一天深夜，海軍學員們正在舉行兄弟會測試，一名學院偶然發現了一具脖子被折斷的屍體。 死者是海軍學院的特納，他的死亡方式顯示是海軍陸戰隊的手法，他的隊友布雷克成了最大的嫌疑犯，因為他同時失蹤了。艾碧的電腦被駭客侵入了，麥基循著信號追蹤，竟然找到了布雷克的屍體，死亡方式和特納一樣。電腦駭客被抓，他告訴吉布斯他們兩個有一個共同的女友艾希莉，很有可能是爭風吃醋致死。可是艾希莉告訴他們，兩個人在幾天前在幫她躲避教官黎卡的騷擾……

一個6歲的男童向NCIS求助，聲稱自己的爸爸被綁架了。調查過程中，發現他的爸爸是一項秘密項目的負責人，而且他是唯一一個擁有能打開項目的代碼的人。當Gibbs向男童進一步了解情況時，其他人發現這個項目已經被入侵、裏面的資訊都已經被刪除掉了。到底這個失蹤的男人是無辜還是罪有應得的呢？

NCIS小組在調查兩個海軍妻子的被殺案，他們必須在兇手攻擊下一個目標（另一個海軍妻子）前將他捉拿歸案。

Fornell逮捕的一个囚犯越狱了，他找到Fornell说是被陷害的，要求重启案件调查。Gibbs中断退休生活回来帮助他解决危机。调查期间向一个退休海军—逃犯入狱后唯一一个保持联络的人问话。整个调查过程引向了一个意想不到的结果。

抓到一個國際武器交易家後，NCIS得知海軍的機密武器系統將被賣給一個外號為“La Grenouille”的武器交易家。為了能有證據和理由抓捕“La Grenouille”，他們決定派出Ducky作為臥底，達成交易，以此為理由抓捕他。與此同時，他們發現CIA也參與了這個案件，而且CIA另有打算。

一名海军士官遭谋杀，DiNozzo在犯罪现场调查进行勘察时看到了15年前一宗旧案的重要嫌疑人，令他回忆起自己当年在巴尔的摩当警察的日子。

当一架被盗的无人机与难以捉摸的恐怖分子Parsa有关时，NCIS团队与国防部合作，包括Gibb的前女友Hollis Mann，在该设备被用于大规模袭击之前追踪该设备。与此同时，麦基犹豫要不要请假去参加一场纪念女友的黑领结晚会。

导演Vance给DiNozzo一项特殊任务，让他从巴黎带一位海军上将的女儿回家，但在他进入一个有争议的犯罪现场后，他必须向NCIS团队寻求帮助。

在海岸警卫队和NCIS的海上联合训练演习中，吉布斯和CGIS特工博林发现一名落水死者，他是60海里外一艘船上的失踪船员。在登船接受审问时，吉布斯发现自己在一艘被海盗征用的船上。