Entschlossen die Welt zu erobern, entführt der Erzfeind der Pinguine Dr. Seltsam König Julien mit dem Ziel, die flugunfähige Kraft in eine Falle zu locken, damit er sie ein für allemal vernichten kann. Es ist an den Pinguinen, der Falle zu entkommen, bevor der Plan Seltsams, die Erde zu fluten, zum Tragen kommt.

Skipper ist auf einer Streng Geheimen Mission ganz alleine in Shanghai unterwegs. Dort tapt er in eine Falle von Lars und verliert dabei sein Gedächtnis, irritiert wacht er Später auf einer einsamen Insel auf. Dr. Seltsam ,der mit Lars unter einer Decke steckt, hat in der Zwischenzeit das Pinguinhauptquatier geortet...

Ein seltsames Schnabeltier namens Parker überbringt Kowalski die Nachricht, dass Doris, die Delfindame und zugleich seine große Liebe, seine Hilfe benötigt. Kowalski lässt alles stehen und liegen und eilt zu Doris. Skipper, Private und Rico folgen ihm flinker Flosse und stehen ihm auch zur Seite, als Doris ihn bittet ihren Bruder Francis zu befreien, der in einem Wasservergnügungspark als Showattraktion gefangen gehalten wird. Allerdings stellt sich jedoch einerseits heraus, dass Parker der Freund von Doris ist und Francis entpuppt sich als Flippy, bzw. Dr. Seltsam, der seit dem letzten Zusammentreffen mit den Pinguinen noch immer unter Gedächtnisverlust leidet. Als sich dann auch noch Parker als getarnter Gehilfe von Dr. Seltsam zu erkennen gibt und ihm wieder zu seiner wahren Identität verhilft, scheint das Böse die Oberhand zu gewinnen.