Auch wenn Rita, Joys leibliche Mutter, den Anruf ihrer Tochter nicht entgegennimmt, verfolgt sie ihn zurück und macht sich auf den Weg. Als sich die beiden gegenüberstehen und Joy ihre wahre Identität erkennt, wird sie von ihren Gefühlen überwältigt. Auch Annie muss sich schließlich mit Ritas Auftauchen befassen. Der wiedergeborene Ace tötet weitere Menschen und nimmt sie als neue Mitglieder in seine rasch anwachsende Sektenbewegung auf.

Die Gründung von Jerusalem’s Lot kommt ans Tageslicht: Vor 400 Jahren drohte eine französische Siedlergruppe zu verhungern. Doch dann erschien einer gewissen Amity ein Engel, der den Bedrängten half und ihnen einen neue Religion einimpfte. Vier Jahrhunderte nach dem Ritual-Mord der Anhänger sollen sie nun als Reinkarnationen zurückkehren. Als Erster erscheint Amitys Geliebter Pere Augustin in Gestalt von Ace Merrill. Pop bringt derweil weitere Details über die Sekte in Erfahrung. Sein Wissen hilft ihm schließlich, sich nicht blenden zu lassen.

Die Sektenanhänger können mit Hypnose fast alle Bewohner in willenlose Handlanger für Amity verwandeln. Annie und Joy werden in das Marsten House gebracht. Joys Zeichnungen sorgen für einen Sinneswandel bei Ace/Augustin. Amity soll nun in Joys Körper wieder auferstehen. Annie stellt sich den Sektierern entgegen, muss Joy am Ende aber allein zurücklassen. Chris stattet derweil Nadia einen Besuch ab, der dramatische Geschehnisse nach sich zieht.

Als die Bedrohung durch die Sekte immer größer wird, schließen sich mit Pop, Nadia, Chance, Abdi und Annie fünf Menschen zusammen, deren Wille noch nicht gebrochen ist. Ace/Augustin und seine Schergen belagern daraufhin den Rückzugsort des Quintetts. Wie sich zeigt, sind die Sektierer hinter Dale Laceys Briefen her, in denen er Informationen über den mysteriösen Gefängnisinsassen aus Staffel eins preisgibt. Als es zum Kampf kommt, opfert sich einer der Widerständler, um dem Rest die Flucht zu ermöglichen.

Die von Ace/Augustin angeführten Sektenanhänger bereiten für den Sonnenuntergang ein besonderes Ritual vor, mit dem sie Amity durch Joy wiedererwecken wollen. Nadia und Abdi präparieren die Tunnel im Untergrund mit Bomben. Die Zeremonie der mörderischen Glaubensgemeinschaft wird durch eine List empfindlich gestört. Annie begeht einen schrecklichen Fehler, der ihre ohnehin fragile psychische Verfassung weiter verschlimmert.