Envoyé dans la zone fantôme, une prison krypronienne créée par Jor-El, Clark se retrouve sans pouvoirs et entouré de criminels avides de revanche exilés par son père. Pendant ce temps, ayant pris possession du corps de Lex, Zod retient Lana captive en exigeant d'elle un héritier et entame ses projets pour transformer la Terre en une version de Krypton avec l'aide du disque dur du vaisseau spatial. Après que l'avion de Lois et Martha se soit écrasé près de la Forteresse de Solitude, Jor-El explique à Martha comment tuer Zod. De retour au Daily Planet, Chloe retrouve un ancien flirt, Jimmy Olsen...

Clark travaille dur pour réparer les dégats causés par Zod. Alors qu'il s'affaire à la grange, il découvre qu'il a attrapé son premier rhume. Lois, qui voit tomber du ciel la porte de la grange, se met en tête d'élucider ce mystère... L'école étant fermée pour cause de rénovation, Lana s'installe au manoir des Luthor où Lex lui a fait préparer une chambre. Celui-ci semble d'ailleurs très préoccupé. Il a le sentiment étrange, depuis quelques jours, d'être suivi...

Se sentant toujours coupable des dégâts qu'il a causé sous l'emprise de Zod, Lex organise une soirée de charité costumée pour la ville... Alors que Jimmy tente de se rapprocher de Chloé, une jeune femme est tuée dans les bois. Le garçon qui m'accompagnait reste introuvable. Chloé informe Clark des derniers événements... Martha espère obtenir un financement de la part d'Oliver Queen. Mais Lois éconduit par erreur le jeune homme...

Lors d'une soirée de bienfaisance, Lois est témoin du vol par Green Arrow d'un précieux collier porté par Martha Kent. Déterminée à trouver qui se cache derrière ce costume, la jeune femme demande l'aide de Chloé... Lionel confie à Lana qu'il sait que Lex est en possession d'une technologie extraterrestre susceptible de faire des ravages. Craignant que son fils en fasse un mauvais usage, il compte sur elle pour empêcher qu'un drame se produise...

La réunion d'anciens élèves de l'académie Excelsior, une école privée où sont allés Lex et Oliver Queen, tourne au drame. Les retrouvailles font remonter de mauvais souvenirs à la surface. A l'époque, Lex et son ami Duncan étaient les souffres-douleur d'Oliver et sa bande. Ceux-ci semblent frapper les uns après les autres par de tragiques accidents mortels. Une série de drames qui ressemble fort à une vengeance...

Grâce au satellite des Queen, Chloé localise le crash d'une des créatures échappées de la zone fantôme en Californie. Elle semble se rapprocher de Smallville... Clark reçoit la visite surprise de Raya. Il est heureux de la savoir en vie... Lana est contactée par le Dr Groll qui lui confie toutes les données sur ses travaux avant de prendre la fuite et disparaître loin des Luthor...

Clark découvre que Green Arrow s'est fait tiré dessus alors qu'il essayait de sauver un couple d'un carjacking, mais Oliver dément avoir été blessé. Il se porte même d'ailleurs mieux... Martha est décidée à préparer un vrai festin pour Thanksgiving et à y inviter quelques amis. Clark, n'a pas le coeur à fêter ce premier Thanksgiving sans son père...

Depuis qu'un intrus a pénétré le manoir des Luthor, Lex a mystérieusement disparu... Clark apprend que l'équipage entier d'un cargo a été massacré par une créature évadée de la zone fantôme. Il se rend à à Seattle où le bateau a été remorqué...

Clark découvre que le propriétaire de la ferme voisine, Jed McNally, exploite des travailleurs immigrés. Il les retient prisonniers et les force à travailler. Clark accueille chez lui Javier, un jeune immigré clandestin à la recherche de sa mère. Le jeune garçon est inquiet de la disparition de son ami Francisco alors qu'ils tentaient de fuir...

Une célébrité du baseball trouve mystérieusement la mort dans un petit bassin... Lana confie à Chloé qu'elle a des réserve sur la demande en mariage de Lex. Elle n'a apparemment pas encore définitivement tourner la page avec Clark. La confidence se retrouve aussitôt étalée le lendemain dans le Daily Planet... Lois tente de rassemble des infos pour découvrir la véritable identité de Green Arrow...

Clark et Chloé se démènent toujours pour en savoir plus sur les expériences effectuées au mystérieux niveau 33.1 de LutherCorp et son lien avec Belle-Rêve... Bart Allen réapparaît à Smallville. Il promet à Clark qu'il a changé et cessé de voler. En fait, Oliver Queen a fait appel à lui en renfort pour s'attaquer à LutherCorp...

Clark ne comprend pas ce qui lui arrive. Il se retrouve interné malgré lui dans un asile psychiatrique. Le Dr Hudson, qui se charge de son cas, lui explique qu'il est ici depuis 5 ans, à cause de ses élucubrations fantaisistes sur de pseudos super pouvoirs, une descendance alien et une identité secrète...

Lex et Lana organisent une réception à l'occasion de leurs fiançailles. Au Talon, une mystérieuse femme donne à Lois un rouge à lèvres contenant de la kryptonite rouge. Lois s'empresse de l'essayer et tombe éperdument amoureuse de Clark. Elle l'embrasse passionnément, ce qui réveille en Clark son côté sombre. Il révèle à son amie la véritable identité d'Oliver et la conduit au manoir des Luthor grâce à ses pouvoirs. Alors que Lex et Lana s'apprêtent à porter un toast, Clark intervient et enlève Lana. Il lui avoue ses sentiments et la demande en mariage. Pendant ce temps, Jimmy décide de rompre avec Chloe, persuadé qu'elle est amoureuse de Clark...

Un mystérieux inconnu épie les moindres faits et gestes de Lana et ne cesse de la harceler. Se sentant en danger, la jeune femme part se réfugier dans la ferme des Kent en attendant le retour de Lex, parti en voyage d'affaires. Chloe parvient à identifier l'individu et charge Clark et Jimmy de le surveiller, d'autant que Lana vient d'être menacée de mort...

Clark et Chloe découvrent que Tobias, un jeune homme aveugle depuis la pluie de météorite et qui a la capacité d'identifier les "monstres des météorites", est utilisé par Lex pour détecter les gens possédant des pouvoirs et que Lex utilise comme cobaye d'expériences. Lana découvre également le don de Tobias. Effrayée à l'idée qu'il nomme Clark comme infecté, elle met en place une transplantation de cornée en échange de son silence. Cependant, elle n'est pas préparée aux révélations de Tobias.

Le jour du mariage de Lex et Lana, Lex reçoit un appel du Docteur Langston qui le ménace de révéler à Lana la vérité à propos de son enfant. Lana hésite alors à se marier et Clark réalise qu'il ne peut pas laisser Lana épouser Lex, il décide de lui avouer son secret. Cependant, personne ne s'attend à ce qui va arriver lorsque Lionel Luthor intervient.

Clark et Chloé découvrent que Titan (Kane), un zonard, est la star d'un club secret où les combats à mort sont ensuite diffusés sur Internet. Lois renifle le scoop et décide d'enquêter de son côté, mais elle est capturée et forcée à participer au combat avec pour première adversaire, Athena. Clark utilises ses pouvoirs afin de combattre Titan, mais il est stupéfait lorsque arrive Lois sur le ring à sa place.

Après que Lex découvre que la mère de Chloe, Moira, a le pouvoir de contrôler les personnes infectées par les météorites, il développe une drogue pour sortir Moira de son état catatonique de l'asile, ensuite menace de tuer Chloe à moins qu'elle n'utilise son pouvoir pour l'aider. Clark aide Chloe a s'introduire à l'asile pour secourir Moira et ainsi rencontrer la mère de son amie.

Après que Jodi, une femme d'un soldat des Forces Spéciales, ait placé une bombe dans un des laboratoires secrets de Lex, Lionel est sérieusement blessé et Lex est retenu en hôtage par l'épouse enragée. Clamant que Lex a kidnappé son mari disparu, Jodi menace de détruire entièrement le laboratoire avec Lex à l'intérieur à moins qu'il ne lui dise où son mari est. Clark décide de sécourir Lex, mais tombe immédiatement par terre à cause de la kryptonite dans les murs. Lex et Clark réalisent alors que le seul moyen de s'en sortir est de s'entraider l'un l'autre.

Après un rendez-vous secret avec Lionel, Lana se fait tirer dessus au Daily Planet par un mystérieux tireur. Alors qu'il étudie les photographies de la scène du crime, Jimmy est assomé et se met à rêver d'une version de Smallville dans les années 40, dans laquelle Lana est une femme fatale qui a orchestré le meurtre de son magnat de mari, Lex, Clark travaille au Daily Planet comme reporter et Lois est une chanteuse travaillant dans un club appartenant à Lionel. Pendant ce temps, en 2007, Clark découvre pourquoi Lana a épousé Lex...

Lex a secrètement essayé de transformer Wes Keenan, un militaire supposé être mort au combat en Afghanistan, en un "super soldat" en lui injectant de l'ADN prélevé sur différents sujets exposés aux météorites qu'il a capturé. Après qu'un sénateur corrompu menace de réveler le laboratoire secret, Lex ordonne à Wes de tuer le sénateur, mais Lois est témoin de l'attaque et devient ainsi la prochaine cible du super soldat. Dans le même temps, Clark essaye de convaincre Lana de quitter Lex.

Clark, découvrant que Lionel a menacé Lana de le tuer si elle n'épousait pas Lex, se précipite chez lui pour le réduire au silence une fois pour toute. Lana annonce à Lex qu'elle le quitte et Martian Manhunter revient pour aider Clark à arrêter Lex, qui essaye de trouver le dernier fantôme échappé afin d'utiliser son ADN pour activer son armée de supers soldats. Pendant ce temps Lois se rend au barrage Reeves pour en savoir plus sur le laboratoire secret de Lex, mais elle est brutalement poignardée par un garde. Enfin le pouvoir de Chloe est révélé.

Clark s'oppose à Bizarro, le dernier fantôme issu de la fantôme zone, et les conséquences du combat provoque la destruction du barrage, déversant un immense torrent d'eau sur les plaines. Lex, qui vient d'être arrêté pour le meurtre de Lana, se retrouve submergé dans une voiture de police mais est sauvé par une mystérieuse jeune femme. Lois arrive à mettre Chloé en sécurité mais sa cousine est prononcé morte à l'hôpital. La même femme qui a sauvé Lex réapparait à la ferme et se révèle être Kara Kent, Supergirl, la cousine kryptonienne de Clark.

Clark et Lois découvrent le vaisseau spatial de Kara mais avant qu'ils puissent l'ouvrir, Kara s'en prend à Lois. Clark est choqué d'apprendre de la bouche de Kara qu'elle est ici pour protéger un bébé : Kal-El. Malgré l'apparition de Kara, Clark est déprimé et prend une décision : Sans Lana, plus rien ne le retient à Smallville et se rend dans la Forteresse de Solitude pour débuter son entrainement de super-héros. Cependant, Jor-El lui dit quelque chose de troublant qui concerne Zor-El, le père de Kara. Ce dernier est le mal en personne et Kara est dangereuse, Clark décide alors de rester à Smallville pour découvrir la raison de sa venue sur Terre. Dans le même temps, Lex fait une découverte surprenante concernant Lana et le projet 33.1.

Kara veut à tout prix se faire des amis et s'intégrer sur Terre, mais Clark lui conseille de faire profil bas jusqu'à ce qu'elle puisse contrôler ses pouvoirs. En dépit de ses avertissements, quand l'occasion de se participer à l'élection de Miss Pop Corn se présente, Kara s'engage et rencontre ses concurrentes (Tyler (Eva Marcille), Carly (Elsa King) et Tempest (Christine Chatelain)), 3 krypto-monstres qui projettent d'utiliser leurs pouvoirs pour voler une carte au trésor cachée dans une capsule temporelle de Smallville. Après que Tyler ait vu Kara utiliser ses pouvoirs, les 3 filles prétendent être ses amies mais veulent en réalité l'utiliser...

Chloe apprend qu'un docteur, le docteur Curtis Knox, a réussi à traiter les personnes infectées par la kryptonite, leur retirant ainsi leur capacité. Prête à tout pour se séparer de ses pouvoirs, Chloe prend un rendez-vous avec le docteur, sans savoir que le docteur Knox possède un plan abominable pour tuer ses patients et récupérer leurs organes. Pendant ce temps, Kara séduit Jimmy pour qu'il l'aide à localiser son cristal, défiant l'ordre de Clark de rester à la ferme.

Les habitants de Smallville sont en ébullition lorsque "Warrior Angel", un film basé sur le comic-book, commence à être tourné en ville. Cependant, après que l'actrice principale, Rachel Davenport (Christina Milian), ne peut arrêter sa voiture car les freins ont été coupés, Clark doit intervenir pour stopper la voiture. Malheureusement, un fan obsédé est témoin de la scène héroique et décide que Clark est un vrai super-héros, dont la petite amie Lana doit être éliminée pour qu'il puisse accomplir sa destinée. Pendant ce temps, Lex découvre Lionel dans une cabane...

Clark apprend que Kara est à Washington pour rechercher son cristal. Après être rentrée par effraction dans un laboratoire, Kara est capturée et un sérum de vérité à base de kryptonite, lui est administré. Le sérum lui fait révéler un voyage passé jusqu'à la Terre lorsque elle suivait la mère de Clark, Lara, jusqu'à la ferme des Kent. Clark arrive à temps pour la sauver mais, après avoir passer la machine aux rayons thermiques, il tombe également victime du sérum et voit ce que Kara voit : sa mère.

Lana absorbe les pouvoirs de Clark durant une tempête ou la kryptonite et l'electricité se mélangent. Lana utilise ses nouveaux pouvoirs pour faire irruption dans le coffre-fort de Lex et vole des preuves contre Lex qu'elle livre alors à Lois et à Grant, exigeant qu'ils publient un article dévoilant les secrets de Lex. Après que Grant refuse d'utiliser des preuves volées, Lana décide de s'occuper de Lex d'elle-même. Clark essaye d'arrêter Lana qui veut tuer Lex et la bataille commence alors entre les deux.

Clark entend la voix de sa mère biologique, Lara, l'appeler à l'aide à travers le cristal de Kara et décide de la libérer, en dépit des avertissements de Jor-El. Lara et Clark sont alors réunis et elle lui donne la bague de Jor-El, contenant de la krypronite bleue. Alors que Clark la met, il réalise que Zor-El a en réalité tout manigancé et que la kryptonite bleue lui a retiré ses pouvoirs, permettant à Zor-El de prendre le controle de la Forteresse de Solitude. Dans le même temps, Chloé et Lex ont découvert que Lois et Grant commencent une relation et leur demandent d'y mettre un terme.

Après son passage à la Forteresse, Clark revient à Smallville et dit à Lana que Kara a disparu. Clark suggère également à la jeune femme de faire équipe ensemble pour faire tomber Lex, ce qu'elle accepte, en lui livrant toutes les informations qu'elle possède, y compris un rapport sur un homme nommé Adrian, qui a été infecté par une substance extraterrestre. Ce dernier menace secrètement la vie de Chloe avec une bombe et dit à Loïs que si elle ne force pas Lex à avouer la vérité sur les expériences réalisées dans le cadre du projet 33.1, il fera exploser la bombe. Chloe, croyant qu'elle est sur le point de mourir, avoue à Jimmy qu'elle est une krypto-monstre.

Alors que Clark est prisonnier des glaces dans la Forteresse de Solitude, Bizarro s'acapare sa vie aux côtés de Lana. Ne sachant pas qu'elle côtoie Bizarro, Lana profite du "nouveau Clark" et partage les informations qu'elle a rassemblé sur un tueur en série qui vide ses victimes de leurs éléments minéraux. Tous deux parviennent à la conclusion qu'il doit s'agir de Brainiac, et Bizarro se lance à sa recherche. Lex est surpris de la réaction de Lionel après que Grant lui ait révélé être un clone de Julian.

Alors qu'elle travaille secrètement pour Oliver, Chloe intercepte un des dossiers de projets de Lex, mais elle est attaquée par Black Canary, une femme mystérieuse dotée d'un cri strident. Dinah Lance, l'alter-ego de Black Canary, est la présentatrice d'un talk-show et travaille également au Daily Planet où elle est en conflit avec Loïs. Lex persuade Black Canary que Green Arrow et son équipe sont des terroristes, elle lance alors l'attaque sur Green Arrow et Clark. Dans le même temps, Loïs découvre le secret d'Oliver.

Loïs suit Lex jusqu'à Détroit et découvre qu'il a retrouvé Kara, qui souffre d'amnésie. Finley, un serveur obsédé par Kara, craint que Lex ne l'éloigne de lui, tire alors dessus et retient Kara et Loïs en otage. Après la découverte du corps inanimé de Lex, Chloe se propose de le guérir, mais Clark refuse de la laisser faire.

Kara et Jimmy suivent le concert de "One Republic" et l'un des machinistes s'avère être l'ancien résidant de Smallville : Pete Ross. Pete mâche inconsciemment un chewing-gum de kryptonite et développe de supers pouvoirs. Clark et Chloe sont ravis de revoir leur vieil ami mais l'avertissent contre l'utilisation de ses pouvoirs en public. Pendant ce temps, Lex découvre le pouvoir de Pete et le fait chanter pour ouvrir un lieu sécurité de Lionel. Lex menace Pete de révéler que Chloe est une "krypto-monstre".

Lionel s'arrange pour retenir Clark prisonnier dans une cellule de krypronite à Luthocorp. Après que Chloé et Lana aient trouvé une sonde militaire électrique à la ferme, elles vont interroger Lionel. Mais celui-ci rejette les suspicions sur Lex. Chloé et Lana emmènent Kara à la Forteresse et supplient alors Jor-El de lui redonner sa mémoire car elle est la seule personne capable de sauver Clark.

Afin de pouvoir lutter efficacement contre Brainiac, Kara décide d'apprendre à Clark comment voler. Jimmy et Lois enquêtent sur la mort mystérieuse de Patricia Swann. De son côté, Lex met tout en oeuvre pour percer le secret du cercle Veritas. Pour obliger Kara à le suivre, Brainiac capture Lana et la plonge dans une léthargie kryptonienne...

Lex s'empare du médaillon de Lionel, qui contient la deuxième clé permettant d'ouvrir le coffre situé à Zurich. A son grand désarroi, il constate que le précieux sésame ne se trouve pas à cet endroit. Il se rend alors au Daily Planet, où il espère découvrir la clé. Quant à Clark, il s'inquiète pour Lana, internée dans un asile...

Clark cherche désespérément Kara et Brainiac, puisque Brainiac est le seul à pouvoir inverser la situation de Lana. Clark demande à Chloé de vérifier une quelconque source de puissance dans les alentours, elle pirate alors les ordinateurs du gouvernement, déclenchant des alarmes. Jimmy est coincé entre le département de sécurité, qui le menace de le mettre en prison à moins qu'il ne les aide à capturer Chloé, et Lex qui lui offre de blanchir Chloé si Jimmy accepte de passer un accord avec lui.

Clark découvre que Kara a envoyé des messages de Krypton du passé qui indiquent que Brainiac veut tuer le Bébé Kal-El donc Clark n'existera pas dans le futur. Clark est déchiré parce qu'il croit que le monde serait meilleur s'il n'était jamais arrivé à Smallville. Jor-El prend des dispositions pour qu'il voit ce que la vie aurait été si Clark n'avait pas existé : Lex est le Président des États-Unis, Kara est élevée par les Luthors, Jonathan est vivant, Lana est une épouse heureuse et Chloe et Lois sont des as en tant que reporters.

Lex est attaqué par un inconnu qui grave un symbole kryptonien sur son buste : un message pour Clark. Chloé et Clark enquêtent et découvrent qu'un membre du clan Veritas a survécu et se cache dans une église. Clark et Lex se précipitent pour être le premier à trouver ce mystérieux membre de Veritas, qui détient la clé de la survie de Clark.

Kara dit à Lex qu'il est destiné à défier le voyageur et lui propose de l'emmener à la forteresse pour lui montrer comment le vaincre. Clark est stupéfait de l'attitude de Kara vis à vis de mais c'est en fait Brainiac qui a prit l'apparence de Kara tandis qu'elle est piégée dans la zone fantôme. Chloé est arrêtée par la sécurité nationale et Lana se réveille de son état de comat. Finalement, après de multiples rebondissements, Clark et Lex se retrouvent à la forteresse et Lex découvre le secret de Clark.

Tess Mercer prend la direction des opérations à la tête de LuthorCorp, selon les instructions laissées par Lex. Celui-ci, ainsi que Clark, ont disparu depuis leur confrontation en Arctique. L'Archer vert, aidé de Black Canary et Aquaman, est également à la recherche de Clark... Lois, de son côté, tente d'en savoir plus sur la disparition de sa cousine. Le Département de la Sécurité Intérieure, qui avait arrêté la jeune femme, déclare n'avoir aucun dossier au nom de Chloé Sullivan...

Les premiers pas de Clark au Daily Planet sont mouvementés. Dès son premier jour, il vole au secours des victimes d'un attentat à la bombe. Chloé, arrivée rapidement sur les lieux, apporte également sa contribution avec l'aide de Davis, un jeune et charmant secouriste...

La Ligue de Justice, dirigée par Green Arrow, explore l'Arctique à la recherche de Clark, qui a disparu lorsque la Forteresse s'est effondrée. L'équipe se confronte rapidement avec le nouveau directeur de la Luthorcorp, Tess Mercer. Pendant ce temps, Chloé est détenue prisonnière par un groupe mystérieux qui a découvert qu'elle a un nouveau pouvoir, et les pouvoirs de Clark ont été retirés par Jor-El.

Tess et son équipe effectue des tests sur le cristal de Clark qu'elle a rapporté d'arctique, lançan une lumière intense dans l'univers. Ceci a pour conséquence l'arrivée de Maxima, une reine de la planète Almerac, recherchant son âme soeur qu'elle croit provenir du signal. Malheureusement, son pouvoir est trop fort pour les humains et chaque baiser qu'elle donne les tue. La séductrice Maxima arrive à Métropolis et commence ses recherches, en commençant par Jimmy.

Après qu'ils quittent leur fête de fiançailles, Chloe et Jimmy sont enlevés par un bijoutier psychotique qui a été marqué émotionnellement par l'infidélité de son épouse et maintenant enlève des couples et les soumet à un détecteur de mensonges avec l'aide d'une kryptonite améliorée qui les choque s'ils mentent. Le ravisseur demande alors à Chloe si elle aime quelqu'un d'autre. Entre-temps, dans l'effort de trouver Chloe et Jimmy, Clark et Lois posent comme un couple et sont eux-mêmes enlevés puis interrogés dans le but de savoir ce qu'ils ressentent l'un pour l'autre.

Clark se penche sur une récente attaque dans un théâtre, qui est peut-être l'oeuvre d'un tueur en série. Pensant qu'il pourrait s'agir de quelqu'un infecté par les météorites, il exige que Chloe lui fournisse le noms des personnes qui la consultent à la Fondation Isis, ce qui provoque un clash entre les deux amis. Davis craint que ses malaises ne signifient qu'il soit le tueur et il recueille les éléments de preuves qui pourraient l'impliquer. Craignant le pire, il confesse ses soupçons à Chloe.

Jimmy a pris une photo de Clark arrivant en super vitesse pour sauver Loïs d'un agresseur et parvient à identifier du rouge et du bleu qui sont flou sur la pellicule. Jimmy la montre à Tess, qui décide de la mettre en première page du Daily Planet. Clark craint que son identité soit découverte, et demande alors à Chloé de faire pression sur Jimmy, mais elle refuse.

Clark reçoit un paquet anonyme contenant le cristal que Tess a trouvé dans l'Arctique. Quand il prend le cristal, il l'active ce qui l'envoit lui et Loïs dans la zone Fantôme où ils retrouvent Kara. Kara ouvre un portail pour que Loïs reparte, mais la femme de Zod, Faora s'échappe avec elle et prend possession du corps de Loïs. Et c'est une Loïs possédée qui se déchaîne sur Metropolis.

Brainiac commence à supprimer les souvenirs de Chloé un par un jusqu'à ce que la seule personne dont elle se souvienne est Davis. Clark réalise que le seul moyen d'arrêter Brainiac de prendre le contrôle de Chloé est de reconstruire la forteresse et demande à Jor El de la soigner.

Chloé est emballée de se marier à Jimmy. Oliver dit à Clark qu'il pense qu'il a découvert où se cache Lex et prend son envol pour Cuba afin de vérifier. Mais, lorsque il arrive sur place, il est choqué de trouver Lana à la place. Clark et Lois se rapprochent mais le chaos intervient lorsque Doomsday provoque des dégâts à la cérémonie de mariage et tente d'enlever Chloé.

Clark est en état de choc après l'enlèvement de Chloe par Doomsday. Prêt à partir à sa recherche, il est attaqué par le «Persuader». Rokk, Imra et Garth, trois super-héros membres de la Légion, arrivent du futur pour aider Clark à vaincre ce nouvel ennemi. Brainiac, qui a pris le contrôle de Chloe, révèle à Davis qu'il est Doomsday et qu'il a été créé dans le but de détruire le monde...

Clark découvre que John Jones s'est fait tirer dessus alors qu'il enquêtait sur une affaire, Clark endosse alors l'uniforme de police pour découvrir le coupable. Pendant ce temps, Lana essaie de convaincre Tess que Lex n'est pas l'homme qu'elle croit. Les nouvelles consternantes de Lana forcent Tess à réévaluer sa position en tant que gérante de Luthorcorp.

Clark se rend à l'appartement de Lana et découvre qu'il a été saccagé. Tess arrive soudain, armée, et annonce à Clark qu'elle voulait avertir Lana qu'elle est en danger. Cette dernière a disparu et Tess pense que c'est Lex qui l'a enlevée. Elle révèle également à Clark qu'elle a obligé Lana à tourner la vidéo dans laquelle elle lui fait ses adieux. Lana aurait en effet enquêté sur les activités secrètes de Lex et fait une découverte surprenante dans les locaux de la LuthorCorp. Clark, aidé par Tess et Chloe, part à la recherche de la jeune femme...

Tout le Conseil d'administration de LuthorCorp est réuni au siège pour une réunion au cours de laquelle Oliver Queen informe les membres qu'avec l'aide de Tess, il a pris le contrôle de la société. La réunion est interrompue par l'explosion d'une bombe. Oliver est le seul rescapé de cette attaque. Clark mène l'enquête avec l'aide de Lana, dotée elle aussi désormais de super-pouvoirs...

Linda Lake revient à Metropolis et menace Clark de révéler son secret s'il ne lui fournit pas un scoop, qui lui permettrait de redevenir une journaliste vedette. Il essaie de la stopper mais celle-ci parvient à s'échapper. Refusant de se soumettre à ce chantage, Clark révèle son secret à Lois. Elle lui rit d'abord au nez mais Clark lui montre ses pouvoirs pour la convaincre. Elle croit être la première à connaître la vérité mais Clark lui révèle que Chloe et Lana sont aussi au courant. Il lui demande de rédiger et de publier son histoire dans le «Daily Planet»...

Tess invite Clark à une conférence de presse à Los Angeles, mais lorsqu'une explosion retentit dans l'avion privé qui les emmènent, Clark doit trouver une solution pour sauver tout le monde sans que Tess n'apprenne son secret. Sans qu'il le sache, Tess a organisée l'explosion pour forcer Clark à dévoiler ses pouvoirs. Dans le même temps, Davis découvre un moyen surprenant de contrôler le monstre en lui.

Lors de la fête d'anniversaire de Chloé, une mystérieuse magicienne prénommée Zatanna fait le souhait que Chloé ressemble plus à Loïs et échange le corps des deux jeunes femmes. Zatanna recherche le livre de sorts de son père afin de pouvoir invoquer son esprit, mais pas avant d'avoir exaucé le voeu le plus cher de Clark. Cassie demande de l'aide à Oliver, elle lui demande de voler un objet que Lex avait avant qu'il ne disparaisse. Elle propose d'assouvir le moindre désir du jeune homme s'il réussit. Un sort est lancé sur Clark, pour qu'il croit qu'il est un simple reporter avec des lunettes. Alors qu'elle est Lois, Chloé voit Clark lui révéler ses sentiments pour elle.

Tess tente de tuer Davis en faisant exploser son camion. Cependant, après qu'il se soit échappé, elle réalise qu'elle a besoin d'aide pour le détruire et se tourne vers Clark. Elle révèle alors à ce dernier les secrets d'enfance de Davis avec les Luthor et lui laisse entendre qu'elle connaît la véritable identité de Clark. Au même moment, Davis part trouver Chloé afin qu'elle puisse l'aider.

Loïs croit qu'elle a besoin d'un gros scoop pour conforter sa réputation de journaliste star mais le Flou Rouge et Bleu continuent de lui échapper. Cependant, alors que Chloé se fait agresser, Loïs intervient pour repousser un de ceux qui l'attaquent et se sert de cette occasion pour prétendre qu'il y a un nouveau super héros en ville, Stiletto. Clark est inquiet, Loïs pourrait se blesser en prétendant être une super héroïne, mais alors qu'il est capturé par des voyous avec de la kryptonite, Loïs intervient pour remettre les choses en ordre.

Lorsque Clark apprend que Davis est toujours en vie, il reproche vertement à Chloe de l'avoir protégé. Oliver découvre Jimmy en train de s'introduire par effraction dans l'appartement de Chloe. Alors que les deux hommes ont une explication, ils sont attaqués par Davis, qui était tapi dans l'ombre...

Chloe revient et supplie Clark de tuer Davis, affirmant qu'il ne peut plus garder la bête sous contrôle. Tess a assemblé une équipe de Krypto-monstres, dont Plastique, pour traquer Davis afin que Clark puisse le tuer. Toutefois, les choses échappent au contrôle de Tess lorsque l'équipe découvre qu'elle les a doublés.

Oliver dit à Clark qu'il faut tuer Davis car Doomsday est une menace sérieuse qui doit être arrêtée à tout prix. Cependant, Clark refuse de prendre une vie humaine, si bien que l'Archer Vert et son équipe décident de prendre les choses en mains. Loïs s'en prend à Tess mais la lutte prend une tournure inattendue. Pendant ce temps, Chloe se retrouve au milieu de la bataille que se livrent Oliver et Clark sur la mort de Davis.