De nouvelles preuves permettent de comprendre que le tueur de port-à-port a infiltré le NCIS. L'équipe de Gibbs et celle de l'agent Barett poursuivent leurs investigations et se lancent dans une course contre la montre pour l'arrêter. Tourmenté à l'idée d'être relégué au second plan dans cette affaire, Gibbs appelle son vieux complice Mike Franks à la rescousse. Ensemble, ils réexaminent l'historique de cette enquête.

L'identité du tueur de port-à-port est enfin connue. Il s'agit de Jonas Cobb, un lieutenant qui a été entraîné quelques années auparavant pour participer à une opération secrète. Après avoir enlevé EJ Barrett, sauvée in extremis par Gibbs, il réussit à tendre un guet-apens à Ziva. Toute l'équipe se mobilise pour la retrouver. Parallèlement, Gibbs apprend que EJ a un lien de parenté très étroit avec le secrétaire de la Navy.