A Secret Service agent ends up questioning his own sanity as he searches for two missing colleagues in a strange town that he seemingly can't escape.

Ethan is helped by Beverly as he continues looking for clues to figure out how Secret Service agent Bill Evans' body ended up in an abandoned house; and he gets answers to the mystery of why people in Wayward Pines always have to answer their phones. Theresa and Ben decide to take their search to Idaho.

New evidence is uncovered by Ethan, who, while still in shock that Kate participated in Beverly's "reckoning" in the town square, has another run-in with Sheriff Pope and is given a new house by a real-estate agent. Theresa and Ben head to Idaho.

Ethan is appointed to a leadership role in Wayward Pines and his first act, according to Nurse Pam, should be to call a reckoning for Peter McCall for his treasonous act of graffiti on Main Street. Ben receives private tutoring from Megan Fisher on his first day of school. Theresa is offered a job as a real-estate agent.

Ethan ventures outside of Wayward Pines and his shocked by what he discovers. Theresa shows up to her first day of work and meets with a client who seems to share her feelings for the town. Megan Fisher teaches Ben the truth about where he's living.

Ethan learns more about Wayward Pines and its residents. Theresa sets her sights on investigating an unusual plot of land. Kate and Harold plan a covert operation.

Ethan finds a bomb planted in his car, which leads him to question people he thought he could trust; Kate and Harold discuss their fertility issues with Nurse Pam; Ben's relationship with Amy heats up.

David suspects a traitor inside the complex helping the insurgents, and orders Pam to question the technicians. Meanwhile, Ethan is determined to stop more terrorist attacks like the one that put Ben in the hospital.

Harold's failed attempt to break past the fence surrounding Wayward Pines leads to questions from Ethan about other insurgents who have gone off the grid. Amy's health takes a turn for the worse. Nurse Pam pushes Theresa to investigate Plot 33. Ben is encouraged by his teacher to speak publicly about current events.

The electricity in Wayward Pines is turned off with deadly repercussions. As Ethan and Kate take the necessary steps to move everyone out of harm's way, Nurse Pam confronts Pilcher on his decision and tries to convince him to reconsider.

No primeiro episódio da segunda temporada, o doutor Theo Yedlin acorda no meio de uma revolta em Wayward Pines.

Theo tenta usar o facto de ser o único cirurgião em Wayward Pines para saber da sua mulher, Rebecca. CJ Mitchum lidera um projeto vital, mas talvez mortífero, do outro lado da vedação. Theresa procura o seu filho.

É revelado porque é que Jason Higgins foi criado para ser o líder da primeira geração. A enfermeira Pam volta a aparecer e torna-se uma ameaça para a cidade. Theo continua a investigar porque foi escolhido para se juntar a esta estranha comunidade.

Xander regressa a Wayward Pines com alguém inesperado, que o ajuda a perceber melhor as intenções dos abbies. Rebecca discute com Megan sobre uma rapariga que tenta escapar a uma tradição da cidade. CJ não segue o conselho de Theo e lidera um grupo numa expedição ao outro lado da vedação.

Rebecca relembra a criação de Wayward Pines. Theo fica chocado ao descobrir um segredo. Teresa revela a CJ e a Adam o seu desejo de viver fora da proteção. Megan faz uma experiência numa fêmea capturada.

Teresa é posta em perigo e as reservas de comida da cidade são severamente reduzidas, quando abbies atacam CJ e a sua equipa. Várias pessoas precisam de apoio médico, o que força Theo a improvisar uma unidade de triagem. Xander mostra do que é capaz quando Jason questiona a sua capacidade de liderança.

Theo e Megan discordam relativamente à inteligência dos abbies, quando Theo tenta comunicar com o seu líder. CJ reflete sobre a responsabilidade que tem às costas há tantos anos.

Theo e Hassler juntam esforços para encontrar o líder dos abbies, agora em fuga. Xander discute com Rebecca sobre o seu futuro. Jason descobre algo chocante sobre Kerry.

Com a aproximação dos abbies, Jason toma uma decisão que se pode revelar fatal. Theo e Xander esquecem a sua rivalidade e trabalham juntos para salvar a humanidade.

No fim da segunda temporada, os abbies invadem a cidade, levando Theo a tomar uma decisão que pode ter um impacto para toda a humanidade.