Ryuko Matoi est une écolière vagabonde voyageant d'un endroit à l'autre à la recherche d'indices sur la vérité derrière la mort de son père. Le voyage mène Ryuko à l'Académie Honnouji.

Mako se voit offrir une vie meilleure loin de la pauvreté. Pour ce faire, elle doit affronter Ryuko au combat.

Satsuki Kiryuin rejoint la ligne de front d'Osaka pour combattre Kaneo Takarada, l'héritier du conglomérat Takarada.

La fureur de Ryuko continue, et grâce à Ragyo et Nui, elle a un nouvel allié inattendu. Avec Satsuki comme cible, les Elite Four et Nudist Beach pourront-ils résister à l'assaut ?

L'affrontement final est proche ! Ragyo et Nui provoqueront-ils la fin du monde, ou Ryuko et les autres pourront-ils les arrêter ?

C'est la remise des diplômes à l'Académie Honnouji, mais tout n'est pas comme on le croit. Ryuko Matoi et la bande doivent vaincre leur dernier ennemi.