Lex wird von seiner dunklen Vergangenheit eingeholt, als Jude Royce nach Smallville kommt. Jude ist ein alter Bekannter, mit dem Lex vor Jahren einen heftigen Streit hatte, der damit endete, dass Jude erschossen wurde. Aus Verzweiflung über seinen Tod nahm sich kurz darauf Judes Freundin Amanda das Leben. Doch nun taucht Jude plötzlich wieder auf, entführt Lex und bringt ihn an den Ort, an dem es damals zur Katastrophe kam. Wenig später erscheint dort auch der eigentliche Drahtzieher hinter der Entführung: Amandas Bruder, der den Tod seiner Schwester rächen will. Als Lex’ Schicksal besiegelt scheint, taucht Clark auf.

Der Tornado hat in Smallville große Schäden verursacht. Lex fühlt sich dafür verantwortlich, dass sein Vater schwer verletzt im Krankenhaus liegt und zu erblinden droht. Clark konnte zwar Lana in letzter Minute aus dem Sturm retten, doch die Suche nach seinem Vater bleibt trotz Einsatz seines Röntgenblicks erfolglos. Er ahnt nicht, dass Jonathan mit dem Reporter Roger Nixon im Keller seines Hauses verschüttet wurde. Als es Clark mit Hilfe von Lex und Pete endlich gelingt, die beiden Männer zu befreien, ist die Erleichterung nur von kurzer Dauer. Denn Nixon ist noch immer fest entschlossen, Clarks Geheimnis publik zu machen .

Eine seltsame Frau taucht auf und behauptet, Clarks biologische Mutter zu sein... und dass sein Vater Lionel sei. In der Zwischenzeit beschließt Lana, sich mit dem Mann zu treffen, der ihr biologischer Vater ist.