Terwijl een sluipschutter grote schade aanricht in New Orleans, moet het team ook omgaan met het onverwachte vertrek van Brody en de komst van FBI Special Agent Gregorio om het team te onderzoeken.

Pride stuit op nog meer verzet van de FBI wanneer hij de voormalige marine-inlichtingenanalist Elvis Bertrand, de hoofdverdachte in een meervoudige moordzaak, helpt.

Nadat een onderscheiden onderofficier dood in een sportarena is gevonden, leidt het bewijs Pride en het NCIS-team naar een ontvoeringszaak van een onderofficier die voor het laatst in Mexico is gezien.

Het team werkt samen met de FBI om een vliegtuigcrash in de bayou te onderzoeken die drie matrozen dood heeft achtergelaten. Ondertussen interviewen Sonja en Lasalle kandidaten voor de open vacature van Special Agent.

Nadat een onderofficier en lid van de prestigieuze Amerikaanse marine band in haar huis is vermoord, neemt Pride de voogdij van het slachtoffer tijdelijk op zich, die de enige getuige is van de misdaad.

Pride moet een geliefde familie vriend beschermen die verloofd is met de nummer één verdachte in de lopende NCIS en FBI-kartelzaak. Er ontstaat een belangenconflict wanneer wordt ontdekt dat het kartel werd onderzocht door Gregorio en de FBI.

Sebastian wordt undercover gestuurd en Patton oefent zijn vroegere gok-vaardigheden uit, terwijl Pride en het team een gevaarlijke operatie opzetten om Garcia te vangen.

Niet in staat om iemand in New Orleans te vertrouwen, belt het NCIS-team FBI-assistent-directeur Isler om het sinistere plan van burgemeester Hamilton voor de inwoners van Clearwater te helpen ontmaskeren en te stoppen.

Pride en zijn team werken samen met FBI Director Isler, nadat een Russische agent verdwijnt als zijn collega is vermoord.

Sebastian is tijdelijk uit zijn functie gezet, omdat de FBI twijfelt over zijn manier van handelen tijdens een achtervolging. Pride en het team proberen zijn naam te zuiveren.

Rita Deveruax vertelt tegen Pride dat Douglas Hamilton een deal probeert te maken om uit de gevangenis te komen.

Sebastians oude schoolvriend Adrian smeekt hem om hulp, nadat zijn zakenpartner is vermoord. Special FBI-agent Raymond Isler denkt dat Adrian een computerhacker is.

FBI special agent Raymond Isler vraagt Pride om hulp bij een off-the-books opioïden diefstalonderzoek waarin hij persoonlijk heeft geïnvesteerd.

Pride heeft na een herschikking van opdrachten niet langer de leiding over het zuidoosten en keert terug naar het NCIS-kantoor in New Orleans voor het onderzoek naar een vermiste onderofficier.

Pride en Lasalle reizen naar Rusland om FBI agent Raymond Isler te vinden. Hij werd gekidnapt terwijl hij de leider van Apollyon wilde arresteren, de groep die Prides vader heeft vermoord.

Tijdens hun zoektocht naar het dodelijke ondergrondse spionagenetwerk Apollyon wordt Pride gescheiden van het team. Het NCIS-team moet de ​​mol vinden die informatie blijft geven aan Apollyon.

Het NCIS-team ontdekt een sinister complot door een particulier detentiecentrum dat door de overheid is gecontracteerd om immigranten zonder papieren te huisvesten. Lasalle en Sebastian reizen naar Alabama om te zoeken naar de vermiste broer van Lasalle.