忍五大国のひとつ“火の国（ひのくに）”にある“木ノ葉隠れ（このはがくれ）の里”――　この里に住むうずまきボルトは、里長である七代目火影（ほかげ）・うずまきナルトを父に持つ少年だ。

ある日ボルトは、不良たちに絡まれていた少年・雷門（かみなりもん）デンキを助ける。力も気も弱いデンキは、不良たちばかりか自分の父親に反発することもできないでいた。　忍者学校(アカデミー)入学式へと行く途中ボルトは、またデンキを見かけるのだが、彼のチャクラが奇妙に歪み、どこか様子がおかしいことに気づく。

かつてかぐらと一緒にアカデミー時代を過ごした蜂谷釣糸（はちや　つるし）が、目ざわりなボルトたちを誘い出すためデンキをさらった。デンキを助けるためかぐらとともに蜂谷のもとへと向かったボルトたちは、大勢の仲間を集めていっせいに襲い掛かる相手と戦うことになる。そんな中、かぐらが隠していた驚きの真実が明かされる。　自分自身の生まれと、過去に犯した罪を忌まわしく思いひとり思いつめるかぐら。そんなかぐらにボルトたちは？

白蛇仙人も手を焼く乱暴者の大蛇ガラガから、“逆鱗（げきりん）”と呼ばれるウロコを奪い取ってくるよう言われ、龍地洞を行くボルトたちの前に、とてつもなく巨大な蛇が現れた。この蛇こそガラガだったが、ボルトたちはその巨体と凶暴さに圧倒されピンチに陥ってしまう。

一方、木ノ葉隠れの里では、モエギの報告から、ミツキの失踪に里の重要機密を知り得る何者かが関わっている可能性が浮上し……。

原因不明のまま、呪印の力に支配された鳥が次々と発見される中、ボルトたち第七班は鳥類学者のトサカや、呪印の力を吸収することができる重吾とともに奔走していた。重吾が再び呪印に支配されないよう、鎮静剤を使いながら鳥たちの救助を続けるボルトたち。ところがそんな中、鎮静剤がすべて紛失する事件が起きる。

一方、木ノ葉丸の指示で里への報告に向かったスミレたち第十五班は、途中で謎の敵に襲われ、スミレは“鵺（ぬえ）”を口寄せして戦うが……？

ボルトたち同様、呪印によって凶暴化した鳥たちのことを調べていた“川の国（かわ　の　くに）”の調査団に重吾が捕らえられてしまった。ボルトたちはこれ以上呪印による被害を増やさないためにも、重吾の力が必要だと訴えるが取り合ってもらえない。

一方、鵺のおかげで敵から逃れたスミレは、戦いの途中で離れ離れになったワサビとなみだを探していたが、その前に重吾の仲間の水月（スイゲツ）と香燐（カリン）が現れる。

呪印の力を利用する計画を、手分けして阻止することにしたボルトたち。ところが、重吾のもとに向かったボルトと水月がワナにはまりピンチに！　一方、陽動作戦に出たサラダと香燐が敵と交戦。呪印の力を自在に操る相手に苦戦する。さらには、ボルトたちとわかれ、ワサビとなみだを救出したスミレの前にも先日戦った敵が！　スミレは今度こそふたりを守るため鵺とともに戦うが、成長した鵺は、その力を制御することが難しくなっていて……。

呪印の力を活性化する薬の影響に苦しむ重吾を何とかして助けたいボルトと水月だが、鎮静剤を盛られたせいで思うように動くことができない。そんな中、渡り鳥の旅立ちのときが訪れ、呪印の力を宿した鳥たちが各地に向けて飛び立とうとしていた。このままでは広範囲に呪印の被害が広がってしまう！　焦るボルトたちだがその数はあまりにも多い。そしてついに、重吾が完全なバケモノと化し――。

果たしてボルトたちは、重吾の暴走を止め、鳥たちと人々を呪印の脅威から守ることができるのか!?

ボルトたち第七班が、正体不明の宝石泥棒を捕まえる手伝いをすることになった。ところが追跡中、すんでのところで犯人を見失ってしまい、かわりに（？）目の前に現れたのは一匹の猫!?　まだ小さく、怯えた様子だったこともあり、ボルトたちは話し合い、しばらくの間ミツキがその猫を飼うことになる。はじめはどうすればよいかわからなかったミツキだが、猫に名前をつけていろいろと世話をするようになる。

ミツキがからだの不調を訴え、大蛇丸の研究所にやってきた。　大蛇丸と、ミツキとは兄弟となるログは、原因を探るためミツキから話を聞くことに。　ミツキの話によると、以前は眠ったときに“夢”を見ることがなかったのだが、最近よく“夢”を見るようになったらしい。話を聞き、これまでの経験がミツキの“心”に何らかの影響を与え、さらにはからだにまでその影響が及ぶようになったのではないかと考えた大蛇丸は……？

木ノ葉丸の従妹、猿飛（さるとび）ミライが、先代である六代目火影カカシとその友人でライバルのガイを護衛して温泉地を巡ることになった。母の紅（くれない）や亡くなった父アスマと同じく“忍者”になったものの、平和な世の中ではあまり活躍の場もないと考えていたミライだが、この任務が七代目火影ナルトからじきじきに指示されたものであり、護衛対象が里の“英雄”であることから、表向きは慰安旅行と見せかけた重要な任務であると推測。この任務で“忍者”として功績をあげようと張り切る。

ミライたちが“火の国”と“湯の国（ゆ　の　くに）”の国境付近にある温泉街にやってきた。だが任務中のミライは温泉でゆっくりすることもできない。そんな折、この温泉街でちょうど“犬猫祭り（いぬねこ　まつり）”もしくは“猫犬祭り（ねこいぬ　まつり）”と呼ばれる祭りが行われることとなり、各地から犬好きと猫好きが集結。その中には忍犬使い（にんけんつかい）の犬塚（いぬづか）キバとキバの恋人で猫使い（ねこつかい）のタマキもいたがふたりはつまらないことでケンカとなり、それがいつの間にか温泉街全体を巻き込む争いに発展!?　この状況に、今日こそ温泉でゆっくり……　もとい！　争いをおさめようと、ミライが奔走することに！

護衛任務が始まって数日、ミライは、宿まで荷物を届けてくれたガイの元教え子テンテンとともに、温泉で疲れを癒していた。ところがそれも束の間、ガイが「幽霊が出た！」と大騒ぎ。呆れるミライだが、カカシによると、客室にあったまんじゅうがいつの間にかなくなるなどおかしなできごとも起こっているらしい。恐怖におののくガイをおもしろがるカカシやテンテンを横目に、ある理由から“幽霊”の存在を信じないミライは、その正体を暴こうと捜査を始める。

任務の途中、亡くなった母の供養のために温泉巡りをしている少女タツミと出会ったミライは、カカシたちに頼み、一緒に旅をすることにする。そんな一行が次に向かったのは、“秘湯”と呼ばれる温泉がある村。ところが肝心の“秘湯”は落ちてきた巨岩の下敷きになってしまっていた。困り果てる村人たちの役に立ちたいと考えるミライだが、忍者でありながら何もできない非力な自分を痛感することに。そんなときミライの父アスマのかつての教え子で、秋道一族秘伝の“超倍化の術（ちょうばいか　の　じゅつ）”を使いこなすチョウジが村を訪れる。ところがお腹をすかせすぎたチョウジは本来の力を発揮できず……!?

タツミが突然「“死者に会える温泉”がある」と言い出した。実はタツミの旅の目的は母の供養ではなく、その温泉に行き、亡くなった母にもう一度会うこと。たったひとりでも目的地を目指そうとするタツミを見て気持ちを突き動かされたミライは、任務の途中であるにもかかわらず、タツミとともに死者に会えるという温泉に行くことにする。最初は半信半疑だったが、道中、ミライの中で、もしもそんな場所があるのなら、生まれる前に亡くなってしまった父アスマに会ってみたいという思いがどんどん強くなってゆき……。

護衛対象のカカシとガイに断りもなく、任務の途中でタツミと宿を出たミライは、たどり着いた温泉で、「亡くなった人に会いたい！」と願う少女たちと出会う。彼女たちとともに、“死者を蘇らせる術”を会得したという龍奇（リュウキ）と対面したミライは、立ち込める湯煙の中、一度も会ったことのない父アスマの姿を見た気がするが、どことなく違和感を覚える。　実は龍奇はアスマと因縁のある“ジャシン教”を信じており、そのためにアスマの血を引くミライの命を狙っていた。　ミライは迫り来る魔の手を逃れ、無事、護衛任務に復帰することができるのか!?

木ノ葉隠れの里の里長、火影として、相変わらず忙しい日々を送るナルトが相談役のシカマルとともに今頭を悩ませているのは、大筒木一族の襲撃による混乱でうやむやになっていた中忍試験の結果の検討。だがひとりひとりが真剣に試験に取り組み、精一杯がんばっていたことを思うと、誰を中忍に上げるか否か、納得の行く結論にはたどり着けないでいた。そんなナルトたちの前に、襲撃事件の最中にどこかへ姿を消したウラシキの行方など、大筒木一族の痕跡を探るサスケが現れ……？

シカダイを隊長に、ボルト、イワベエ、ワサビが臨時でチームを組むことになった。４人に伝えられた任務は、「決まった僅かな時間しか咲かない珍しい“花”を摘んで持ち帰ること」。すぐに終わる簡単な任務のはずだったが、メンバーたちがたわいもないことで言い争いを始めたりしてなかなか思ったように進まない。希少な植物を狙うふとどき者が現れるおそれもある中、シカダイは、このめんどうくさそうな（？）メンバーをうまくまとめ、隊長としての任務を成し遂げることができるのか？

“激・忍絵巻（げき・しのびえまき）”――　通称“ゲマキ”。　歴代の有名な“忍び（しのび）”をモチーフにした今最も人気のあるカードゲームで、ボルトたちもカード集めに躍起になっている。そんな中ボルトたちが、まだカード化されていない隠れた実力者の存在に気付いてしまう!?　それは恩師の油女（あぶらめ）シノとメタルの父、ロック･リー。だがどうやら次回カード化が考えられている忍びの候補枠が“あとひとり分”あると知り、この一枠にふたりのうちどちらを選んでもらうかをめぐって、シノ派のボルトと、敬愛する父、ロック･リーを推すメタルを中心に、熱いバトルが繰り広げられることになる！

フリージャーナリストのスケアに変装し、郵便局にやってきたカカシ。実はカカシは、郵便局の仕分けを手伝う任務についている“第二十五班”の様子を見にきたのだ。

第二十五班の竹取（たけとり）ホウキ、黒衣（くろい）ハコ、国防（こくぼう）レンガは、ボルトの元クラスメイトで同期の下忍。だがこれまで目立った活躍もなく、任されるのは簡単な任務ばかりの班だった。おまけにチームワークはバラバラで今回もうまくいっていない様子。そこでカカシは、なぜかカカシとよく似た格好をしている班のリーダー役、ホウキに話を聞くことにする。

ある日ボルトと木ノ葉丸が、何者かに追われていた若い女性、宵村（よいむら）レモンを助ける。観光のため木ノ葉隠れの里を訪れたというレモンは、上等そうな髪飾りを身につけた天真爛漫な女性で、話を聞いたボルトと木ノ葉丸は、護衛も兼ねてレモンを連れて里を散策することに。ふたりに案内され、里の観光を楽しむレモン。木ノ葉丸はそんな屈託のないレモンに好感を持つ。一方レモンもまんざらでもない様子で……？

ボルトと木ノ葉丸が、先日出会った女性、レモンが住む村を訪れた。ところがふたりは先日とはうってかわったレモンの様子に戸惑うことになる。実はレモンは、“走馬（そうま）”というバケモノから代々村を守ってきた一族の末裔で、簡単に村の外に出てはいけない身だった。さらに間近に大事な儀式を控えており、そのためか、レモンとともに儀式にのぞむ幼なじみの明月（あきつき）カンキツは、彼女が誰とも会えないよう部屋に閉じ込めてしまう。見かねたボルトと木ノ葉丸は、何とかしてレモンを救い出そうと考える。

レモンを救い出すため、カンキツのことを調べていた木ノ葉丸がつかまり、木ノ葉隠れの里へ強制的に送り返されることになった。木ノ葉丸とは別行動をとっていたボルトは、何事もなかったようにカンキツがひとりでいるのを見て嫌な予感を覚え、こっそり様子を探ることにするが、そんなボルトの目の前で驚くべき光景が繰り広げられることになる!!

一方、里に送り返された木ノ葉丸は、村から抗議があったとして火影から謹慎を言い渡され、処分を受け入れるが、レモンのために何もできなかったことに悔しさをにじませる。

木ノ葉丸が、“走馬”に奪われた記憶を取り戻したボルトとともに、再びレモンを救うために動きだす！　ところが一足遅く、封印を解かれた“走馬”が復活を遂げる！　ボルトと木ノ葉丸は何とかして止めようとするが武器も忍術も効かずなす術がない。これを見たレモンは、初めて木ノ葉丸たちと出会ったときに誓ったことをやり遂げる覚悟をし、宵村家の先祖の巫女がかつてバケモノを封印した方法を使うことにする。　だがそのためには、大きな代償を払う必要があった――。

中忍試験の折、サスケの弟子になったボルトだったが、留守がちでなかなか修業をつけてくれない師匠の帰りを待ちわびていた。そんなとき里にサスケから伝言が届く。こっそり内容を盗み聞きしたボルトは、サスケが“風の国（かぜ　の　くに）”のとある場所に立ち寄ることを知り、何とかして修業をつけてもらうため、内緒で里を飛び出す。ところがさまざまなアクシデントが重なってなかなか目的地にたどり着けない。このままではまたサスケはどこかに旅立ってしまう！　果たして、ボルトは師匠に会えるのか!?

サスケのもとにたどり着いたボルトの目の前で、大筒木一族のウラシキが使う不思議な力によってサスケの姿が消えた。サスケは、風影・我愛羅（かぜかげ・ガアラ）やその養子シンキらとともに、一尾（いちび）の尾獣“守鶴（しゅかく）”が秘める膨大なチャクラを狙うウラシキと戦っている最中だった。そんな中、我愛羅が“封印術（ふういんじゅつ）”でウラシキの動きを止めることに成功。だが術が解けるのは時間の問題と思われた。そこで我愛羅は、シンキに、ボルトとともにナルトがいる木ノ葉隠れの里へ行き、守鶴をかくまってもらうよう命ずる。　衝動的に突っ走るボルトと、合理性を重視する冷静なシンキ。性格がまったく合わないふたりが自分たちに課せられた役目を果たすため旅立つ！

我愛羅の兄カンクロウをリーダーに、守鶴を守りながら木ノ葉隠れの里を目指すボルトとシンキ。ところがその途中、大筒木一族が造った傀儡（くぐつ）が追っ手として現れる。相手が強敵であることを感じ取ったカンクロウは、ボルトとシンキに守鶴を託して先を急がせ、ひとりで敵に立ち向かう。

風影の側近にして砂隠れ（すながくれ）の里屈指の傀儡使いカンクロウと、大筒木一族の傀儡による戦いの幕が開く!!

一方、カンクロウと別れてふたりきりで木ノ葉隠れの里に向かうことになったボルトとシンキだが、案の定、相性は最悪で……。

風影から重要な役目を任されているにもかかわらず、反発しあうボルトとシンキはついに別行動をとることになる。そんな中シンキの前に大筒木一族の傀儡が現れる。執拗に守鶴を狙う傀儡とひとりで戦わなくてはならなくなったシンキだが、高い戦闘力を誇る相手に苦戦する。そこにボルトがシカダイとシカダイの母テマリとともに駆けつけた。テマリはカンクロウと我愛羅兄弟の姉で、偶然にも母子で里帰り中だった。　しかし、シカダイたちの援護があっても大筒木一族が造り出した傀儡は手強い。

そしてその頃、我愛羅の術を解いたウラシキが再び動き出していた――。

シカダイ母子と別れたボルトとシンキは、自分たちに託された役目をやり遂げるため、ふたりで木ノ葉隠れの里を目指していた。そんなふたりの前に、守鶴の行方を突き止めたウラシキが立ちふさがる！　この窮地に、協力し合い、何とかウラシキの追跡を逃れたボルトとシンキ。だが、敵は想像を超えた力を持つ大筒木一族のひとり、このまま無事に逃げおおせるとは思えない。そんなとき、ふとしたきっかけからボルトがある作戦を思いつき……。

作戦を実行したボルトたちだったが、ついにウラシキに追いつかれてしまう。守鶴のチャクラを手に入れようと、容赦ない攻撃をしてくるウラシキに立ち向かうため、それぞれが得意とする術を駆使した共闘を開始するボルトとシンキ。だがウラシキは、サスケや我愛羅でさえ倒せなかった強敵で、さらには異空間を行き来する能力を持っている。　果たしてボルトとシンキは、ウラシキに対抗するすべを見出すことができるのか!?

ボルトたちが木ノ葉隠れの里に連れてきた守鶴が、しばらくの間うずまき家で過ごすことになった。ウラシキの目を逃れるため、不本意ながら小さな茶釜に入ったままうずまき家を訪れた守鶴。それを見たヒマワリは「シュカーク」と呼びすっかり気に入った様子だが、守鶴のほうはうっとうしくて仕方がない。そんな中、ナルトの七代目火影就任式の日にヒマワリが、ナルトだけでなくナルトの中に封印されている九尾（きゅうび）の尾獣“九喇嘛（クラマ）”にまでダメージを与え、そろって動けないようにしたという話を聞いた守鶴は、あることを企てる。

テントウの救出に駆け付けたボルトの前に、貉強盗団の頭領・ショジョジが立ちふさがった。ボルトは、姿かたちだけでなく、記憶や能力まで奪うショジョジの“屍分身の術（しかばねぶんしん　の　じゅつ）”を避けながらテントウを守って戦うが、手ごわい上にしぶとい相手に苦戦を強いられる。さらに、戦いの途中で掌の“印”に異変が起き、動くこともできなくなってしまう。そのとき、突然ショジョジが奇妙なことを口走り……!?

病にかかったナルトを救うため、サスケが“烈陀国（レダクこく）”にある古い天体観測施設“タタル天文学研究所”へとやってきた。ほかとは隔絶されたこの場所では、なぜか絶滅したはずの生き物“竜獣（りゅうじゅう）”の一種、“瑪瑙（めのう）”が闊歩し、この竜獣を監視役に、囚人たちが過酷な労働を強いられていた。囚人のひとりとして研究所に潜入したサスケは、かつてナルトと同じ病に悩まされていた“忍宗（にんしゅう）の祖・六道仙人（りくどうせんにん）”がこの地で病を治したという古代の記録をもとに、治療のための手がかりをつかもうとしていた。