旅行艺人的殷以及宁，是感情很好的姐妹。姐姐一边照顾着失去双臂的妹妹，一边表演着剑舞从一个村落旅行到下一个村落。当两人来到一个废弃的村落时，发现了奇异的竹简。竹简一发光，就会从中出现一名不可思议的少女以及一柄剑。另一方面，在统一了神州大地的太白帝国，名为钊的少年做为奴隶做着苦工。独自修学着机关术的钊，某夜与一名少女邂逅。

从被称为天书的竹简中出现的，是用木甲术制作成的人偶，云。云将天书中出现的剑称之为传说之剑——轩辕剑。殷与宁，因为云的关系得到了新的力量。另一方面，因为皇帝澄的一句话成为机关师的钊开始了机关兽的开发。此时，投靠了反抗军的墨衡也开始制作新武器——黑火铠甲。

因黑火铠甲的威力而战意激昂的反抗军，计划着要突击太白帝国。殷，下定决心要救出宁。另一方面，太白帝国正进行着机关要塞・征天的建造。钊担心宁的生命安全，为了让皇帝澄放过宁加快进度，自己也跟奴隶一起参与着劳力工作；但，宁已丧失心神，澄内心也受到创伤，把自己关在房间里。蒙机关总帅与庞夫人瞄准了这个好机会⋯⋯

意图破坏建造中征天的反抗军，以及要击退他们的太白帝国，双方迎来了决战。终于知道事件真相的皇帝．澄，因罪恶感而内心备受苛责。钊将给澄的书简交给梨香后便催促她远离战场。得知庞夫人计划失败的蒙机关总帅，决定在自己的计划暴露前实行作战。那，是互相势力拿出全力碰撞的战场。丧失心神、憎恨姐姐的宁，意欲拯救妹妹的殷，再度相遇，刀刃相向⋯⋯。