博人与证城寺正面交锋，过程中得知他取代过月夜躲进鬼灯城、包括早已杀死国利。愤怒的博人独自上阵，但由于所用的忍术全部被证城寺用风遁忍术反弹，于是隐藏王牌后用影分身上去对敌。就在博人被证城寺擒住时，天道鼓起勇气用手里剑命中证城寺背后，为博人制造机会以螺旋丸反败为胜。但这时，博人右手上的印记突然扩散成纹路，使证城寺吃惊地认为博人是某个“组织”一员。而当时同样放弃任务的佐良娜和巳月及时赶到抓获证城寺，天道和父亲团圆，博人将天道赠送的佐助卡牌归还后目送他离村。狢强盗团全部落网，佐助回村亲自审问证城寺，逼他供出多年前潜入废弃建筑行窃过程中，偶然偷看到当时在地下会面的神秘“壳”组织。

博人和木叶丸逃出浮囚城后遭到大量暴民追赶，跟佐良娜和麦野会合后只能兵分两路，试图寻找出路以及追寻被抢走的细胞样本。然而一行人的身份已被默之国的所有人获悉，即使博人灵机一动驾驶飞艇从空中离开，但即将出城之际还是被暴民击落。被包围的四人得到先前遇过的小偷片原协助，躲入错综复杂的下水道，在他的躲藏处跟赶来的巳月碰面，得知片原的妹妹古奈刚好是结比奈诊所中受巳月抗体救治而康复的少女。片原联络在外的同伴找出强盗三人的已知位置后协助众人出城，一行人分头寻找强盗踪迹时，博人、佐良娜和巳月追寻过程中遭到三名云忍拦截。另一边，迪帕同样抵达默之国开始行动。

博人目睹神乐遭重伤而在愤怒的引导下再次觉醒楔的力量，爆发出强大实力将海蛆痛击至败逃。重伤濒死的神乐将保护村子的使命交托给博人一行人，并拿出自己事先写好用来保释三人众的请愿书，最后在众人的目视下英勇牺牲。葬礼后，佐良娜在众人全票支持下接替总队长一职，失去朋友的博人陷入悲愤，一心只想让舟户一族血债血偿，而佐良娜、巳月和川木逐渐担心博人会再次被楔控制。另一方面，海上战场逐渐形成持久战，天马按捺不住焦急的情绪，为了向当年收养自己的父亲荒海证明自己的实力，不顾一切率队攻向长十郎的舰船。然而长十郎早已预先设伏，造成天马的部队全军覆没，远处的渔利目视重伤的天马被长十郎击落至海中，同样决定让对方血债血偿。