La ficción se centra en un grupo de jóvenes reclutas que están en la Academia de Entrenamiento del FBI en Quantico, Virginia. Todos con razones específicas para unirse, los flashbacks detallarán sus vidas anteriores, mientras realizan la formación en la academia de entrenamiento. Sin embargo, el programa tendrá un giro cuando un recluta, una vez que se gradúen de la academia, va a ser sospechado de ser el autor intelectual del mayor atentado terrorista en la ciudad de Nueva York desde los ataques del 11 de septiembre de 2001.

Alex es perseguida por un crimen que no cometió y debe ser más astuta que Liam y su equipo para llegar a su apartamento para averiguar cualquier cosa que pueda ayudarla a limpiar su nombre. Mientras tanto, en un flashback a la formación Quantico, los NATS tienen la tarea de encontrar una aguja en un pajar en la búsqueda de posibles amenazas a la seguridad nacional.

Alex finalmente recibe información sobre su padre y su pasado en el FBI, pero en el futuro es su madre, Sita, quien juega un papel clave cuando Liam la convence para participar en una conferencia de prensa en la televisión nacional para pedirle a Alex que se entregue. Por otro lado, en el entrenamiento de "Quantico", los NATS aprenden el arte de perfiles y se centran en las fortalezas y debilidades de sus compañeros, en última instancia, desafiando su confianza.

En Quantico, los reclutas tienen la tarea de realizar un ejercicio de entrenamiento de rescate de rehenes que sacude a Alex, haciendo que se cuestione su capacidad y si debería renunciar a Quantico. Mientras que en el futuro, Alex continúa la búsqueda de pistas, encuentra una que pone en duda la inocencia de uno de sus compañeros de clase más cercanos.

Los reclutas dejan el campus y se someten a su primera misión encubierta. Con una noche llena de acontecimientos imprevisibles, Alex y Ryan se encuentran más cerca. En el futuro, Alex decide contar su versión de los hechos y se sienta para su primera entrevista pública haciendo que todos se pregunten quién realmente está diciendo la verdad.

Los NATs aprenden vigilancia y lo ponen en práctica con Miranda y su hijo con problemas, Charlie. Shelby trata de mantener a Caleb a una distancia, pero Raina abre la puerta a una relación más estrecha con Simon. En el futuro, Alex recibe ayuda cuando ella trata de hackear una computadora del FBI.

Es la hora del examen de mitad de período en Quantico, donde se les da a los NATS una misión explosiva que da lugar a que algunas personas se vayan a casa para siempre. En el futuro, Alex continúa tratando de limpiar su nombre, encontrar a Nimah y Raina genera más preguntas que respuestas, dejando a Alex preguntándose: "¿En quién realmente se puede confiar?"

En el futuro, el sistema informático del FBI es hackeado y archivos confidenciales se revelan públicamente, esto lleva a Alex a la conclusión de que una segunda bomba está en juego en algún lugar de Nueva York. En Quantico, los reclutas reciben tareas individuales, sólo para darse cuenta de que están todos conectados.

Los NATS asisten a una clase que tiene como invitada a la Dra. Susan Langdon, una ex agente que les da la tarea de mirar casos de asesinos seriales para encontrar una de las víctimas que no encaja en el caso, pero cuando Simon se vuelve demasiado bueno para encontrar cosas que no le pertenecen. En el futuro, Alex es interrogada por un sofisticado equipo del FBI, mientras que la vida de Ryan pende de un hilo.

En Quantico, una audiencia disciplinaria de emergencia provoca que profundos secretos se descubran. Mientras que en el futuro, Alex trabaja secretamente con su equipo para encontrar al verdadero terrorista antes de que su tiempo se agote.

Los terroristas responsables de los bombardeos de la estación Grand Central finalmente se revelan. Pero en lugar de respuestas, se producen más preguntas. Mientras de vuelta en Quantico, los reclutas reciben unos días de descanso para las fiestas.

Alex se encuentra en medio de una sesión del Congreso para declarar sobre los atentados terroristas. Convencida de que Elias no actuó solo, ella está decidida a encontrar respuestas y la verdad. Tiempo atrás en Quantico, un nuevo grupo de NATs se une a Alex y sus compañeros de clase, lo que causará tensión y competencia entre los grupos de alumnos.

Esta semana los NATS aprenden como adquirir información de fuentes confidenciales, pero cuando se ponen a prueba sus habilidades en el mundo real, pronto se dan cuenta de que ser un agente no es tan fácil como parece. Mientras tanto, en el futuro, Alex se encuentra en una situación de vida o muerte cuando se ve obligada a dar información clasificada que podría resultar en consecuencias mortales.

En Quantico, los NATs forman equipos para las clases mientras que la tensión entre Liam y Drew continúa. En el futuro, Simon se enfrenta con su nueva realidad. 

Una célula terrorista intenta infiltrarse en Quantico, obligando a Miranda y Liam a pagar un precio mortal. Mientras que en el futuro, Alex sigue recibiendo instrucciones del terrorista, sólo que esta vez, la vida de Claire Haas es la que esta en peligro.

En Quantico, los NATS tienen un ejercicio de entrenamiento. Mientras que en el futuro, Alex encuentra un aliado poco probable en Hannah, mientras continúa tratando de detener al terrorista.

En Quantico, la asignación actual de los NATS es aprender acerca de la trata de personas, Liam y Miranda los ponen a prueba a cruzar la frontera EE.UU. / Canadá sin pasaporte. Mientras tanto, en el futuro, Simon sigue ayudando a Alex a tratar de encontrar al terrorista, pero al hacerlo pone su propia vida en gran riesgo.

En Quantico, los NATs ven a fondo los antecedentes de cada uno para determinar quién obtiene la acreditación de alto nivel de control de seguridad, y en el proceso Alex, Shelby e Iris aprenden algunas verdades sorprendentes sobre Drew, Will y Caleb. Mientras tanto, en el futuro, Alex contacta a Claire Haas con el fin de encontrar a sus amigos y se sorprende al descubrir lo que le pasó a Caleb.

Es el día de la carrera en Quantico, los NATS conocen representantes de diversas dependencias del FBI para ayudarles a decidir. En el futuro, Alex continúa la búsqueda de los terroristas, y en el proceso, descubre algunas caras familiares - incluyendo a alguien que sabe cual es la fase final del terrorista.

Con sólo unas pocas semanas hasta la graduación, los NATS son enviados a varias oficinas de campo y Alex y Ryan se encuentran trabajando en un caso juntos. Mientras tanto, en el futuro, la relación de Shelby y Caleb toma un giro, y Alex no sabe en quién confiar cuando descubre nueva información sobre el hombre que ama.

Los reclutas están emocionados por la cercanía de la graduación mientras se preparan para abandonar Quantico y salir al mundo real con sus nuevas misiones. En el futuro, Alex descubre que alguien de quien se preocupaba en Quantico no es quien parecía ser, en tanto que se encuentra en el centro de otro posible ataque.

Es el día de graduación para los reclutas en Quantico, mientras, en el futuro, Alex y su equipo se encuentran a sí mismos cara a cara con el terrorista.

Mientras entrena para la CIA, Alex se ve envuelto en medio de una conspiración mortal que amenaza a muchas personas alrededor del mundo.

Los nuevos reclutas de la CIA comienzan a realizar ejercicios de vigilancia, mientras que Alex y Ryan se adentran en su nueva relación. En el futuro, Ryan y Raina tratan de perturbar el plan de los terroristas para mezclarse con rehenes, mientras que la confianza se convierte en un arma mortal, ya que no todo el mundo es quien parece ser.

Los nuevos reclutas de la CIA siguen entrenando centrándose en la evaluación. En el futuro, Alex se infiltra en un grupo terrorista y se sorprende al descubrir que no todos son extraños.

Los alumnos son sometidos a un ejercicio de entrenamiento que pone a prueba sus niveles de estrés. A su vez, Alex intenta recopilar información y acercarse a Owen. En el futuro, la organización terrorista exige un trato, una medida que podría poner fin a la disputa.

Harry sigue sospechando de Alex y Ryan, y está dispuesto a saber más acerca de su plan. Mientras tanto, Leon es reclutado por Owen para una misión especial.

La relación entre Shelby y Leon alcanza un nuevo nivel y Nimah aconseja a Alex y Ryan que no se fien de Harry.

Owen enseña a sus alumnos técnicas de interrogación. Mientras Shelby trabaja encubierto.

Lydia y Owen enseñan al grupo la necesidad de mentir y cortar lazos. Alex se siente desconectada de Ryan personal y profesionalmente.

Owen le enseña a los reclutas el arte de la seducción en la granja. Y en el futuro, Hannah Wyland interroga a Alex sobre su época en la Granja y dentro de la Zona de Crisis.

Los reclutas aprenden la importancia de la traición.

Alex intenta convencer a Owen de que el traidor se encuentra entre ellos.

Los reclutas irrumpen en la NSA con la misión de borrar su información personal, pero el grupo de la CIA tiene otros planes.

Los reclutas aprenden lo que tienen que hacer si alguna vez se ven expuestos.

A raíz de la crisis de los rehenes del G20, la presidenta Claire Haas reúne a un grupo de trabajo ilegal y clandestino: Alex y a sus amigos del FBI y de la CIA para desenmascarar una conspiración global.

Owen lidera una investigación sobre el extraño mundo de noticias falsas. Pero cazar a los editores de una historia falsa podría tener consecuencias mortales.

Clay es obligado a utilizar a su prometida para una operación, lo que hace al equipo replantearse sus conexiones personales. Alex, mientras, forja un vinculo con un activo en el centro de una conspiración. Harry lucha por hacerse un sitio en el equipo.

Uno de los amigos de Alex está en el punto de mira por un ataque de terror doméstico. El cual fue programado para coincidir con una votación en la Cámara sobre un proyecto de ley de registro musulmán. Mientras tanto, Alex y Owen cazan a un asesino.

Clay se reúne con la Presidente para discutir el futuro del grupo de trabajo, pero él es interrumpido por la llegada de su hermano. Mientras tanto, Alex dirige una operación y le enseña a Owen a confiar en sus instintos.

Con todos los colaboradores al descubierto, el equipo utiliza la fiesta de compromiso de Clay para atraerlos al mismo lugar y ponerlos a unos en contra de otros. Mientras tanto, la decisión de un miembro del equipo pone en riesgo la vida de todos.

Arriesgando todo, Alex trabaja con Owen para infiltrarse en los Colaboradores. Cuando empiezan a probar su lealtad, Alex se da cuenta de que se convirtió en un peón en el plan para derrocar tanto a la Presidente como a su grupo de trabajo.

Un alud de nuevas proposiciones encienden una luz al final del plan de los Colaboradores. Golpeados pero no vencidos, el equipo, apoyado en viejos amigos, trabaja para unir todas las piezas antes de que los Colaboradores lancen un ataque terrorista.

En el episodio final de la temporada, Alex y el equipo lanzan un nuevo ataque contra los Colaboradores y la Convención Constitucional.Intentarán parar una nueva enmienda que amenaza con acabar con la libertad de todos los americanos.