Carter descubre que aun posee los recuerdos del Tok’ra Jolinar. Ella halla la dirección de la posible base Tok'ra, y el equipo es enviado a contactar con ellos, y quizás formar una alianza. En tanto, el Gral. Hammond se entera que el padre de Carter, Jacob, está muriendo de cáncer.

Después de que los Tok'ra rechazaran la oferta de alianza con los Tau'ri, debido a que la Tierra no tiene nada para ofrecerles, ellos no permiten dejar irse al SG-1, ya que poseen la ubicación de su base. En ese momento, el anfitrión de un Tok’ra llamado Selmak está muriendo, por lo que el equipo ve allí una oportunidad para forjar una alianza y salvar la vida de Jacob Carter.

Siguiendo una punta de Tok'ra, el SG-1 va a un planeta donde encuentran el odiado Apophis, casi muriendo y bajo el ataque de planeadores de la muerte. Vuelven con él, dándose cuenta de que fue torturado por un señor del sistema rival, con un daño duradero. Apophis exige santuario, siempre que el Dr. Fraiser pueda salvarle la vida, al menos a causa del huésped humano, pero sin un sarcófago el pronóstico de su simbionte es pésimo; él ofrece todo su conocimiento de Goa'uld a cambio de un nuevo anfitrión, es decir, su vida, revelando que fue derrotado por el terrible Sokar, una vez señor supremo del sistema hasta que lideró una alianza ...

Jacob/Selmak ha sido capturado por Sokar. Jolinar fue la única persona que logró escapar de la prisión lunar de Sokar, por lo que Carter deberá adentrarse en sus recuerdos para hallar el método. El SG-1 sin embargo es capturado, y descubre que un viejo enemigo está al mando de la prisión.

El SG-1 planea escapar de Ne’tu con Jacob/Selmak, pero para hacerlo necesitaran la ayuda de Teal’c, quién por su parte está a bordo de un Tel’tak preparado para lanzar un misil que destruirá la luna. Sin embargo, los eventos llevaran finalmente al ascenso de Apophis, quién ha vuelto de la muerte.

Los Goa’uld intentan sabotear el tratado Tau'ri-Tok'ra, y para ello han implantado una programación subconsciente en algún miembro Tok’ra o humano. Con el tiempo en contra, comienzan a investigar quién podría ser el “Zatarc” o traidor.

Cientos de equipos SG-1 aparecen en el SGC, dando a entender al equipo "real" que cada uno de ellos han sido desplazados por error de distintas realidades paralelas.