Après que Sam ait découvert l'emplacement de la première porte des étoiles en Antarctique, la seconde, normalement basée en Egypte, ne s'y trouve plus en raison de l'échec de la mission SG-1. L'équipe à nouveau reconstituée, le général Hammond et le docteur McKay l'envoient à bord du contrôleur temporel chercher Teal'c, puis remonter à l'époque des pyramides pour modifier le passé afin de sauver le futur. Durant la fuite de Teal'c pour échapper au joug d'Apophis, le faux dieu Go'auld, Daniel est assassiné. Mais la troupe le retrouve en Egypte, où il fomente une rébellion jaffa contre Rhâ, décidé à emporter avec lui la porte des étoiles en cas de fuite.