Nagate ha vivido aislado, ahora deberá acostumbrase a la vida en una colonia espacial, mientras entrena para convertirse en piloto y luchar contra una amenaza de antaño.

Nagate vive atormentado por su primera experiencia contra los Gauna. Después conoce a la élite de pilotos de Sidonia.

Nagate explora Sidonia y por proteger a un amigo se vuelve enemigo de Kunato. Los Gauna atacan y los pilotos deben entrar en acción.

Tras un desastre abordo de Sidonia, Nagate y su equipo deben recuperar un arma importante. Después desobedece órdenes para rescatar a un amigo.

Nagate y Shizuka quedan a la deriva en el espacio y sus provisiones se van agotando mientras esperan que Sidonia los rescate, pero ya está muy lejos para enviar ayuda.

Nagate y su escuadrón se gradúan de pilotos y rápidamente son enviados a combate cuando el enemigo regresa; Kunato investiga la historia de Nagate.

El enemigo resulta mucho más grande y letal de lo que se creía, esto provoca que tres escuadrones se enfrenten en una pelea mortal.

La derrota cae sobre los hombros de Nagate y sufre remordimiento por una muerte. Se revelan los primeros años de Sidonia.

Los Gauna encuentran una angustiante manera de vencer a la fuerza atacante. Nagate regresa a Sidonia con un premio que podrá ser de ayuda en esta lucha.

Los pacifistas entran en peligro cuando dejan la relativa seguridad de Sidonia, mientras el enemigo aparece más grande y violento que nunca.

El enemigo toma por sorpresa a la fuerza atacante; Nagate hace lo que puede para proteger a sus amigos.

Nagate pelea cara a cara con el corazón del enemigo mientras la fuerza atacante falla su embestida contra los Gauna.

El piloto Nagate Tanikaze es reconocido por el valor que mostró en la última batalla pero él está más preocupado por la desaparición de la Hoshijiro placentaria.

Nagate y su equipo combaten al Gauna 549, ayudados por un nuevo tipo de Gauna que se hace llamar Tsumugi Shiraui.

Kobayashi se deshizo de la oposición y ahora ajusta el curso de la nave Sidonia rumbo al noveno planeta, en el vecino sistema Lem. La guerra parece inminente.

Una amenaza aparece bajo la forma del Gauna 550, que lanza núcleos de Gauna más pequeños para interceptar la trayectoria de Sidonia.

Tsumugi fue clave para la victoria de Sidonia pero queda en muy mal estado después de la batalla. Izana, malherida, toma una decisión difícil.

Nagate se queda sin dormitorio y como no tiene a donde ir le pide asilo a Izana por una noche. Tsumugi sufre una crisis emocional.

El arma más nueva de Sidonia resulta un éxito, salvo que la tripulación no sabe cómo desactivarla. Yuhata envía a los pilotos a investigar lo que pasó.

Tsugumi y los pilotos reparan los daños de Sidonia tras el incidente con el rayo gravitacional. Un pequeño problema disgusta a Tsumugi.

Izana se da cuenta de que su "cita" con Nagate es una trampa y se va furiosa. Poco después recibe la instrucción de unirse al equipo que explorará el planeta Nueve.

Los Gauna atacan al equipo de reconocimiento pero Izana y el líder del escuadrón logran escapar a la atmósfera del planeta Nueve.

Un Gauna humanoide gigante persigue a Izana y al escuadrón de reconocimiento. Por su parte, Tsumugi se enfrenta a un Benizusume.

Nagate salva a Tsumugi pero es dominado por un Benizusume. El panorama se ensombrece porque hordas de Gauna someten a los sobrevivientes.