Alex O'Connor, analyste novice à la CIA se voit affecter à sa première affaire. Il doit examiner les déclarations d'un espion russe qui prétend détenir des informations concernant une attaque visant les États-Unis. Ses parents, Katya et Mark, font partie, à son insu, d'une cellule dormante russe sur laquelle Alex enquête. En parallèle, une ancienne amie frappe à sa porte pour une nouvelle mission...

Mark et Katya passent près d'être dénoncés comme espions par leur fils Alex. Katya manipule Alex et l'amène à croire qu'il se trompe, mais ses mensonges créent des divisions au sein de la famille. Victor est averti qu'il a intérêt à garder le contrôle sur les O'Connor. Alex travaille avec l'agente Michelle Prado dans le cadre d'une force opérationnelle CIA-FBI pour trouver la cachette du SVR avant qu'elle ne soit détruite.

Au lendemain de la violente fusillade, Alex doit convaincre le FBI de mener une dangereuse opération secrète pour trouver la cache de Mikhail. Avec l'agente Prado à ses côtés, Alex conduit une équipe à Philadelphie pour récupérer l'ordinateur portable dans un édifice gouvernemental, mais Victor les devance et ordonne aux O'Connor de s'introduire par effraction pour voler l'ordinateur. Katya découvre un des plus dangereux secrets de Natalie et force celle-ci à choisir entre l'amour et sa famille.

Une découverte troublante laisse Alex dans l'obligation de revoir sa théorie avec la preuve trouvée à City Hall. Sam l'encourage à continuer sa recherche d'indices...

Alex doit faire face à la réalité du passé de sa famille au moment même où son intégrité est remise en question au travail. Le FBI croit qu'il y a une taupe au sein de l'organisation et fait appel à l'agent spécial Faber pour enquêter. Alex doit témoigner sous serment et se soumettre à un test polygraphique. Victor trouve une nouvelle façon de surveiller les O'Connor. Natalie fait une erreur critique pendant qu'elle est sur une piste.

Natalie doit se fier à un outsider pour obtenir de l'information vitale sur Black Dagger, et risque que Victor ne découvre son plan. Sam et Alex organisent une opération d'infiltration risquée en plein jour pour mettre la main sur un informateur du SVR avant qu'il ne s'enfuit du pays. Katya demande à Alex de l'aider à lancer la force opérationnelle sur une fausse piste.

Alex et la force opérationnelle se rendent à Rome, où Sam se fait passer pour un homme d'affaires originaire de Hong Kong. Là-bas, Alex suit le plan de Katya et rencontre un contact qui se révèle être un vieil ami de celle-ci.

Sam commence à se méfier d'Alex, mais Michelle a une explication pour le comportement étrange de ce dernier. Victor place sur écoute la rézidientoura et la voiture du rézidiente.

Alex fait courir un grave danger à Michelle en lui révélant la vérité. Victor et Natalie veulent fuir au plus vite. Oscar se fait passer pour un natif de Boston au moment de faire connaissance avec son nouveau voisin de New York.

Un allié inattendu offre d'aider Alex, qui s'est attiré de sérieux ennuis avec la disparition de Michelle. Natalie et Victor tentent de s'adapter à leur vie en cavale.

Tout le clan O'Connor prend la fuite pour échapper au FBI et au SVR, tout en essayant de prouver que Faber est la taupe du FBI.

Sam fait équipe avec Alex pour faire échouer Oscar Christoph. Victor prend en chasse le rézidiente.

Natalie et Sarah se retrouvent en danger de mort avec le SVR. C'est l'affrontement final entre Victor et le rézidiente. Les O'Connor tentent de neutraliser Black Dagger avant qu'il ne soit trop tard.