Un avion militaire, qui transportait les corps de six Marines, tués sur le théâtre des opérations en Afghanistan, s'écrase. Seul un membre d'équipage survit au crash. Les premières constatations font penser à un accident. Le lieutenant Burke vient aider les agents à faire le lien avec les familles des défunts. Gibbs et son équipe découvrent que l'ADN du lieutenant Flores, qui comptait parmi les corps rapatriés, ne figure dans aucun des échantillons relevés sur le site de la catastrophe. Emilia Flores était intégrée dans une unité masculine et était chargée d'établir le contact avec les femmes afghanes. Sa dernière mission consistait à favoriser la construction d'une école pour filles...

Toujours sans aucune nouvelle du lieutenant Flores, Gibbs se rend en Afghanistan en compagnie de Ziva, à l'endroit où elle a été vue pour la dernière fois. Ils parviennent à retrouver les deux fillettes qu'elle avait sauvées. Traumatisées, celles-ci assurent à Ziva que la jeune femme est toujours vivante mais retenue prisonnière. Une opération est montée pour donner l'assaut et tenter de la délivrer.