Lex Luthor stellt sich selbst als Held dar, der die kommende Invasion aufgehalten hat. J’onn und Nia werden nach Shelley Island geschickt, wo versklavte Aliens die Zerstörung von Argo vorbereiten, wo Lex Superman vermutet. Kara gelingt es ihre Beweise gegen Lex von Brainy zurück zu erhatlen und stellt ihren Erzfeind öffentlich bloß. Es kommt schließlich zum alles entscheidenden Zweikampf zwischen Kara und Lex.

Nachdem Lena die wahre Identität von Kara herausgefunden hat, kapselt sie sich ab und spricht nur noch mit einer eigens von ihr kreierten K.I. namens Hope. Andrea Rojas, die neue Besitzerin von CatCo, entlässt James als Chefredakteur und will fortan vor allem auf Boulevardjournalismus setzen um die Nutzerzahlen zu verbessern. Karas Pulitzerpreis-Party wird von Midnight, einem Gefangenen der Phantom Zone attackiert.

J’onn stellt fest, dass seine Erinnerungen an den Bürgerkrieg auf dem Mars verändert worden sind. So entdeckt er auch den Verrat seines Bruders Malefic. Lena möchte die Menschheit verbessern, indem sie ihr die Loyalität und Selbstlosigkeit zuteil werden lässt, die auch bereits ihre künstliche Intelligenz Hope auszeichnen. Kara leidet unterdessen unter ihren neuen Arbeitsaufgaben, zumal der Reporter William auf der Spur ihrer Geheimidentität ist.

Mit Nias Hilfe stellt fest, dass William sich als Undercover-Reporter auf den Spuren von Andrea befindet, die er verdächtigt, eine Kriminelle zu sein. Zeitgleich bekommt es Supergirl mit der neuen Bösewichtin Breathtaker zu tun, die es auf Elena Torres abgesehen hat. James und Kelly kehren in ihren Heimatort zurück, der sich nach dem Bau eines Gefängnisses drastisch verändert hat. Dort sitzen Kriminelle auch bei kleineren Vergehen äußerst lange in Haft.James trifft schließlich eine schwerwiegende Entscheidung.

Lena verspricht Malefic bei seiner Jagd nach J’onn zu unterstützen. Im Gegenzug erlaubt er ihr Experimente an ihm durchzuführen. Kara und William verfolgen die Spur des Serienkillers Rip Roar, den William für den Tod seines Freundes Russell Rogers verantwortlich macht. Tatsächlich stiehlt Rip Roar wenig später einen Laser, mit dem er eine verheerende Flutkatastrophe auslösen könnte.

J’onn wird von Visionen über Malefic geplagt. So bittet er den Geist seines Vaters um Hilfe, der ihm rät, sich Malefic anzunähern. Unterdessen entdeckt Brainy den Ort, an dem sich Leviathan aufhält. Zeitgleich suchen Kara und Lena in der Festung der Einsamkeit nach einer Waffe, welche die Organisation aufhalten könnte. Allerdings werden sie bereits von Rama Khan erwartet, einem Jahrhunderte alten Alien, das mit Leviathan gemeinsame Sache macht.

Alex und Brainy können Kara aus der Festung befreien. Alex versucht Kara davon zu überzeugen, dass Lena nichts mehr retten kann, doch Kara will dies nicht wahrhaben. Tatsächlich arbeitet Lena mit Hochdruck an ihrem Plan, die gesamte Welt ihrer geistigen Kontrolle zu unterwerfen. Malefic entschließt sich auf den Mars zurückzukehren. J’onn erfährt von Monitor, warum sie seinen Bruder auf die Erde gebracht hat.