현대 일본에서 살다 퇴근길에 교통사고를 당해 사망한 청년이 아기가 되어 전생한 곳은 이세계였다. 현자라 불리는 남자가 아기를 데려다 키우면서 신이라는 이름을 받은 청년은, 비범한 마법 능력을 가진 현자의 손자로 자라난다.

불량배들로부터 구해준 마리아와 시실리와 함께 찻집에서 차를 마시던 신은, 그녀들 역시 고등마법학원 입시를 치를 예정이라는 걸 알게 된다. 그리고, 입시 당일. 시험장을 찾던 신은 거만하고 무례한 한 남학생과 시비가 붙는다.

시실리, 마리아와 함께 등하교 하며 학원 생활을 시작한 신은, 친구들의 부추김으로 궁극 마법 연구회라는 새로운 부까지 만들고 회장을 맡게 된다. 한편, 집에서 이상 행동을 보이던 카트는 아버지에 의해 자택근신을 당하고 마는데…

수십 년 만에 출현한 마인을 격퇴한 신을, 사람들은 새로운 영웅이라 칭송하며 추앙한다. 하지만, 직접 마인과 싸운 신은 뭔가 인위적인 느낌을 지우지 못한다. 한편, 수많은 궁극마법연구회 가입 희망자 중에서 마크와 올리비아가 새 멤버로 들어온다.

신은 열광선 마법의 흔적으로 봐서 슈트롬이 살아있을 거라 추정하고, 오구는 만약에 대비해 장비를 충분히 만들어 두기로 한다. 한편, 알스하이드 왕국은 마인을 무찌른 신에게 1등 훈장을 수여하는 서훈식을 성대하게 개최한다.

본국으로 돌아간 제국군은 마물에 의해 몰살당하고, 이를 뒤쫓던 왕국군은 마인 무리를 이끌고 나타난 슈트롬을 발견하고 후퇴한다. 이후, 왕국은 대대적인 전력 증강에 나서고 마법 학원생들도 실력 향상을 위해 기사 학원과 합동 훈련을 실시하기로 한다.

마술 학원생들과 기사 학원생들은 함께 마물을 무찌르며 검과 마법의 연계의 의의를 깨닫게 된다.한편, 마인들이 살인을 저지르며 제국 영내에서 날뛰고 있다는 소식을 접한 신은, 연구회 회원들과 함께 합숙 훈련을 하기로 결심한다.

이어지는 합숙 훈련으로 학원생들의 실력은 나날이 향상되지만, 신은 마인의 압도적인 마력에 대항하기 위해 더욱더 힘을 키워나가기로 결심한다. 한편, 오구의 약혼녀인 엘리자베스와 여동생 메이가 합숙에 합류하기 위해 온천을 찾는다.

연인 사이가 된 신과 시실리는, 시실리의 부모님께 말씀드리고 교제를 허락받는다. 한편, 멀린과 멜리다는 시실리의 부모를 찾아가 신이 자신들의 진짜 손자가 아니라는 사실을 밝히며, 그럼에도 교제를 허락하겠느냐고 묻는데…

슈트롬은 제국의 마지막 시가지가 멸망하자 목적을 달성했다며 더 이상 할 일이 없다고 말한다. 이에 불만을 품은 마인들은 뛰쳐나가버리고, 제국에 대한 증오심에 의문을 갖는 미리아와 제스트에게 슈트롬은 자신의 과거를 들려준다.

마인 집단의 습격을 받은 스이드 왕국을 구하기 위해 출동한 신과 친구들은, 부상자 치료 담당인 시실리를 제외하고 2인 1조로 나뉘어 마인 토벌에 나선다. 한편, 제스트의 부하 로렌스는 몰래 숨어 신의 힘을 탐색하는데…

슈트롬의 부하인 미리아의 등장에 얼티메이트 매지션즈 멤버들은 속수무책으로 당하고 만다. 절체절명의 순간에 신이 달려와 미리아와 1대1 대결을 펼친다. 한편, 부상자들을 치료하던 시실리는 심각한 부상을 입은 남자를 치료하다 한계에 부딪혀 좌절하고 마는데…