父親の借金のせいで住む家をなくした桃園奈々生は、公園で怪しげな男・ミカゲから家を譲られる。しかし行ってみた先は廃神社。実はミカゲは土地神で、奈々生に神の印を与え社を譲ったのだった。そこに居たのは狐の妖怪・巴衛。巴衛はミカゲに仕える神使であったが、新しい主の奈々生を受け入れようとはせず出て行ってしまう。残された奈々生は巴衛を捜すため、あやかしの世界に足を踏み入れることになり…

女子高生ながらミカゲ社の神様になった奈々生のもとに、乙比古が訪ねてくる。全国の神々が出雲に集まって会議を開く『神議り』の召喚状を持ってやってきたのだ。上から目線で参加を進められ、はじめは断る奈々生。しかし、巴衛が失踪したミカゲの影を追う姿を見て、出雲に行けばミカゲの居所を知る神が居るのではないかと考え、神議りに行くことを決意する。乙比古から参加条件として、ある試験を受けることになったが…。