Un grupo de militares, científicos y civiles quedan atrapados en la nave lantiana Destiny, que esta a varios millones de años luz de la Tierra. Tras las heridas sufridas por el Coronel Young durante la huida, el Dr. Rush tratara de tomar el mando de la situación ayudado por el Teniente Scott y Eli Wallace.

Tras la llegada a la nave, el equipo descubre que el sistema de soporte de vida está defectuoso y que el oxígeno se acabará pronto. Entre todos deberán decidir cómo solventar los problemas que la defectuosa estructura de la nave está generando.

Scott, Eli, Rush y varios miembros del equipo viajarán a un planeta desértico para encontrar la sustancia necesaria para reparar el sistema de soporte de vida. Además, Chloe Armstrong tendrá la oportunidad de ver a su madre.

Las reservas de energía de la Destiny están en un nivel crítico. Eventualmente los sistemas de la nave comienzan a fallar. Cuando todo parece perdido, la nave se dirige hacia tres planetas con posibilidad de ser habitables. Mientras tanto, Eli Wallace graba mensajes individuales de la tripulación en caso que no sobrevivan.

La Destiny se encuentra en rumbo de colisión, lo que lleva a la tripulación a una situación critica. Se plantea el uso de una cápsula de escape para aterrizar en uno de los planetas contiguos para averiguar si son habitables. Sin embargo, sólo diecisiete personas pueden viajar en ella, lo que hará que se planee una lotería para ver quién sube, abandona la nave y quién no.

La tripulación de la Destiny utilizará las piedras de comunicación Antiguas para permitir a algunos miembros de la tripulación volver a la Tierra para llevar a cabo un arriesgado plan que podría llevar a la tripulación a casa.

Rush encontrará una silla semejante a la encontrada por el SG1 capaz de almacenar la información de la nave sobre y cómo tomar el control de la misma. Sin embargo, su utilización entraña un grave peligro que el Coronel Young no está dispuesto a correr. Camile Wray y el teniente Scott visitarán la Tierra con las piedras de comunicación. Young descubre a su esposa siendo visitada por Telford.

El Coronel Young cede el mando de la nave después de que se vea implicada su arma en el asesinato de uno de los miembros de la tripulación. Mientras tanto, la Destiny se detiene en un Stargate en cuyo planeta hay una nave alienígena abandonada.

Un accidente con las piedras de comunicación envía la conciencia del Coronel Young a una nave alienígena, provocando el primer encuentro de la tripulación con seres extraterrestres. Ello provoca en conflicto entre la Destiny y los alienígenas, que asaltan la nave en busca de prisioneros.

El incidente entre el Coronel Young y el Doctor Rush en el planeta sigue muy latente entre la tripulación de la nave, la cual intenta dar con una solución al conflicto por si misma.

La Destiny se detiene cerca de una estrella en la que orbita un desconocido planeta, esta vez sin activar el reloj de cuenta atrás. El teniente Scott dirige un pequeño equipo a la superficie del planeta, donde los exploradores se sorprenden al encontrar una gran variedad de alimentos, agua y sol.

Cuando uno de los motores FTL de la Destiny explota, la tripulación llama a una mente inteligente de la Tierra para ayudar en la crisis: se trata de una científica tetrapléjica que temporalmente toma el cuerpo de Camille Wray.

Tras abandonar la galaxia en la que se encontraban algo extraño le sucede a la tripulación de la Destiny. Empiezan a ver y sentir cosas extrañas dentro de la nave, e incluso algunos creen que se están volviendo locos. La paramédico TJ intentará encontrar una solución al problema.

Una noche, el Dr. Nicholas Rush tiene un extraño sueño que rápidamente asocia con la causa del ataque a la base Ícaro, e intenta demostrar que se trata de un recuerdo remanente de un antiguo intercambio con las piedras de telecomunicación. Debido a ello, se descubre que el coronel Telford fue descubierto durante una infiltración en la Alianza Lucian y que trabaja para ellos tras ser expuesto a una tecnología que controla su voluntad. Young y el general O'Neill trataran de deshacer el lavado de cerebro para que Telford pueda revelar los planes de la Alianza.

Tras un fallido intento de detener a la Alianza Lucian por parte del Comando Stargate en la Tierra, los mercenarios llegan a la Destiny donde todo el personal tendrá que estar preparado para hacerles frente. Durante el ataque, la Alianza tomará varios prisioneros entre ellos a la teniente Johansen (TJ). Eli y Chloe serán transportados accidentalmente a un remoto rincón de la nave, mientras que el coronel Young y Camile Wray negociarán la liberación de los prisioneros con la ayuda encubierta de Telford.

Durante la incursión de la Alianza Lucian, los científicos de la Destiny descubren que la radiación de unas estrellas cercanas puede hacer que el escudo falle y todos mueran. Los fallos de la nave provocan desconfianza en los captures de la Alianza Lucian, que consiguen intercambios de prisioneros y tomar el control de la nave, bajo la promesa de mantener con vida a los cautivos. Young decide rendirse en un plan para volver a transferir el control de la nave a Rush con la ayuda de Telford. Mientras, Scott y Greer tratarán de reparar el escudo cuando inesperados acontecimientos dentro de la nave hacen que necesiten la ayuda de Eli.

El Coronel Young y el resto de la tripulación continúan su lucha por retomar el control de la Destiny a la Alianza Lucian. Tras la muerte de su comandante, los captores obligan a los prisioneros a descender a un planeta habitable. Mientras, Rush sabotea los escudos, dejándolos a merced de la mortal radiación que sacude la nave en un osado plan para negociar el control de la nave. T.J. es herida y su bebe corre peligro.

Desesperado por la situación crítica de la comida y la bebida en la nave, Rush dirige la nave a un planeta inestable que se ha quedado fuera de los controles de la Destiny y que tiene el Stargate bloqueado. Mientras, Young y Wray discuten sobre si deben confiar de verdad en los prisioneros de la Alianza Lucian.

La tripulación encuentra una nave implantadora de stargates notablemente similar a la Destiny que puede tener la llave para volver a casa. Cuando Young envía un equipo a explorarla descubren que no son los únicos que están a bordo de la misteriosa nave.

El extraño comportamiento de Chloe hace pensar a la tripulación que podía estar siendo controlada por los alienígenas que la habían secuestrado tiempo atrás. Rush finge estar tratándola para poder obtener información de los alienígenas. Eli volverá a la Tierra para visitar a su enferma madre.

El coronel Young tiene un sueño recurrente de la Destiny siendo atacada y destruida, lo que le hace pensar que está perdiendo el juicio, descuidando el liderazgo de la nave.

Rush y Young quedan atrapados en una nave abandonada, mientras la Destiny permanece varada en el espacio. Rush se niega a desvelar su secreto.

Los miembros de la tripulación que se quedaron en otra galaxia hacen su regreso a la Destiny de forma sorprendente. Sus extrañas pérdidas de memoria hacen dudar de ellos a la tripulación de la Destiny.

El poseer al fin la tripulación control sobre el sistema de navegación de la Destiny introduce nuevos riesgos cuando se encuentran en medio de una guerra entre dos razas. Cuando el motor FTL de la Destiny queda averiado, Telford llegará al rescate en la nave implantadora dónde quedo atrapado con unos misteriosos alienígenas.

La Destiny es encerrada en una batalla, después de ser aparentemente traicionados por los Ursini. Chloe se hace con un control de comunicación de la nave y provoca la llegada de los extraterrestres de la galaxia anterior, que aún los persiguen. Después de varios problemas, la batalla termina pero la Destiny está muy dañada e intentar saltar a FTL así podría ser mortal.

Eli ha encontrado una forma de volver a casa, pero Rush cree que su plan puede salir catastróficamente mal. Después de que expertos en La Tierra aprueben el plan de Eli, Rush anuncia su intención de quedarse en la nave y pide voluntarios para permanecer con él.

Mientras una senadora de los EE. UU. visita la Destiny, Camile y el sargento Greer quedan atrapados cuando Homeworld Command sufre un ataque alienígena.

La Destiny descubre a los supervivientes de una expedición interplanetaria que afirman que su civilización, Novus, fue fundada dos mil años antes por la tripulación de la Destiny. Sin embargo, los drones que atacaron la nave en el pasado les han seguido hasta allí y ponen en peligro a los colonos.

Al devolver a los colonos a su planeta de origen, Novus, la tripulación descubre que éste ha sido abandonado y permanece al borde de la destrucción sísmica. En la superficie, la tripulación conoce las vidas de sus dobles en el pasado y T.J. descubrirá un terrible secreto sobre su futuro.

La Destiny está siendo acosada por los drones, que impiden que la nave recargue energía. Eli idea un osado plan para obtener energía de una estrella Supergigante azul, contando con la ayuda de Rush. Mientras, el Coronel Young y toda la tripulación abandonan la nave y se encuentran en un extraño planeta desconocido en el que creen que estarán a salvo mientras la Destiny sigue el plan de Eli.

Tras ampliar los sensores de la Destiny, la tripulación descubre que todos los stargates de la galaxia están rodeados de naves portadoras de drones. Este hecho imposibilita que la tripulación pueda reabastecerse de energía y alimentos. Cuando su primer plan falla, Eli propone que la tripulación entre en las vainas de éxtasis de la nave para que ésta viaje por toda la galaxia durante tres años y así evadir a los drones.