Nagate ha vivido aislado, ahora deberá acostumbrase a la vida en una colonia espacial, mientras entrena para convertirse en piloto y luchar contra una amenaza de antaño.

Nagate y su escuadrón se gradúan de pilotos y rápidamente son enviados a combate cuando el enemigo regresa; Kunato investiga la historia de Nagate.

Los pacifistas entran en peligro cuando dejan la relativa seguridad de Sidonia, mientras el enemigo aparece más grande y violento que nunca.

El enemigo toma por sorpresa a la fuerza atacante; Nagate hace lo que puede para proteger a sus amigos.