bataille commence alors entre les deux.

Clark entend la voix de sa mère biologique, Lara, l'appeler à l'aide à travers le cristal de Kara et décide de la libérer, en dépit des avertissements de Jor-El. Lara et Clark sont alors réunis et elle lui donne la bague de Jor-El, contenant de la krypronite bleue. Alors que Clark la met, il réalise que Zor-El a en réalité tout manigancé et que la kryptonite bleue lui a retiré ses pouvoirs, permettant à Zor-El de prendre le controle de la Forteresse de Solitude. Dans le même temps, Chloé et Lex ont découvert que Lois et Grant commencent une relation et leur demandent d'y mettre un terme.

Après son passage à la Forteresse, Clark revient à Smallville et dit à Lana que Kara a disparu. Clark suggère également à la jeune femme de faire équipe ensemble pour faire tomber Lex, ce qu'elle accepte, en lui livrant toutes les informations qu'elle possède, y compris un rapport sur un homme nommé Adrian, qui a été infecté par une substance extraterrestre. Ce dernier menace secrètement la vie de Chloe avec une bombe et dit à Loïs que si elle ne force pas Lex à avouer la vérité sur les expériences réalisées dans le cadre du projet 33.1, il fera exploser la bombe. Chloe, croyant qu'elle est sur le point de mourir, avoue à Jimmy qu'elle est une krypto-monstre.

Alors que Clark est prisonnier des glaces dans la Forteresse de Solitude, Bizarro s'acapare sa vie aux côtés de Lana. Ne sachant pas qu'elle côtoie Bizarro, Lana profite du "nouveau Clark" et partage les informations qu'elle a rassemblé sur un tueur en série qui vide ses victimes de leurs éléments minéraux. Tous deux parviennent à la conclusion qu'il doit s'agir de Brainiac, et Bizarro se lance à sa recherche. Lex est surpris de la réaction de Lionel après que Grant lui ait révélé être un clone de Julian.

Alors qu'elle travaille secrètement pour Oliver, Chloe intercepte un des dossiers de projets de Lex, mais elle est attaquée par Black Canary, une femme mystérieuse dotée d'un cri strident. Dinah Lance, l'alter-ego de Black Canary, est la présentatrice d'un talk-show et travaille également au Daily Planet où elle est en conflit avec Loïs. Lex persuade Black Canary que Green Arrow et son équipe sont des terroristes, elle lance alors l'attaque sur Green Arrow et Clark. Dans le même temps, Loïs découvre le secret d'Oliver.

Loïs suit Lex jusqu'à Détroit et découvre qu'il a retrouvé Kara, qui souffre d'amnésie. Finley, un serveur obsédé par Kara, craint que Lex ne l'éloigne de lui, tire alors dessus et retient Kara et Loïs en otage. Après la découverte du corps inanimé de Lex, Chloe se propose de le guérir, mais Clark refuse de la laisser faire.

Kara et Jimmy suivent le concert de "One Republic" et l'un des machinistes s'avère être l'ancien résidant de Smallville : Pete Ross. Pete mâche inconsciemment un chewing-gum de kryptonite et développe de supers pouvoirs. Clark et Chloe sont ravis de revoir leur vieil ami mais l'avertissent contre l'utilisation de ses pouvoirs en public. Pendant ce temps, Lex découvre le pouvoir de Pete et le fait chanter pour ouvrir un lieu sécurité de Lionel. Lex menace Pete de révéler que Chloe est une "krypto-monstre".

Lionel s'arrange pour retenir Clark prisonnier dans une cellule de krypronite à Luthocorp. Après que Chloé et Lana aient trouvé une sonde militaire électrique à la ferme, elles vont interroger Lionel. Mais celui-ci rejette les suspicions sur Lex. Chloé et Lana emmènent Kara à la Forteresse et supplient alors Jor-El de lui redonner sa mémoire car elle est la seule personne capable de sauver Clark.

Afin de pouvoir lutter efficacement contre Brainiac, Kara décide d'apprendre à Clark comment voler. Jimmy et Lois enquêtent sur la mort mystérieuse de Patricia Swann. De son côté, Lex met tout en oeuvre pour percer le secret du cercle Veritas. Pour obliger Kara à le suivre, Brainiac capture Lana et la plonge dans une léthargie kryptonienne...

Lex s'empare du médaillon de Lionel, qui contient la deuxième clé permettant d'ouvrir le coffre situé à Zurich. A son grand désarroi, il constate que le précieux sésame ne se trouve pas à cet endroit. Il se rend alors au Daily Planet, où il espère découvrir la clé. Quant à Clark, il s'inquiète pour Lana, internée dans un asile...

Clark cherche désespérément Kara et Brainiac, puisque Brainiac est le seul à pouvoir inverser la situation de Lana. Clark demande à Chloé de vérifier une quelconque source de puissance dans les alentours, elle pirate alors les ordinateurs du gouvernement, déclenchant des alarmes. Jimmy est coincé entre le département de sécurité, qui le menace de le mettre en prison à moins qu'il ne les aide à capturer Chloé, et Lex qui lui offre de blanchir Chloé si Jimmy accepte de passer un accord avec lui.

Clark découvre que Kara a envoyé des messages de Krypton du passé qui indiquent que Brainiac veut tuer le Bébé Kal-El donc Clark n'existera pas dans le futur. Clark est déchiré parce qu'il croit que le monde serait meilleur s'il n'était jamais arrivé à Smallville. Jor-El prend des dispositions pour qu'il voit ce que la vie aurait été si Clark n'avait pas existé : Lex est le Président des États-Unis, Kara est élevée par les Luthors, Jonathan est vivant, Lana est une épouse heureuse et Chloe et Lois sont des as en tant que reporters.

Lex est attaqué par un inconnu qui grave un symbole kryptonien sur son buste : un message pour Clark. Chloé et Clark enquêtent et découvrent qu'un membre du clan Veritas a survécu et se cache dans une église. Clark et Lex se précipitent pour être le premier à trouver ce mystérieux membre de Veritas, qui détient la clé de la survie de Clark.

Kara dit à Lex qu'il est destiné à défier le voyageur et lui propose de l'emmener à la forteresse pour lui montrer comment le vaincre. Clark est stupéfait de l'attitude de Kara vis à vis de mais c'est en fait Brainiac qui a prit l'apparence de Kara tandis qu'elle est piégée dans la zone fantôme. Chloé est arrêtée par la sécurité nationale et Lana se réveille de son état de comat. Finalement, après de multiples rebondissements, Clark et Lex se retrouvent à la forteresse et Lex découvre le secret de Clark.

Tess Mercer prend la direction des opérations à la tête de LuthorCorp, selon les instructions laissées par Lex. Celui-ci, ainsi que Clark, ont disparu depuis leur confrontation en Arctique. L'Archer vert, aidé de Black Canary et Aquaman, est également à la recherche de Clark... Lois, de son côté, tente d'en savoir plus sur la disparition de sa cousine. Le Département de la Sécurité Intérieure, qui avait arrêté la jeune femme, déclare n'avoir aucun dossier au nom de Chloé Sullivan...

Les premiers pas de Clark au Daily Planet sont mouvementés. Dès son premier jour, il vole au secours des victimes d'un attentat à la bombe. Chloé, arrivée rapidement sur les lieux, apporte également sa contribution avec l'aide de Davis, un jeune et charmant secouriste...

La Ligue de Justice, dirigée par Green Arrow, explore l'Arctique à la recherche de Clark, qui a disparu lorsque la Forteresse s'est effondrée. L'équipe se confronte rapidement avec le nouveau directeur de la Luthorcorp, Tess Mercer. Pendant ce temps, Chloé est détenue prisonnière par un groupe mystérieux qui a découvert qu'elle a un nouveau pouvoir, et les pouvoirs de Clark ont été retirés par Jor-El.

Tess et son équipe effectue des tests sur le cristal de Clark qu'elle a rapporté d'arctique, lançan une lumière intense dans l'univers. Ceci a pour conséquence l'arrivée de Maxima, une reine de la planète Almerac, recherchant son âme soeur qu'elle croit provenir du signal. Malheureusement, son pouvoir est trop fort pour les humains et chaque baiser qu'elle donne les tue. La séductrice Maxima arrive à Métropolis et commence ses recherches, en commençant par Jimmy.

Après qu'ils quittent leur fête de fiançailles, Chloe et Jimmy sont enlevés par un bijoutier psychotique qui a été marqué émotionnellement par l'infidélité de son épouse et maintenant enlève des couples et les soumet à un détecteur de mensonges avec l'aide d'une kryptonite améliorée qui les choque s'ils mentent. Le ravisseur demande alors à Chloe si elle aime quelqu'un d'autre. Entre-temps, dans l'effort de trouver Chloe et Jimmy, Clark et Lois posent comme un couple et sont eux-mêmes enlevés puis interrogés dans le but de savoir ce qu'ils ressentent l'un pour l'autre.

Clark se penche sur une récente attaque dans un théâtre, qui est peut-être l'oeuvre d'un tueur en série. Pensant qu'il pourrait s'agir de quelqu'un infecté par les météorites, il exige que Chloe lui fournisse le noms des personnes qui la consultent à la Fondation Isis, ce qui provoque un clash entre les deux amis. Davis craint que ses malaises ne signifient qu'il soit le tueur et il recueille les éléments de preuves qui pourraient l'impliquer. Craignant le pire, il confesse ses soupçons à Chloe.

Jimmy a pris une photo de Clark arrivant en super vitesse pour sauver Loïs d'un agresseur et parvient à identifier du rouge et du bleu qui sont flou sur la pellicule. Jimmy la montre à Tess, qui décide de la mettre en première page du Daily Planet. Clark craint que son identité soit découverte, et demande alors à Chloé de faire pression sur Jimmy, mais elle refuse.

Clark reçoit un paquet anonyme contenant le cristal que Tess a trouvé dans l'Arctique. Quand il prend le cristal, il l'active ce qui l'envoit lui et Loïs dans la zone Fantôme où ils retrouvent Kara. Kara ouvre un portail pour que Loïs reparte, mais la femme de Zod, Faora s'échappe avec elle et prend possession du corps de Loïs. Et c'est une Loïs possédée qui se déchaîne sur Metropolis.

Brainiac commence à supprimer les souvenirs de Chloé un par un jusqu'à ce que la seule personne dont elle se souvienne est Davis. Clark réalise que le seul moyen d'arrêter Brainiac de prendre le contrôle de Chloé est de reconstruire la forteresse et demande à Jor El de la soigner.

Chloé est emballée de se marier à Jimmy. Oliver dit à Clark qu'il pense qu'il a découvert où se cache Lex et prend son envol pour Cuba afin de vérifier. Mais, lorsque il arrive sur place, il est choqué de trouver Lana à la place. Clark et Lois se rapprochent mais le chaos intervient lorsque Doomsday provoque des dégâts à la cérémonie de mariage et tente d'enlever Chloé.

Clark est en état de choc après l'enlèvement de Chloe par Doomsday. Prêt à partir à sa recherche, il est attaqué par le «Persuader». Rokk, Imra et Garth, trois super-héros membres de la Légion, arrivent du futur pour aider Clark à vaincre ce nouvel ennemi. Brainiac, qui a pris le contrôle de Chloe, révèle à Davis qu'il est Doomsday et qu'il a été créé dans le but de détruire le monde...

Clark découvre que John Jones s'est fait tirer dessus alors qu'il enquêtait sur une affaire, Clark endosse alors l'uniforme de police pour découvrir le coupable. Pendant ce temps, Lana essaie de convaincre Tess que Lex n'est pas l'homme qu'elle croit. Les nouvelles consternantes de Lana forcent Tess à réévaluer sa position en tant que gérante de Luthorcorp.

Clark se rend à l'appartement de Lana et découvre qu'il a été saccagé. Tess arrive soudain, armée, et annonce à Clark qu'elle voulait avertir Lana qu'elle est en danger. Cette dernière a disparu et Tess pense que c'est Lex qui l'a enlevée. Elle révèle également à Clark qu'elle a obligé Lana à tourner la vidéo dans laquelle elle lui fait ses adieux. Lana aurait en effet enquêté sur les activités secrètes de Lex et fait une découverte surprenante dans les locaux de la LuthorCorp. Clark, aidé par Tess et Chloe, part à la recherche de la jeune femme...

Tout le Conseil d'administration de LuthorCorp est réuni au siège pour une réunion au cours de laquelle Oliver Queen informe les membres qu'avec l'aide de Tess, il a pris le contrôle de la société. La réunion est interrompue par l'explosion d'une bombe. Oliver est le seul rescapé de cette attaque. Clark mène l'enquête avec l'aide de Lana, dotée elle aussi désormais de super-pouvoirs...

Linda Lake revient à Metropolis et menace Clark de révéler son secret s'il ne lui fournit pas un scoop, qui lui permettrait de redevenir une journaliste vedette. Il essaie de la stopper mais celle-ci parvient à s'échapper. Refusant de se soumettre à ce chantage, Clark révèle son secret à Lois. Elle lui rit d'abord au nez mais Clark lui montre ses pouvoirs pour la convaincre. Elle croit être la première à connaître la vérité mais Clark lui révèle que Chloe et Lana sont aussi au courant. Il lui demande de rédiger et de publier son histoire dans le «Daily Planet»...

Tess invite Clark à une conférence de presse à Los Angeles, mais lorsqu'une explosion retentit dans l'avion privé qui les emmènent, Clark doit trouver une solution pour sauver tout le monde sans que Tess n'apprenne son secret. Sans qu'il le sache, Tess a organisée l'explosion pour forcer Clark à dévoiler ses pouvoirs. Dans le même temps, Davis découvre un moyen surprenant de contrôler le monstre en lui.

Lors de la fête d'anniversaire de Chloé, une mystérieuse magicienne prénommée Zatanna fait le souhait que Chloé ressemble plus à Loïs et échange le corps des deux jeunes femmes. Zatanna recherche le livre de sorts de son père afin de pouvoir invoquer son esprit, mais pas avant d'avoir exaucé le voeu le plus cher de Clark. Cassie demande de l'aide à Oliver, elle lui demande de voler un objet que Lex avait avant qu'il ne disparaisse. Elle propose d'assouvir le moindre désir du jeune homme s'il réussit. Un sort est lancé sur Clark, pour qu'il croit qu'il est un simple reporter avec des lunettes. Alors qu'elle est Lois, Chloé voit Clark lui révéler ses sentiments pour elle.

Tess tente de tuer Davis en faisant exploser son camion. Cependant, après qu'il se soit échappé, elle réalise qu'elle a besoin d'aide pour le détruire et se tourne vers Clark. Elle révèle alors à ce dernier les secrets d'enfance de Davis avec les Luthor et lui laisse entendre qu'elle connaît la véritable identité de Clark. Au même moment, Davis part trouver Chloé afin qu'elle puisse l'aider.

Loïs croit qu'elle a besoin d'un gros scoop pour conforter sa réputation de journaliste star mais le Flou Rouge et Bleu continuent de lui échapper. Cependant, alors que Chloé se fait agresser, Loïs intervient pour repousser un de ceux qui l'attaquent et se sert de cette occasion pour prétendre qu'il y a un nouveau super héros en ville, Stiletto. Clark est inquiet, Loïs pourrait se blesser en prétendant être une super héroïne, mais alors qu'il est capturé par des voyous avec de la kryptonite, Loïs intervient pour remettre les choses en ordre.

Lorsque Clark apprend que Davis est toujours en vie, il reproche vertement à Chloe de l'avoir protégé. Oliver découvre Jimmy en train de s'introduire par effraction dans l'appartement de Chloe. Alors que les deux hommes ont une explication, ils sont attaqués par Davis, qui était tapi dans l'ombre...

Chloe revient et supplie Clark de tuer Davis, affirmant qu'il ne peut plus garder la bête sous contrôle. Tess a assemblé une équipe de Krypto-monstres, dont Plastique, pour traquer Davis afin que Clark puisse le tuer. Toutefois, les choses échappent au contrôle de Tess lorsque l'équipe découvre qu'elle les a doublés.

Oliver dit à Clark qu'il faut tuer Davis car Doomsday est une menace sérieuse qui doit être arrêtée à tout prix. Cependant, Clark refuse de prendre une vie humaine, si bien que l'Archer Vert et son équipe décident de prendre les choses en mains. Loïs s'en prend à Tess mais la lutte prend une tournure inattendue. Pendant ce temps, Chloe se retrouve au milieu de la bataille que se livrent Oliver et Clark sur la mort de Davis.