Avec une volonté renouvelée de protéger Iwato Jima, Ao affronte le G-Monster avec un peu d'aide. Et dans la foulée, Ao commence à apprendre que le monde est plus complexe qu'il ne le pensait. Dans l'espoir de retrouver sa mère et d'en savoir plus sur sa naissance, Ao décide de rejoindre Génération Bleu.

Le gouvernement japonais mène une expérience sur la baie de Tokyo en essayant de créer son propre corail végétal. Cependant, un secret apparaît et commence à faire des ravages. L'équipe Pied Piper est envoyée dans la région, mais quand Ao est informé que la protection de la ville contre le secret n'est pas leur priorité absolue, il part contre l'ordre de l'engager.

Un Scub Burst apparaît à Phoenix, en Arizona et tandis que l'équipe Pied Piper est en attente d'une autorisation officielle d'intervenir, Ao et Ivica prennent les devants pour évaluer la situation. À leur arrivée, Ao rencontre à nouveau Truth, tenant un groupe de survivants en otage tandis que l'armée américaine propose une approche différente pour affronter le secret de l'ennemi aux conséquences désastreuses.