椚丘中学3年E班，是一间暗杀教室，而这里的班主任正是炸掉了月球，并扬言明年3月要将地球也炸掉的超生物“杀老师”！ 政府委托E班全员暗杀杀老师，成功的报酬是100亿日元。于是各路同学想尽办法在保密的情况下进行暗杀老师的计划，这场教师与学生之间的非日常学园生活开始了。

由于杀老师的体育教学太过异次元，精锐部队出身的乌间担任起三年E班的体育老师，第一节课就让同学们大玩匕首。此时停学期满的赤羽业回到了三年E班，从开始至今没人能对杀老师的触手造成伤害，没想到业与杀老师第一次见面就轻易破坏了触手。腹黑暴力惯犯的业是不是就能够成功将杀老师暗杀呢？

面对穷凶极恶的鹰冈，渚感到极为愤怒。渚究竟能否挽救这种绝境！？

在南国小岛上举行暗杀修行的3年E班的学生在取得与鹰冈的战斗的胜利后，举办了男女配对的试胆大会，并帮助伊莉娜老师追求乌间老师。暑假也要结束了，E班的学生一起和杀老师去了夏日祭典。

毕业日: 人生的一个篇章结束了，另一个篇章开始了，3-E 班的学生和老师们继续在这个世界上开辟他们自己的道路。