Laissant derrière lui sa terre natale, Zinkenstill, Gran poursuit son voyage avec les autres membres de l'équipage, dans l'espoir d'atteindre l'île des Astrals.

Gran et les autres sont en fuite pour échapper à l'Empire d'Erste, quand soudain, l'Empire propose des pourparlers de paix, et l'équipage se rend à la Citadelle d'Albion pour les négociations.

Gran et son équipage sont acquittés grâce au pardon de l'Erste Empire. Mais le lendemain du banquet, ils se réveillent et découvrent que Katalina a disparu, n'ayant laissé derrière elle qu'une lettre.

En raison d'un incident passé, Katalina se sent redevable envers Vira et veut lui apporter son soutien après les nombreuses années de pression et de solitude que Vira a endurées en tant que Lord Commandant.

Elle décide alors de faire face aux sentiments de Vira, pour rattraper le passé.

Après avoir quitté Albion, le Grandcypher atterrit sur une île enveloppée d'un épais brouillard, réputé pour être inéluctable.

Lyria, Io et Orchis ont été avalées par Celeste. Abandonnés, Gran et les autres cherchent un moyen de les sauver, ainsi qu'une fille fantôme, Ferry, qu'ils ont rencontrée dans le village.

Céleste est manipulée par quelqu'un. Quelqu'un qui a forcé le primal à attaquer le village et à dévorer ses habitants morts-vivants. Gran profite de l'occasion pour sauter dans Celeste et sauver Lyria, Io et Orchis.

Gran et les autres se rendent sur l'île de Golonzo, connue pour être la Mecque de la construction navale, afin de réparer le Grandcypher endommagé.

Sous le commandement de Pommern, l'armée impériale emmène Gran et Lyria. Pendant ce temps, Noa est retenu prisonnier dans un laboratoire de recherche et souffre des effets de l'essence noire.

Gran et Lyria s'échappent de la garnison de l'empire et retrouvent Rackam et les autres. Noa tente de ressusciter le Grandcypher qui a été endommagé par l'attaque de l'empire, mais il se trouve trop faible pour fournir une puissance suffisante. Il suggère de demander à Mithra, la bête primitive des promesses sur Golonzo, de les aider.

Le Chevalier noir, piégé par son propre passé, est déterminé à atteindre le pouvoir de Lyria, mais Gran jure catégoriquement de protéger Lyria. Leurs convictions inébranlables s'affrontent, et aucun des deux ne veut plier.