Contrairement aux autres passagers du vol 316 d'Ajira Airways, Jack, Kate et Hurley ont atterri sur l'île 30 ans plus tôt. Ils y retrouvent Sawyer et Jin qui ont intégré l'Initiative Dharma. Sawyer leur demande de rester cacher en attendant de trouver un moyen d'expliquer leur présence aux autres habitants de l'île...

Le temps du jugement dernier est arrivé pour Ben. Il demande de l'aide à Locke. En effet, pour expier ses péchés du passé, il doit invoquer le Monstre de Fumée noire...

Les soupçons à propos d'une éventuelle brèche dans les systèmes de sécurité s'intensifient après que Ben se soit enfuit de l'infirmerie. Miles, peu enthousiaste, est contraint de travailler avec Hurley lorsqu'on lui demande de délivrer un important colis à un haut responsable de la Dharma.

Alpert, Ben, Sun et les «Autres» suivent Locke en direction du repaire de Jacob. En 1977, Kate convainc Juliet et Sawyer de l'aider à stopper Jack. Tout trois quittent le sous-marin et rejoignent l'île. Jack et Sayid sont en route pour le «Cygne» avec, dans leur sac, le coeur de la bombe H. Ils sont secourus par Miles, Hurley et Jin après qu'ils ont déclenché une fusillade dans le village Dharma. L'incident est maintenant imminent, il reste peu de temps pour atteindre le «Cygne». Mais soudain, Kate, Juliet et Sawyer leur barrent la route

Après avoir tenté de stopper Jack, Juliet, Kate et Sawyer finissent par accepter de l'aider à faire exploser la bombe H et rayer ainsi les trois dernières années de leurs vies. Locke et Ben finissent par rencontrer Jacob dans son refuge. Au même moment, Ilana et les siens arrivent sur la plage pour montrer à Alpert leur inquiétant chargement.

Deux situations parallèles se font face. Dans la première, l'explosion a eu l'effet escompté. À bord du vol Oceanic 815 entre Sydney à Los Angeles, l'appareil subit de violentes turbulences qui cessent rapidement. Mais des choses ont changé : Desmond est là alors qu'à l'origine, il n'était pas à bord. L'avion atterrit à Los Angeles et chacun part de son côté. Dans la seconde situation, le plan a échoué. Des événements sont survenus sur l'île où les rescapés sont toujours bloqués. Kate, Sawyer et Miles tentent de sauver Juliet, prise au piège sous les décombres suite à l'explosion de la bombe. Ils semblent avoir voyagé dans le temps. Ils ne sont plus sur le site du chantier du "Cygne" mais près du bunker après son explosion. Jacob apparaît à Hurley et lui demande de conduire Sayid au Temple pour le sauver...

Sawyer enterre Juliet. Miles lui apprend qu'avant de mourir, elle souhaitait lui dire "Ça a marché". Kate, Jack, Hurley et Jin cherchent à rejoindre le Temple pour sauver Sayid. En route, le groupe est capturé par les Autres. Ils sont conduits au Temple où ils rencontrent Dogen, le leader mystérieux des Autres, assisté d'un autre curieux personnage, Lennon. Dogen ordonne qu'on les tue mais se ravise dès que Hurley lui crie qu'ils sont envoyés par Jacob. Dans l'autre réalité, Kate réussit à duper le marshal à l'aéroport de Los Angeles et s'enfuit en sautant dans un taxi et menaçant le chauffeur de son arme. Elle ne remarque même pas la passagère terrifiée : Claire, enceinte. Tandis que ce drame se déroule à l'extérieur de l'aéroport, à l'intérieur, une forte somme d'argent non déclarée est trouvée dans les bagages de Jin. Jack apprend que le corps de son père a été perdu.