Depuis sa mise à l’abandon, la Porte des Etoiles, une passerelle entre la Terre et les autres planètes, est étroitement surveillée par l’Armée de l’Air. Soudainement, elle s’active et une horde d’extraterrestres, les Goa’ulds, débarque et extermine le détachement de soldats en place. La seule survivante, un sergent, est emmenée de force sur leur planète d’origine : Abydos. Dépassé par les évènements, le Général Hammond rappelle d’urgence le Colonel Jack O’Neill pour qu’il reprenne du service. Le programme Stargate est alors relancé et la première équipe d’expédition, le commando SG-1, est paré pour sa mission de sauvetage…

Sur Chulak, un garde sépare les jeunes femmes d'un groupe de prisonniers ; Sha're en fait partie malgré les protestations de Skaara. Sur Terre, Jackson et O'Neill se remémorent leurs souvenirs de la première mission sur Abydos et discutent ensuite sur l'identité du ravisseur : ils arrivent à la conclusion que ce n'est pas Râ. Alors que sur Chulak un être parasitaire ayant l'apparence d'un serpent prend possession du corps de Sha're, le général Hammond créé les neuf premières équipes d'exploration et lance le programme Porte des étoiles. Leur première mission sera d'aller sur Chulak.