Die Geschichte beginnt 200 Jahre vor der Geburt von Kal-El von Krypton (Supermann), indem er das Leben seines Vaters Seg-El erzählt, der als Kind die Hinrichtung seines Großvaters und Meisterwissenschaftlers Val-El miterleben musste. Sein Großvater hatte sich geweigert, dem obersten Rao, einem neuen kryptonischen Diktator, ewige Treue zu schwören, indem er seine, durch eigene Forschungen gewonnene Erkenntnis, öffentlich zu widerrufen, dass eine willentlich gesteuerte feindliche Weltraumentität, die er "Brainiac" nannte, einem ständig wachsenden schwarzen Loch gleich, Krypton zerstören würde. Die Familie El wurde ihres Ranges beraubt. Die Geschichte der ersten Staffel beginnt damit, dass Seg als erwachsener Mann auf dem Weg nach Kandor zu seinem Vater ist und dort in ein Meeting mit dem Diktator Rao platzt. Seg fängt dabei einen plötzlichen Mordversuch auf den Diktator Rao ab. Er wird für seinen Heldenmut von Daron-Vex belohnt, dem Mann, der die Hinrichtung seines Großvaters Val leitete, der ihm die Hand seiner Tochter Nyssa-Vex und einen Platz in der Wissenschaftsgilde gibt.

Seg akzeptiert sein Schicksal und das seiner Familie. Er schwört, nachdem seine Eltern getötet wurden, als letzter Sohn des Hauses El, all seine Kraft der Rettung des Planeten Krypton vor dem Weltenzerstörer "Brainiac" zu widmen.

Seg und Adam Strange versuchen den tödlichen Wachposten des Weltenzertörers "Brainiac" zu finden und entdecken dabei das Gehäuse einer Sonde, die einen Parasiten enthielt, der sich einen Kryptonier als neuen Wirt zum Spionieren gesucht hat. Dieser neue Parasitenwirt wurde offenbar Segs Freundin Rhom. Die Sagitari starten einen umfassenden Angriff auf Sektor 19 als Teil einer "Ranglosen Initiative" des Diktators Rao, um die Terrorgruppe "Black Zero" zu vernichten. Lyta, jetzt Anführerin einer Schwadron, befiehlt ihren Soldaten kein unschuldiges Blut zu vergießen. Der Angriff scheitert. Der Weltenzerstörer "Brainiac" bekommt die Spionagedaten seiner Parasitenwirtin Rhom. Die Stimme von Rao eröffnet Kandors "Neujahrs-Zeremonie" und der Diktator findet einen Sündenbock für seine gescheiterte "Ranglosen Initiative". Die neue Anführerin einer Schwadron der Sagitari Lyta versucht mit ihrer neuen Vorgesetztenstellung und ihrer Liebe zu Seg klarzukommen.

Der Diktator Rao will die zunehmenden Unruhen auf Krypton beenden. Er lässt Lyta festnehmen und eine Anklage gegen sie erheben, die auf Hochverrat lautet. Sie soll am Galgen hängen. Seg fragt seine Frau Nyssa, ob sie etwas tun kann, um Lyta vor dem Galgen zu retten. Seg wird von einer revolutionären Fraktion der Terrorgruppe "Black Zero" entführt, die nach eigenen Regeln spielt. Nyssa findet heraus, dass Lyta unschuldig und Nyssas eigener Vater ein machtgieriger Psychopath ist. Die Vex-Familie hat Ambitionen, Krypton unter eigne Herrschaft zu bringen und Rao abzusetzen. Seg entkommt der Terrorgruppe und er strandet ohne Ortskenntnis in einer fremden Wildnis.

Seg entdeckt die Wahrheit über Kryptons Vergangenheit.

Seg steht vor einer Entscheidung, die die Zukunft des Universums bestimmen wird.

Nachdem der Putschversuch gewaltsam niedergeschlagen wurde, ruft die Stimme von Rao Daron-Vex in seine Gemächer. Daron erkennt, dass das nicht die alte Stimme von Rao ist, mit der er spricht. Es ist etwas Jenseitiges. Daron-Vex fürchtet um sein Leben, und er schwört der neuen Stimme von Rao seine bedingungslose Loyalität und er schwört auch, alle Verräter - einschließlich seiner Tochter-, öffentlich hinzurichten. Nyssa, Seg, General Zod, Kem, Lyta und Jayna versammeln sich in Kems Bar und beschließen, dass sie in Kandor bleiben und kämpfen werden, aber dafür werden sie auch Rekruten brauchen. Sie beschließen auf der "Neujahrs-Zeremonie" in der Stadt auf Rao zu schießen, um seine wahre Natur zu enthüllen und um andere Menschen auf ihre Seite zu ziehen. Aber der Plan geht nicht auf, weil Rao seine transzendente Natur demonstriert, indem er über Flammen schreitet und sich mit einer Kugel aus schwebendem Feuer umgibt. Es wird plötzlich zum totalen Publikumsliebling.

Seg - El und Dru- Zod gründen eine Widerstandsbewegung und Adam Strange bemüht sich um Wiedergutmachung. Seg und Zod glauben entdeckt zu haben, dass dann, wenn die Stimme von Rao zur Genesis in die Kammer zum Aufladen geht, er in eine tiefe Trance fällt, die ihn verletzbar macht und sie ihn dann töten können. Die Terrorgruppe "Black Zero" bietet ihre Söldnerdienste an, wenn sie dafür Daron- Vex haben können.

Seg muss entscheiden, ob er das höchste Opfer im Dienst von Kandor bringen kann.

Da Kandors Schutzkuppel deaktiviert ist, beginnt die Weltraumentität "Brainiac" mit der Eroberung . Zod enthüllt, dass Val in der Phantomzone gefangen ist und holt ihn zurück. Val erklärt, dass es keine Möglichkeit gibt "Brainiac" zu besiegen. Zod bietet sich mit seinem Wissen "Brainiac" an, wenn Kandor vor der Zerstörung verschont wird. In der Festung der Einsamkeit fängt Seg "Brainiac" in der Phantomzone, aber "Brainiac" zieht Seg in letzter Sekunde mit zu sich in die Phantomzone. Supermans Umhang wird wiederhergestellt. Nach einem Monat übernimmt Zod die Kontrolle über Kandor und andere kryptonische Stadtstaaten, als Val versucht, das Tor zu reparieren. In einer sich verändernden Zukunft sieht Adam auf der mentalen Ebene eine riesige Statue von Zod in seiner eignen Heimatstadt auf der Erde.

Seg-El ist weit entfernt von zu Hause gestrandet, wo sein Großvater Val-El eine Rebellion gegen General Zod anführt.

Adam Strange und Seg versuchen, einem Kopfgeldjäger auszuweichen, während General Zod Nyssa benutzt, um seine Sache voranzutreiben.

Die Rebellen gewinnen einen Vorteil gegenüber General Zod, während Seg gegen Brainiac antritt.

Seg und Adam kehren in ein stark verändertes Kandor zurück, während Val und seine Rebellen eine großangelegte Offensive vorbereiten.

Während einer Geiselverhandlung, die den Krieg auf Krypton beenden könnte, sucht Seg nach Antworten über Lyta.

Infolge einer Tragödie hilft Seg Nyssa, ihren Sohn zu retten, während die Allianzen auf Wegthor bröckeln.

General Zod versucht, die Kontrolle über eine überlegene Waffe zu erlangen, und Seg und Nyssa kämpfen, um Segs Leben zu retten.

Dev und Jayna helfen Seg und Nyssa, General Zods Flotte anzuvisieren, wobei sie eine schockierende Entdeckung machen.

Seg schließt sich wieder mit Val zusammen, während General Zod zu seinem finalen Schlag gegen die Rebellion ausholt.

Seg und seine Verbündeten treten gegen General Zod an, wobei die Zukunft Kryptons auf dem Spiel steht.