这里是人类的体内。某天搬运氧气与二氧化碳的红细胞，受到自体外入侵的肺炎链球菌袭击，被白细胞（中性粒细胞）所救。为了守护名为身体的世界，白细胞（中性粒细胞）追击肺炎链球菌。然而敌人却藏身在意外的地方。

过着安稳生活的红细胞，突然见识到擦伤的发生。为了和从伤口入侵的细菌与病毒作战，白细胞（中性粒细胞）紧急赶往现场，但却和以金黄葡萄球菌为首的细菌们陷入苦战。细胞（中性粒细胞）们究竟是否能保护好体内的世界呢？

初始T细胞出动去侦查在体内增殖的流感病毒。但是从未跟敌人作战的初始T细胞，对敌人感到恐惧不已，完全派不上用场。最后还从白细胞（中性粒细胞）与前辈杀手T细胞们的作战战场中逃跑。初始T细胞感到自责，就在此时树突状细胞用温暖的声音对他说……

胃的附近出现细菌。白细胞（中性粒细胞）立刻赶往现场。另一种白细胞早已在事发现场应战，却陷入苦战当中。看到能力不足的嗜酸性粒细胞，周围细胞们便在一旁说她的坏话。然而中性粒细胞却说有件工作只有嗜酸性粒细胞能办得到……

大量杉树花粉入侵体内！为了排除杉树花粉过敏原，白细胞（中性粒细胞）紧急赶往现场。在事发现场遇到记忆细胞。记忆细胞是保持免疫记忆的淋巴细胞。他看到现场状况，不知为何十分慌张。“怎么会这样，这么一来就跟传说讲的一样了。”记忆细胞所讲的“传说”是……？

“总有一天我要成为了不起的红细胞。”这是红细胞在成为红细胞之前的故事。成红血细胞在巨噬细胞的身边，为了成为独挡一面的红细胞而拼命努力接受训练。可是本身是个路痴的成红血细胞，经常在训练当中迷路。有一天，正在接受细菌避难训练的成红血细胞又迷路了……

假装成一般细胞的敌人，终于现出真面目了。敌人的名字就叫做癌细胞。白细胞（中性粒细胞）和杀手T细胞，以及NK细胞为了守护这个世界（身体），和逼近的癌细胞对峙当中。

将二氧化碳送至肺部，将氧气送给体内的细胞们，就是红细胞最重要的工作。红细胞虽然如同往常搞不清楚方向老是迷路，但自己也知道不能一直这样下去，今天她下定决心，不要依赖学长姊的帮助，独自走一趟循环器官路线。在她的身边，出现了为他担忧的守护者，那就是白细胞（中性粒细胞）……

训练中，杀手T细胞把部下扔进辅助性T细胞的办公室。个性完全相反的两人起了争执。现在两人的立场虽有不同，但按照树突状细胞所言，其实两人以前是胸腺学校的同学。而且他们以前跟现在完全不一样。在生存率只有2～3%的胸腺学校进行地狱特训，两人之间所萌生的是……！？

红细胞被细菌袭击了。从危机中拯救她的是戴着防毒面罩身穿防护服的单核细胞。单核细胞这种免疫细胞也是白细胞的一种。红细胞打起精神前往鼻腔运送氧气。结果又再次遇到细菌。细菌的名为金黄色葡萄球菌。金黄色葡萄球菌是常存在于皮肤与毛孔的细菌，但这次似乎有什么能击败免疫细胞的秘密策略。

体内世界被炎热所包覆。就算出汗了也无法让体温冷却下来。异常增加的血流，持续上升的体温……没错，体内世界中暑了。趁虚而入的蜡样芽孢杆菌大肆胡作非为。深受信赖的白细胞（中性粒细胞）也因为高温变得软弱无力，无法发挥原来的力量。面对这持续暖化的世界，难道没有什么解决的妙招吗？！

红细胞居然要负责训练新来的红细胞！红细胞心想必须展现有学姊风范的一面，而慎重看待，可是她却走错路，被其他细胞责骂，一直不太顺利。就在此时，体内世界发生了惊天动地的大事件。

“确认发生攸关性命的损伤！”收到发生紧急情况信息，白细胞（中性粒细胞）紧急赶往现场附近。然而应该留守现场的血细胞们却不见踪影……！由于大量出血，已经有相当大量的血细胞们被迫流出伤口外。而且出血状况依旧持续当中，严峻的现实不断恶化。为了守护这个世界，为了解救细胞伙伴们，红细胞与学妹不停运送氧气。在逐渐走向毁灭的世界中，细胞们将要面对的命运是！？

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特别篇，于2019/3/27发售Blu-ray&DVD

在重复同样的工作（细胞分裂）的每天已经厌倦了的普通细胞面前，戴着漂亮帽子的神秘细胞出现了。那个细胞诱发普通细胞想对白血球(好中球)和杀手T细胞们做恶作剧。平日的消除郁闷而享受的一般细胞。但是，戴着这个极好的帽子的细胞到底是什么人……？

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工作细胞与宝矿力水特的合作特别篇。当人处于热中症阶段时，可选择补充宝矿力水特，因为其成分与人体体液相近，能迅速补充人体的水分和电解质，常用于运动后补充随汗水流失的水分和电解质。

某天驱除完体内杂菌的白血球，遇见了把帽子戴反的血小板--戴反帽妹妹。戴反帽妹妹为了成为强壮的血小板，瞒着大家偷偷的做训练。但是随着突然发生的地震，体内世界陷入强烈的摇晃。故事舞台是在你的身体当中。体内细胞拟人化动画，众所期盼的第二季，开播！

来自外界的使者，世界的终结。如同记忆细胞梦境看到的内容，体内出现身分不明的敌人！记忆细胞不仅拥有过去的记忆，甚至还有预知未来的能力！ ？究竟是否如记忆细胞的预知一样，这个世界将走向毁灭！ ？

在表皮附近出现有害物质反应！肥大细胞按照工作手册完成工作，却遭到一群受害细胞上门抱怨。因此自暴自弃的肥大细胞大发脾气…就在此时，发生某个物体刺破血管，把血球们吸走的事件……！

体内有状况！免疫细胞及时赶到击败遭病毒感染的细胞！一般细胞一脸无趣的观看这日常光景。一般细胞心想「哪怕是一次也好，希望有人能对我说谢谢你救了我」。就在此时谜样的细菌出现在一般细胞面前……！ ？

为了把乳酸菌送回伙伴所在的地方，一般细胞和白血球(好中球)一起朝肠部前进。就在途中有一只乳酸菌和他们分开了。一般细胞拼命寻找失踪的乳酸菌，却在此时遭到受病毒感染的细胞攻击!!

某个细胞的抗原情报外泄了。听到NK说的话，白血球(嗜中性球)的表情立刻改变。护送乳酸菌回伙伴的旅程，终于来到了大肠。由于害菌释放有毒气体，导致大肠环境变得混乱，白血球等一行，在此遇见了原为杀手T细胞，后来变更身份的 ...

癌细胞终于复活，再加上被害菌肆虐的肠内环境。体内正遭受前所未有的危机袭击。为了保护这个身体，白血球(嗜中性球)们，正面临一场攸关世界命运的浴血之战。

“打败癌细胞——!!!”，为了守护身体，白细胞们与癌细胞对抗。但是，阻挡在与癌细胞战斗的他们面前的，是控制性T细胞!? 这时，以决死的决心拯救乳酸菌的一般细胞也受到了有害菌的魔爪——!! 到底，这个身体，以及等待细胞们的命运是——!?